来自Proteopedia
蛋白质组链接蛋白质组链接
希腊新闻
你好，Eran，实际上，我是在埃里克暑期学校毕业后度假的！最后几天我回到实验室，试着找出实验的节奏；）我向老板展示了蛋白质大全和我的页面。。他很兴奋！事实上，我正在写一篇论文，我可能会使用蛋白质百科来制作图片。我想问你如何将图片导出到我的电脑。我们会联系。。你会看到我的页面进度！
最美好的祝福玛丽亚
你好，Eran，现在回到家，可以使用我的Mac。很高兴与你会面和交谈。卡罗尔和我很喜欢我们在西西里岛的往返旅行，我们上星期一在蓬贝差不多步行了。现在去练习高尔夫挥杆。我还与剑桥小分子晶体学数据库的一位负责人进行了交谈，他接受了将药物和其他生物活性小分子的过滤子集提供给Proteopedia的想法。如果你在巴塞尔附近，请找我们，我们可以为你提供一个免费的睡眠场所。谨致问候特雷弗
你好，埃兰。你好吗？我是玛丽亚·安布拉齐。。你还记得埃里克写的吗？你能把你的电子邮件发给我吗。。。我想问你一些关于蛋白质大全的问题！
绿色链接错误
Eran，我有一个不起作用的绿色链接，它应该是一个拉马钱德兰阴谋。当我试图编辑它时，SAT冻结，无法加载其他场景。事实上，我记得当我第一次拍这个场景时，SAT就僵住了。SAT冻结了上面和下面的一些链接后，这个坏链接就不再起作用了。开发人员有办法删除场景吗？
卡尔
在我给你留言后，我决定采取不同的方法，不使用链接，但如果你能发现链接有什么问题，我很想知道。我将链接命名为plot_tripep_disabled。
卡尔
PDBsum站点
埃兰，在浏览了这个网站之后，我得出了这样的结论：这个网站的入口页面会不时发生变化。是这样吗？如果是这样，我应该在Ramachandran页面上给出如何在PDBsum上生成Ramachandran图的说明。
顺便说一句，这个网站是一个很棒的资源。我将把它包括在我的学生做的生物化学的计算机资源练习中。
卡尔
埃兰，我才意识到今天早上我没有想清楚。我忘记了我正在使用的url是为1eve和Procheck编码的，因此网站将打开并显示所需的蛋白质和信息。
卡尔
教学用蛋白质体
你好Eran
我正在实验室中使用Proteopedia，总的来说，我认为这对这门课来说是一个很大的进步——我在第二年的生物化学课上运行了6个流，每个流有60名学生。使用sPDBv意味着他们花了很多时间在这个程序上，但蛋白质大全让他们只考虑蛋白质结构。因此，总体上是积极的。然而，出现了两件事：
1） 二级结构定义-Jmol如何生成它们？它们是否可由用户定义？Jmol显然对sPDBv使用了不同的算法，因此学生在使用这两种路由时会发现不一致。（记录在案，我同意sPDBv的选择！）
2） 更严重的是，主链氢键的显示是错误的——不确定这是我做错了什么，还是Jmol的错误。骨干氢键是在C-α之间形成的，而不是在羰基氧和肽氮之间形成的。查看页面底部的链接http://www.proteoppedia.org/wiki/index.php/用户：J._Shaun_Lott/BIOSCI_203标记为“这张图片有什么问题？”以了解我的意思。
干杯！
肖恩
如何处理我的学生贡献
你好，Eran，
我试着用用户对话代替电子邮件进行交流，因为我的问题可能与其他教育工作者有关。我有几个学生的稿件要保存，还有一些最终应该删除。我想保留好的和坏的，以说明学生的各种能力。我不确定是否最好将材料转移到我的页面；用学生的贡献开始另一个页面，或链接到学生的页面。我有学生网站的密码，所以我可以访问脚本。你建议什么最好？
汤姆
曲面
你好，Eran，
我试过了，但无法用表面表示法弄清楚一个原聚体的表面是否可以与另一个原聚体的表面颜色不同。
汤姆
更多关于曲面
您好!
