X射线晶体学

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显示X射线蛋白质结晶学主要步骤的流程图。(图像来自Wikimedia,由Thomas Splettstoesser提供。)

约88%的模型(条目)全球蛋白质数据库通过X射线晶体学测定(2021年8月)。(约7%由溶液核磁共振,大约5%冷冻电镜.)蛋白质晶体的x射线衍射模式分析产生电子密度图,其中包含蛋白质的原子模型。在将模型拟合到较低值时,有时会出现重大错误-分辨率电子密度图(参见分子模型的质量评估). 的价值自由R是关于已发布模型中是否存在重大错误的最佳线索。

尽管最近取得了许多进展,但对于某些蛋白质来说,获得衍射质量的蛋白质晶体可能非常困难[1]。针对X射线晶体学的每一个新的蛋白质序列,大约二十分之一的蛋白质序列得到了解决[2][3].正在努力提高这一成功率[4].

图片:蛋白质晶体samate.png 晶体鞭毛钩蛋白FlgE来自C.空肠生产于Samatey实验室.

公布已解决的结构涉及存放原子坐标文件(pdb文件)在中全球蛋白质数据库.

大约三分之二的已发表的晶体学模型可以通过自动重新定义进行改进:参见PDB重做.

目录

另请参阅



DNA X射线衍射

  • Watson和Crick使用的Rosalind Franklin原始DNA衍射模式的解释链接将在另请参阅文章中关于DNA.

进一步阅读

注释和参考

  1. McPherson A,JA加维拉。蛋白质结晶介绍。晶体学报F结构生物通讯。2014年1月;70(第1部分):2-20。doi:,10.1107/S2053230X13033141。Epub 2013年12月24日。PMID:24419610数字对象标识:http://dx.doi.org/10.107/S2053230X13033141
  2. 蛋白质晶体学的成功率
  3. 结构基因组学进展图
  4. Boutet S、Lomb L、Williams GJ、Barends TR、Aquila A、Doak RB、Weierstall U、Deponte DP、Steinbrener J、Shoeman RL、Messerschmidt M、Barty A、White TA、Kassemeyer S、Kirian RA、Seibert MM、Montanez PA、Kenney C、Herbst R、Hart P、Pines J、Haller G、Gruner SM、Philipp HT、Tate MW、Hromalik M、Koerner LJ、van Bakel N、Morse J、Ghonsalves W、Arnlund D、,Bogan MJ、Caleman C、Fromme R、Hampton CY、Hunter MS、Johansson L、Katona G、Kupitz C、Liang M、Martin AV、Nass K、Redecke L、Stellato F、Timneanu N、Wang D、Zatsepin NA、Schafer D、Defever J、Neutze R、Fromme-P、Spence JC、Chapman HN、Schlichting I.采用连续飞秒结晶法测定高分辨率蛋白质结构。科学。2012年5月31日。PMID:22653729数字对象标识:10.1126/科学.1217737

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