来自Proteopedia
蛋白质组链接蛋白质组链接
转换为JSmol之前需要注意的事项
优势
当然,使用JSmol有巨大的优势:
- JSmol网站的用户无需安装Java语言(这是一个可能的安全风险).
- 非常流行的Google Chrome浏览器不再支持Java,Edge(Windows 10中的新浏览器)也不再支持Java。Opera计划取消对Java的支持。
- JSmol网站可能会在iPad和智能手机上运行。(Java不适用于这些平台,因此Jmol不是它们的选项。)
缺点
JSmol比Jmol慢
各种尺寸的分子
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PDB代码
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原子量(千)
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kDa*(非对称单元)
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第1天66
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1.7
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24 (28)
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2亿千瓦
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6
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77 (87)
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第2版61
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9
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107 (120)
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2千伏
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12
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142 (160)
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5磅
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17
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202 (215)
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7小时
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23
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220 (233)
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1g3i公司
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45
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602 (826)
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第36页
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60
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900
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第三季第九季
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99.6
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1,314 (1,424)
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20亿
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57(2.7K x 21核磁共振模型。包括氢。)
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416=19.8K x 21核磁共振模型(416)
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原子数大于10000的模型在PDB公司; 大于20000个原子,最大约为5%;超过50000个原子,最大约1.5%(计算NMR系综的所有模型)。 *kDa不包括Jmol报告的水(打印{not hoh}.mass.sum)。RCSB的分子量有时会因为不明原因而大得多。RCSB报告在括号中。
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JSmol显著更慢的大于Jmol。旋转将更加剧烈(参见JSmol/转速). 较小的分子(<10000个原子)处理得很好。大分子(>20000个原子;见右表)可能加载和处理速度较慢。(有时我看到JSmol冻结的延迟长达一分钟,甚至更长。这些延迟往往发生在大分子上,但不仅仅与大小有关。)多模型系综(例如核磁共振实验)可能会导致JSmol冻结,而需要几分钟来加载集合,或者加载可能永远不会完成。
以下是现在默认使用JSmol的两个网站如何处理这些问题:
- Jmol简介当有多个(以JSmol为单位)时,仅加载第一个模型。它提供签名的Jmol_S(Java)作为选项(和首选项设置)。不再提供未签名的Jmol小程序,因为已弃用甲骨文表示,最终不会允许这样做。FirstGlance建议当分子中的原子数大于20000时使用Java,当分子中原子数大于50000时更强烈地建议使用Java。
- 蛋白质体只装载氨基酸α-碳原子(或核酸磷原子)和配体原子,因为它的带状视图(二级结构示意图)在没有其他原子的情况下工作良好。将显示一条突出的消息,表示简化模型正在显示,并且有一个按钮可以加载整个模型。对于登录的注册用户,Proteopedia有一个首选项设置,将使用Jmol_S而不是JSmol。
Internet Explorer和Edge中的性能不佳
JSmol在浏览器的javascript中运行。不同的web浏览器以非常不同的性能操作JSmol(请参阅JSmol/转速),并且性能会随着浏览器版本的更新而变化。Internet Explorer的速度总是慢得令人无法接受(所有版本,包括版本11),但自2016年初以来不再是使用最广泛的浏览器.
有关当前建议,请参阅JSmol/转速.
Jmol中的FirstGlance检测正在使用的浏览器,并在使用其他浏览器时推荐最佳浏览器。
将网站从Jmol转换为JSmol
获取JSmol
1.下载Jmol。下载包包括JSmol和Jmol Java小程序。转到Jmol。组织,单击下载。
2.解压缩下载的Jmol文件。解压缩后,主文件夹中是jsmol.zip。也将其解压缩。
3.将jsmol文件夹(您在步骤2中解压缩的文件夹)及其所有内容(约2000个文件!)复制到您正在升级的资源中。(您不需要复制主文件夹中的任何其他文件。)
Jmol.js->Jmol2.js
以下步骤适用于资源的主html文件:
4.主html文件的<header>部分中的Javascript文件。如果旧页面使用了Jmol.js,则会出现这样一行,可以删除或注释掉:
<!— 注释此行<script src=“jmol/jmol.js”></script>-->
将这两行相加。Jmol2.js取代了Jmol.js,定义了您在Jmol.js中已经使用过的相同函数。这两行的顺序至关重要:JSmol.min.js必须在Jmol2.js之前.
<script type=“text/javascript”src=“jsmol/jsmol.min.js”></script><script type=“text/javascript”src=“jsmol/js/Jmol2.js”></script>
jmolInitialize()
在代码中查找jmolInitialize()。如果需要,请更改此函数的相对目录路径参数,以反映您添加的jsmol目录的位置。例如,如果主html文件位于folder1/folder2/main.html中,jsmol的位置是folder1/1jsmol,那么从main.html开始,jmolInitialize(“../jsmol”)。
(待续)
我知道以上是不完整的。当我了解更多时,我会在这里添加它。
其他转换建议
创建使用JSmol的新网站
下载并解压缩jsmol目录(请参阅上一节中的步骤1-3)。
jsmol目录中有各种演示.htm文件,这些文件说明了jsmol的使用,例如jsmol.htm(jsmol.html),一个系列文学.htm,lite2.htm网站,等等,一系列简单.htm,简单1.htm,超简单.htm等。,测试2.htm等。
不幸的是,我知道除了文件本身之外,没有其他文档可用于这些演示文件。
有两种方法可以预览这些.htm文件:
- 将url末尾的“jsmol.htm”替换为文件名http://chemapps.stolaf.edu/jmol/jsmol/jsmol.htm.
- 从本地jsmol目录中拖动文件,并将其放到Firefox中。这可能在Firefox以外的任何浏览器中都不起作用。
启动新网站
以下是一个可能的步骤:
- 选择一个演示文件,该文件具有您要在网站中使用的功能。
- 将其复制到一个新目录中,该目录还包含jsmol目录的副本以及该目录中的所有原始文件。
- 编辑对jsmol目录中文件或目录的任何引用,以将其前缀为“jsmol/”,以便与jsmol文件夹位于同一目录中的.htm文件可以“找到”这些文件。例如,在simple.htm中,需要进行两项更改(粗体添加):
- <script type=“text/javascript”src=“jsmol公司/JSmol.min.js“></script>
- j2sPath:“jsmol公司/j2s“,
- 在完成上述两个更改后,您可以将文件simple.htm拖到Firefox中,它就可以工作了。
- 在您选择的工作演示文件中一次编辑一件事,保存并重新测试。因此,您可以逐步修改演示文件,使其成为您想要的网站。
如果您有问题或遇到困难,请向jmol-users电子邮件列表.
另请参阅
- 焦摩尔,其中解释了Jmol的四种形式,并提供了到其他相关文章的链接。
- JSmol/转速适用于6种最流行的浏览器,无Java和有Java。