用户：Wayne Decatur/UNH BCHEM833结构蛋白质组学2012秋季入门讲座

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蛋白质组链接蛋白质组链接

目录 1 一个共同的起点 2 关键资源 三 讨论的项目 4 分子可视化和查看器 5 课堂上使用或讨论的示例结构 6 注释和参考 7 其他资源可能有助于 8 11月8日的研讨会

一个共同的起点

• IProtein应用程序审查将主题置于更广泛的背景中，以显示相关性并介绍今天要讨论的概念
• 《科学》5月刊目录重点关注两个视角，这两个视角进一步将主题置于上下文中，显示出广泛的相关性，相关领域的发展，并给我们一个例子，我们可以继续使用，并为那些有兴趣的人提供可能的途径之一，如果他们愿意的话，可以进一步探索。（除了那块纸引起了我的注意之外，这些例子没有什么特别的原因。）特别是两个有趣的视角：
  • 埃文斯·P·生物化学。解决蛋白质晶体学中的一些老问题。科学。2012年5月25日；336(6084):986-7. 公共医疗PMID:22628641。^[1]
    • 观点：
      • Karplus PA，Diederichs K.链接晶体模型和数据质量。科学。2012年5月25日；336(6084):1030-3. 公共医疗PMID:22628654^[2]
      • Liu Q、Dahmane T、Zhang Z、Assur Z、Brasch J、Shapiro L、Mancia F、Hendrickson WA。天然生物大分子的异常衍射结构。科学。2012年5月25日；336(6084):1033-7. 公共医疗PMID:22628655。^[3]
  • Kaya E，Doudna JA。生物化学。由导游带领前往RISC中心。科学。2012年5月25日；336(6084):985-6. 公共医疗PMID:22628640。^[4]
    • 观点：Schirle NT，MacRae IJ公司。人类Argonaute2的晶体结构。科学。2012年5月25日；336(6084):1037-40. Epub 2012年4月26日。PubMed PMID:22539551关于人类精氨酸2与导向RNA复合物晶体结构的论文^[5]，具有哪些功能4ei1号机组.

关键资源

• 变形菌属
• 蛋白质数据库
• PDB总和
• 蛋白质结构倡议：生物学项目
• 国际结构基因组学联合会
• ConSurf-DB（ConSurf数据库）和ConSurf服务器
• Eric Martz为期两天的高分子可视化研讨会教学大纲
• 面向非结构生物学家的“Top 5”3D分子可视化技术
• POLYVIEW-3D公司-快速路线-使您无需学习制作出版物质量图像的软件包。只需填写表格。另请参见方便生成分子视图的公开质量数据的Web服务器.

讨论的项目

• 《测定原子结构的方法》，PDB主办
  • X射线晶体学
    • 结构的分数和数量
    • 分辨率和氢.
  • 核磁共振模型集成
• 图1说明了解决GPCR结构的策略来自Tate的TiBS文章^[6].
• PDB海报和快速参考指南
• Proteopedia中的PDB文件格式.加杂原子/配体.
• 题为“联合体解决其第1000个蛋白质结构”的文章^[7]-国际结构基因组学联盟庆祝其对昂贵但令人兴奋的目标的关注。（涵盖了关于此类方法的一些争议，并提到基于美国的蛋白质结构倡议：生物学项目).
  • MCSG的1000多个结构. 2011. BMC结构生物。1月10日；11:2.^[8]“我们表明，MCSG已达到PSI的既定目标，并使用在线资源和现成可用的功能预测方法为90%以上的MCSG结构提供功能注释。结构到功能预测方法ProFunc为许多MCSG的结构提供了可能的功能，而这些结构无法通过基于序列的方法。"
  • 蛋白质组折叠项目：蛋白质组结构和功能的规模预测. 2011. BMC结构生物。1月10日；11:2.^[9].
• 二级结构显示在目录位于的链接PDB总和或顺序选项卡位于PDB公司.
• 分子可视化和查看器
• 对于结构复合体中埋藏表面积的分析：
  • 我建议PDB总和报告。请参见接口分析服务器。示例：3sn6 Prot-Prot接口报告或1aoi-Prot-Prot接口报告
  • 以PyMol-->计算http://www.pymolwiki.org/index.php/Get_Area
• 将你的蛋白质与他人进行比较，参考其中的确认^[10]。另请参阅中每个结构的“3D相似性”选项卡PDB公司].
• 进化保护导论和如何查看保守区域.烯醇化酶用于查看结构保护和图示配体.
• 注意事项：
  
  • 非对称单元单位与生物组件或生物单元.
    • 此外，中的PQS按钮提供了良好的信息Jmol中的第一眼.
    • 另请参见看结构：生物组件简介和PDB档案.
    • 示例如下斑头鹅血红蛋白.
  • 考虑生物相关性，这可能涉及评估水晶触点
  • 间隙和混乱
    • 看见缺失残留物和无序上温度值第页
    • 另请参见内在紊乱蛋白质
• 蛋白质结构预测技术关键评估的第十次社区实验

分子可视化和查看器

（通常按复杂性增加的顺序排列：）

• 变形菌属
• Jmol中的第一眼
• Jena3D查看器
• 全景-3D=幻想PyMol公司通过带有表单的web服务器，视图和动画变得非常容易。
• 下载Jmol
• DeepView-Swiss-PdbViewer
• 加州大学旧金山分校Chimera
• PyMol公司
• 奇美拉（ChimeraX）

