来自Proteopedia
蛋白质组链接蛋白质组链接
转换为JSmol之前需要注意的事项
优势
当然，使用JSmol有巨大的优势：
- JSmol网站的用户无需安装Java语言（这是一个可能的安全风险).
- 非常流行的Google Chrome浏览器不再支持Java，Edge（Windows 10中的新浏览器）也不再支持Java。Opera计划取消对Java的支持。
- JSmol网站可能会在iPad和智能手机上运行。（Java不适用于这些平台，因此Jmol不是它们的选项。）
缺点
JSmol比Jmol慢
|
各种尺寸的分子
|
|
PDB代码
|
原子量（千）
|
千帕*(非对称单元)
|
|
第1天66
|
1.7
|
24 (28)
|
|
2亿千瓦
|
6
|
77 (87)
|
|
第2版61
|
9
|
107 (120)
|
|
2千伏
|
12
|
142 (160)
|
|
5磅
|
17
|
202 (215)
|
|
7小时
|
23
|
220 (233)
|
|
1克3英寸
|
45
|
602 (826)
|
|
第36页
|
60
|
900
|
|
第三季第九季
|
99.6
|
1,314 (1,424)
|
|
20亿
|
57（2.7K x 21核磁共振模型。包括氢。）
|
416=19.8K x 21核磁共振模型（416）
|
|
原子数大于10000的模型在PDB公司; 大于20000个原子，最大约为5%；超过50000个原子，最大约1.5%（计算NMR系综的所有模型）。
*kDa不包括Jmol报告的水（打印{not hoh}.mass.sum）。由于不明原因，RCSB分子量有时要大得多。RCSB报告在括号中。
|
JSmol显著更慢的大于Jmol。旋转将更加剧烈（请参阅JSmol/转速). 较小的分子（<10000个原子）处理得很好。大分子（>20000个原子；见右表）可能加载和处理速度较慢。（有时我看到JSmol冻结的延迟长达一分钟，甚至更长。这些延迟往往发生在大分子上，但不仅仅与大小有关。）多模型系综（例如核磁共振实验）可能会导致JSmol冻结，而需要几分钟来加载集合，或者加载可能永远不会完成。
以下是现在默认使用JSmol的两个网站如何处理这些问题：
- Jmol简介当有多个模型时，只加载第一个模型（在JSmol中）。它提供签名的Jmol_S（Java）作为选项（和首选项设置）。不再提供未签名的Jmol小程序，因为已弃用甲骨文表示，最终不会允许这样做。FirstGlance建议当分子中的原子数大于20000时使用Java，当分子中原子数大于50000时更强烈地建议使用Java。
- 蛋白质体只装载氨基酸α-碳原子（或核酸磷原子）和配体原子，因为它的带状视图（二级结构示意图）在没有其他原子的情况下工作良好。将显示一条突出的消息，表示简化模型正在显示，并且有一个按钮可以加载整个模型。对于登录的注册用户，Proteopedia有一个首选项设置，将使用Jmol_S而不是JSmol。
Internet Explorer和Edge中的性能不佳
JSmol在浏览器的javascript中运行。不同的web浏览器以非常不同的性能操作JSmol（请参阅JSmol/转速)，并且性能会随着浏览器版本的更新而变化。Internet Explorer的速度总是慢得令人无法接受（所有版本，包括版本11），但自2016年初以来不再是使用最广泛的浏览器.
有关当前建议，请参阅JSmol/转速.
Jmol中的FirstGlance检测正在使用的浏览器，并在使用其他浏览器时推荐最佳浏览器。
将网站从Jmol转换为JSmol
获取JSmol
1.下载Jmol。下载包包括JSmol和Jmol Java小程序。转到Jmol。组织，单击下载。
2.解压缩下载的Jmol文件。解压缩后，主文件夹中是jsmol.zip。也将其解压缩。
3.将jsmol文件夹（您在步骤2中解压缩的文件夹）及其所有内容（约2000个文件！）复制到您正在升级的资源中。（您不需要复制主文件夹中的任何其他文件。）
Jmol.js->Jmol2.js
以下步骤适用于资源的主html文件：
4.主html文件的<header>部分中的Javascript文件。如果旧页面使用了Jmol.js，则会出现这样一行，可以删除或注释掉：
<!— 注释此行<script src=“jmol/jmol.js”>-->
将这两行相加。Jmol2.js取代了Jmol.js，定义了您在Jmol.js中已经使用过的相同函数。这两行的顺序至关重要：JSmol.min.js必须在Jmol2.js之前.
<script type=“text/javascript”src=“jsmol/jsmol.min.js”></script><script type=“text/javascript”src=“jsmol/js/Jmol2.js”></script>
jmolInitialize（）
在代码中查找jmolInitialize（）。如果需要，请更改此函数的相对目录路径参数，以反映您添加的jsmol目录的位置。例如，如果主html文件位于folder1/folder2/main.html中，jsmol的位置是folder1/1jsmol，那么从main.html开始，jmolInitialize（“../jsmol”）。
（待续）
我知道以上内容是不完整的。当我了解更多时，我会在这里添加它。
其他转换建议
创建使用JSmol的新网站
下载并解压缩jsmol目录（请参阅上一节中的步骤1-3）。
jsmol目录中有各种演示.htm文件，这些文件说明了jsmol的使用，例如jsmol.htm（jsmol.html），一个系列文学.htm,lite2.htm网站等，系列简单.htm,简单1.htm,超简单.htm等。，测试2.htm等。
不幸的是，据我所知，除了文件本身之外，这些演示文件没有任何文档。
有两种方法可以预览这些.htm文件：
- 将url末尾的“jsmol.htm”替换为文件名http://chemapps.stolaf.edu/jmol/jsmol/js摩尔.htm.
- 从本地jsmol目录中拖动文件，并将其放到Firefox中。这可能在Firefox以外的任何浏览器中都不起作用。
启动新网站
以下是一个可能的步骤：
- 选择一个演示文件，该文件具有您要在网站中使用的功能。
- 将其复制到一个新目录中，该目录还包含jsmol目录的副本以及该目录中的所有原始文件。
- 编辑对jsmol目录中文件或目录的任何引用，以将其前缀为“jsmol/”，以便与jsmol文件夹位于同一目录中的.htm文件可以“找到”这些文件。例如，在simple.htm中，需要进行两项更改（粗体添加）：
- <script type=“text/javascript”src=“jsmol公司/JSmol.min.js“></script>
- j2sPath：“jsmol公司/j2s“，
- 经过以上两次更改后，您可以将simple.htm文件拖到Firefox中，它就可以工作了。
- 在您选择的工作演示文件中一次编辑一件事，保存并重新测试。因此，您可以逐步修改演示文件，使其成为您想要的网站。
如果您有问题或遇到困难，请向jmol-users电子邮件列表.
另请参见
