1.生成的PDB文件PACUPP公司已上传至Proteopedia:图片:2j1n空洞细小3 5 20 24.pdb。(发布的PDB文件没有PACUPP添加的伪原子。)
2.在PACUPP中,修改了初始场景(使用PACUPP“剥”和“延伸”命令),然后保存状态脚本(写入2j1n.spt).
3.使用纯文本编辑器,的负载状态脚本顶部附近的命令被注释掉,将#放在前面负载.
4.使用坐.
5.在SAT中,保存的状态脚本2j1n.spt被放入JSmol中。
6.场景被保存.
7.上一个场景已加载到SAT和Jmol命令中选择蛋白质;卡通关;手动发布,生成。未采取任何措施删除PACUPP回声场景1顶部的文本。显然Proteopedia的SAT自动删除了它。
另一个场景已保存,显示.这个场景可以加载到SAT中,这时PACUPP左上角的回声文本消失了,但SAT的保存场景选项卡没有响应。 ???
前面的场景#1-3中,伪原子的直径为3.0º。为了进行比较范德瓦尔斯直径碳原子的温度是3.4℃。当。还显示了一个小型埋藏空腔.