表面加载很慢——这就是生活——但我的经验和你的一样。只有一种颜色可用于曲面。
我最好的
汤姆
那么，在光明节期间，以色列的问候语是什么？
为埃兰干杯！
谢谢你提供的信息。关于模板文本——当我点击你的对话页面中的+标签时，它甚至会出现在这里。我认为通过名称空间限制该特性应该足够容易，因为许多WP扩展似乎都是ns特定的。
顺便说一句，你有没有考虑过安装“液体线程”之类的东西来让讨论更加“全面”？我在一个小维基上使用了它，它运行良好，但当你安装它时，你会丢失所有旧的讨论。有一段时间，我想将PHP BB之类的东西与WP合并，为每个页面创建一个论坛“频道”，这应该足够简单--丹·博尔泽2009年1月5日10:58（IST）
重新：
同意模板文本。当我们更新后，我会给你发电子邮件/发信息。至于液体线程，我们从未考虑过这样的事情，尽管很明显，当前的MediaWiki消息系统至少不太直观。我们会犹豫是否要做出稳定性无法保证的重大改变，但如果您认为这是我们应该研究的问题，请将我链接到适当的地方，我可以在那里阅读更多相关信息。埃兰·霍迪斯2009年1月5日13:59（IST）
- 关于“这是我们应该调查的事情”，我不太确定。这取决于您希望Proteopedia除了成为“社区教育门户”之外，还能发挥“社区讨论论坛”的作用。实际上，类似“技术社区讨论”的内容是PDBWiki的重点，这就是为什么我们认为它与Proteopedia（强调教育）不同的原因。所以，基本上，我认为这取决于你看什么是可能的，并评估潜在的好处，这可能是微不足道的。液体螺纹处于http://www.mediawiki.org/wiki/Extension:LiquidThreads网站然而，正如我所说，我更感兴趣的是在每个对话选项卡中显示一个迷你的“PHP BB”网址：http://www.phpbb.com/我不知道为什么没有努力实现这一点（我可以找到）。哦。。。我很快就联系上了-D类http://www.mediawikiusers.com/wiki/index.php/项目：MediaWiki/phpBB_Integration但这在细节上似乎有点薄TBH…无论如何，我之所以提到这一点，是因为你似乎有很好的能力处理这些功能，而且我认为这样的功能对于更广泛的wiki世界通常是有用的。祝你一切顺利--丹·博尔泽2009年1月5日15:24（IST）
- 我四处寻找后发现了这个，http://www.mediawiki.org/wiki/扩展名：AWC's_论坛看起来很有希望--丹·博尔泽2009年1月5日16:00（IST）
回复：型号
谢谢Eran！我们在缅甸中央银行的工作比预期的要忙（但其他方面都是新的）。尽管如此，我们仍希望继续致力于Proteopedia，以上传我们开发的越来越多的模型图片，以及一些正在使用的SMART团队页面。乔尔告诉我，所有的模特都完好无损地交给了他，所以当他回到你这一边时，他应该有模特来炫耀。这是一个非常有趣的主题的非常整洁的集合-所以享受吧！
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将场景从一个页面移动到另一个页面
你好，Eran，
我可以使用copy命令从一个页面复制wiki脚本并将其复制到另一个页面：我可以复制<scene><scene/>（假设我正确地编写了语法）从User:Tom Gluick/Human Glumamine Synthetase（section）到User:Tom Gluick/Human Glutamine Syntenthetase/quartery是一个子页面。然而，我想更改子页面中的场景，但当SAT在子页面中访问时，找不到与子页面关联的场景。有什么办法可以补救这个问题吗。如果可能的话，这肯定会为我节省时间。
汤姆
蛋白质体中的其他介质？
你好，Eran，
我有一个关于页面上附加媒体的潜力的问题。我知道我们可以很容易地在Proteopedia上加载和显示图像，但有什么方法可以上传其他文件种类吗？例如，简单的flash动画（.swf）或类似的东西？或者，如果我们实际上无法将其上传到Proteopedia Web空间，有没有办法将文件上传到我们自己的服务器上，并仅显示在Proteopediapage上——也许可以使用一些类似于链接图像的html代码）？
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蒂尔曼
埃兰，你说得对。那一页H（H）http://proteopadia.org/wiki/index.php/用户：Tilman_Schirmer/Sandbox_10已过时。我已将内容保存到适当的Sandbox_10。
你可以删除它。谢谢，蒂尔曼
工具书类
谢谢你给埃兰的小费。每次使用Proteopedia时，我似乎都会偶然发现它的内置功能！继续努力。
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够好了吗？
你会说，这足够替换2a7克? “Thermolysin”页面还需要什么--拉尔夫·斯蒂芬2009年2月7日16:57（IST）
