当原始PDB文件包含配体杂原子时,FirstGlance使用JSmol 14.32.64c的脚本在JSmol 14.31.8中不起作用。我认为这是因为旧版本不加载配体杂原子,而新版本加载。我怀疑这会导致atomindices不同,从而导致select命令无法工作,但我尚未验证这一点。
当原始PDB文件碰巧有NO配体杂原子时,FirstGlance脚本在旧JSmol中工作。我曾尝试过这样一种情况,6bp8。
首次尝试
此场景是在将FirstGlance中的脚本拖放到SAT JSmol中并使用以下命令修改后保存的:
load“”FILTER“*.CA;生物分子1;bmchains;/=3”
该场景在SAT JSmol中进行了完美渲染,渲染了20358个α碳。但当从这个绿色链接保存和回放时只有不对称单元(6157个非氢原子,782个α碳)负载。这是因为SAT保存的脚本从原始加载命令中删除了FILTER“…”:[:https://proteoppedia.org/wiki/scripts/91/918475/6bp8/1.spt].