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蛋白质组链接蛋白质组链接建议标题：蛋白质中的结：方法
本页描述了用于变形的方法的技术细节蛋白质中的结.
这个pdb文件它显示了正在“收缩”的蛋白质结的动画变形图片：1yve i knot morph.pdb。此文件包含51个模型。模型1是链条I的打结段的略微平滑的主干轨迹1岁即234个残基，序列号312-545。51型是一种简化的结，它是在保持末端固定在空间中的同时收缩脊椎的结果。这些模型由William R.Taylor善意提供(英国伦敦米尔山里奇韦国家医学研究所数学生物学系). 这些模型仅代表具有α-碳原子的残基，所有残基都标记为GLY。
对于2000年开发的网站，减少了这些模型的坐标（使用MS-DOSPDB工具程序shrink.exe），因此可视化插件MDL Chime将自动将α-碳原子（有些原子彼此相距甚远）与主干轨迹连接起来。然而，Jmol没有连接连续的α-碳原子，因为它们之间存在不切实际的小距离和大距离。因此，使用以下脚本生成债券(线框)连续α-碳原子之间的Jmol：
选择所有#所有51个型号线框关闭主干断开空格填充关闭connect delete#删除所有自动生成的原子间键#现在连接连续的α-碳。模型1含有234个α碳。型号51包含14个。对于（i=1；i<=234；i++）{ii=i+1；连接（atomno=i）（atomno=ii）；}线框0.05#显示新连接颜色组
没有结的比较示例的变形，1相链“1”位于图片：1tph 1节点形态.pdb采用了类似的方法，将上述脚本中的最大残留计数从234调整到242。