- 它当然足够替换2a7克，一个好的开始！（请务必替换它）此处自动添加的摘要似乎与结构无关。这确实是该结构的主要出版物吗？关于您添加的内容的一些问题/评论：考虑将“金属蛋白酶”作为interwiki链接。我们在上有一个开发得不太好的页面基质金属蛋白酶，但没有关于金属蛋白酶的，所以读者可能想知道什么是金属蛋白酶，它的酶功能是什么。上面写着“钙原子（黄色）”，但我没有看到黄色的钙原子，它们对我来说是绿色的（因为它们通常是默认的）。还没有完全弄清楚HEXHH图案是什么，你能澄清一下吗？我觉得读者也会奇怪，为什么在第一句中提到蛋白质含有锌和几个钙原子很重要。此外，基质通常是什么？绿色链接看起来很壮观，我很高兴看到你很快掌握了场景创作工具的窍门。
- 一个名为“Thermolysin”的页面是个好主意，还有其他结构吗？我们可以从你的新作品中截取一部分2a7克页面以及详细说明——尤其是在有其他结构的情况下--埃兰·霍迪斯2009年2月8日02:34（IST）
- 还有许多其他的嗜热蛋白结构，主要是抑制剂对接并浸泡在不同的溶剂浓度下（为什么会这样？）。
- 想想看，关于嗜热菌蛋白酶的主题页面也可以使用其他结构来呈现更完整的图片。
- 那么，一个主题有一组结构，理想情况下是所有结构中的一组，这些结构指向“他们”最近的主题？
- 这是当前的思维方式。当然，更好的想法会被采纳。
- 关于黄色/绿色，这是我无意识地泄露个人基因数据的一个例子；）真的，如果我有这个问题，其他R/G盲人也会有，所以我建议用不同颜色的钙。
- 嗯，是的，我们实际上想知道当我们将场景链接变为绿色时，这是否会是一个问题——这是个问题吗？不幸的是，在这一点上，从绿色场景链接更改是相当不可行的。至于将钙改成绿色以外的颜色，绿色可能是我们可能要坚持的一个重要着色方案的一部分。如果需要，我们可以就此进行讨论。
- /写这篇论文，这篇论文也是由PDBsum给出的，其中蛋白质只是技术演示中的一个例子。我应该换一个。
- 好的，在这种情况下，省略出版物摘要可能是可以接受的。如果我们使用一个更合适的摘要，但作者没有解决这个结构，这可能会给读者一个错误的印象，即错误的作者解决了这个结构。如果你选择这样做，我会明确指出，该摘要不是该结构的官方摘要，并列出解决该结构的作者以及适当的参考。
- 是的，MMPs只是金属蛋白酶的一小部分，也应该链接到WP文章。
- 好的，很好。
- 谢谢你的其他提示。是否有手动增强的所有结构页面的列表？我知道有一个手动维护的列表作为主题页面列表的一部分，但我认为应该有一些自动的东西，以便增强功能不会丢失--拉尔夫·斯蒂芬2009年2月8日10:16（IST）
- 同意，但我现在忘记了做这件事的方法。让我们看看Jaime Prilusky是否知道并会在邮件列表上回复--埃兰·霍迪斯2009年2月8日12:27（IST）
找不到java.io.文件
你明白为什么小程序在中找不到PDB文件吗螺旋转螺旋图案? --拉尔夫·斯蒂芬2009年2月8日17:57（IST）
- 没关系，我自己发现的：我忘了提供场景--拉尔夫·斯蒂芬2009年2月8日18:14（IST）
图像问题
你好，Eran，我收到了你的信息，会处理好的。我认为修改后的图片还可以。谢谢！Leah公司
同上leah。谢谢！贝克
炒鸡蛋
你可能指的是卵细胞和受精吗？ :)
小程序行为
Eran，Z-DNA页面中的小程序似乎运行异常。有时在那里没有显示，有时它们不在帧中。还有一个问题DNA页面上有糖皱缩选项。选中此选项后，小程序将冻结。你能核实一下你是否面临同样的问题吗？
阿迪蒂亚·萨加尔2009年10月22日21:06（IST）
图像许可证
源自{分子细胞生物学。Lodish，Harvey 5 ed:-纽约：W.H.Freeman and Co.，2003，973 s.b ill.ISBN:0-7167-4366-3。图书馆：8926100.}
最初的上传者是en.wikipedia上的Roadnottake 2007-03-22
该图像来自维基百科，是一个修改后的图像，是“GNU免费文档许可证”我更改了图像文件的属性，它应该会给出正确的确认。
-马特
限制性内切酶复合物与DNA-PspGI（3bm3）病例
嗨，埃兰！
很高兴看到这样快速的技术漏洞帮助。很遗憾，在我们发表了关于两种蛋白质-DNA结构的文章后，我发现了蛋白质大全。我将在我的博士论文中尝试用蛋白质组来可视化REase-DNA复合物的综述。
来自Vilne的greatings，迪马
现在我发现这不是bug，而是数据库案例。
molscript2Jmol公司
你好，
是否可以简单地将molscript输入和/或.mols文件转换或实现为Jmol脚本？
请求添加类别
我可以在“分类”一章中添加我自己的具体标记吗？例如，我想根据天然甲基转移酶是什么来分类限制性内切酶与DNA的复合物：6-甲基腺嘌呤、5-或4-甲基胞嘧啶？
迪马
谢谢
埃兰-
哇，我离开一段时间后，今天随机登录了Proteopedia，看到了你的消息。你能做一个un-do按钮真是太棒了。这将是一个很好的工具，特别是对于那些新接触Proteopedia并尝试如何工作的人。
另外，我刚刚试用了一下，我很兴奋还有一个重做按钮。这甚至比我预期的要好。
艾米丽·福施勒2010年3月18日22:48（IST）