课堂上使用或讨论的示例结构

• 人精氨酸2与导向RNA复合物的晶体结构
• 一种人类G蛋白偶联受体（GPCR），即β-2肾上腺素能受体，与G蛋白偶联感受器（GPCRs）蛋白电泳页上的G蛋白复合由于诺贝尔奖的颁发，这种结构最近成为新闻。其具体结构为第3页6，如2011年所述^[11][12].关于结构的观点也在同一问题中^[13].
• 核小体
• 裸头鹅血红蛋白用于讨论生物单位.
• 烯醇化酶用于查看结构保护和图示配体.
• 催化活性基底结合盒C/D RNP的晶体结构Solfataricus硫杆菌
• 核糖体

注释和参考

1. ↑埃文斯·P·生物化学。解决蛋白质晶体学中的一些老问题。科学。2012年5月25日；336(6084):986-7. PMID：22628641数字对象标识：10.1126/科学.1222162
2. ↑Karplus PA，Diederichs K.链接晶体模型和数据质量。科学。2012年5月25日；336(6084):1030-3. PMID：22628654数字对象标识：10.1126/科学1218231
3. ↑Liu Q、Dahmane T、Zhang Z、Assur Z、Brasch J、Shapiro L、Mancia F、Hendrickson WA。天然生物大分子的异常衍射结构。科学。2012年5月25日；336(6084):1033-7. PMID：22628655数字对象标识：10.1126/科学.1218753
4. ↑Kaya E、Doudna JA。生物化学。由导游带领前往RISC中心。科学。2012年5月25日；336(6084):985-6. PMID：22628640数字对象标识：10.1126/科学.1223549
5. ↑新泽西州麦克雷Schirle。人精氨酸的晶体结构2。科学。2012年4月26日。PMID：22539551数字对象标识：10.1126/科学.1221551
6. ↑泰特美术馆。一种用于测定G蛋白偶联受体结构的透明溶液。生物化学科学趋势。2012年9月；37(9):343-52. Epub 2012年7月10日。PMID：22784935数字对象标识：10.1016/j.tibs.2012.06.003
7. ↑Ledford，H.Consortium解决了其第1000个蛋白质结构。2010年9月30日在线发布。自然doi:10.1038/news.2010.500
8. ↑MCSG的Lee D、de Beer TA、Laskowski RA、Thornton JM、Orengo CA.1000结构和更多结构。BMC结构生物。2011年1月10日；11:2. PMID：21219649数字对象标识：10.1186/1472-6807-11-2
9. ↑Drew K、Winters P、Butterfoss GL、Berstis V、Uplinger K、Armstrong J、Riffle M、Schweighofer E、Bovermann B、Goodlett DR、Davis TN、Shasha D、Malmstrom L、Bonneau R。蛋白质组折叠项目：结构和功能的蛋白质组尺度预测。基因组研究，2011年11月；21(11):1981-94. Epub 2011年8月8日。PMID：21824995数字对象标识：10.1101/gr.121475.111
10. ↑我没有看到SCOP（蛋白质的结构冲突）在那里列出，但在页面顶部的分析中列出了。
11. ↑Rasmussen SG、DeVree BT、Zou Y、Kruse AC、Chung KY、Kobilka TS、Thian FS、Chae PS、Pardon E、Calinski D、Mathiesen JM、Shah ST、Lyons JA、Caffrey M、Gellman SH、Steyaert J、Skiniotis G、Weis WI、Sunahara RK、Kobilka-BK。β2肾上腺素能受体-Gs蛋白复合物的晶体结构。自然。2011年7月19日；477(7366):549-55. doi:10.1038/nature10361。PMID：21772288数字对象标识：10.1038/自然10361
12. ↑Chung KY、Rasmussen SG、Liu T、Li S、DeVree BT、Chae PS、Calinski D、Kobilka BK、Woods VL Jr、Sunahara RK。β2肾上腺素能受体诱导的G蛋白Gs构象变化。自然。2011年9月28日；477(7366):611-5. doi:10.1038/nature10488。PMID：21956331数字对象标识：10.1038/自然10488
13. ↑Schwartz TW，Sakmar TP。结构生物学：信号复合体的快照。自然。2011年9月28日；477(7366):540-1. doi:10.1038/477540a。PMID：21956322数字对象标识：10.1038/477540a

其他资源可能有助于

• 韦恩·迪凯特（Wayne Decatur）2011年研讨会的页面有丰富的信息可供进一步探索
• 膜中蛋白质的定位（OPM）数据库来自密歇根大学（美国密歇根州安娜堡），并了解蛋白质相对于脂质双层碳氢化合物核心的空间排列和拓扑结构的其他细节
• POLYVIEW-3D公司通过您填写的表格制作公开质量的结构图像和动画
• 埃里克·马茨（Eric Martz）在2013年执教的入门课程的未来页面
• UMASS的学生在与化学生物学接口课程设计相关的课堂上展示上分子游乐场例如：分子游乐场的Relenza.
• 分子建模和可视化软件

11月8日的研讨会

• UNH BCHEM833结构分析研讨会2012年秋季