来自Proteopedia
蛋白质组链接蛋白质组链接蛋白质和核酸序列的编号在结构文件中是任意的全球蛋白质数据库（PDB）。也就是说，作者可以随意给序列编号。如果需要更改已发布的pdb文件，请看重新编号PDB文件.
直接编号将1指定给氨基末端氨基酸（或5'核苷酸），并按顺序和单调计算羧基末端氨基酸（或者3'核苷酸）。一个例子是1磅(1pgb). 结晶蛋白编号为1-56，尽管它是448-残基全长序列从全长序列号228开始（添加N末端Met后）。
以下是一些示例异常序列编号。此处未显示这些PDB条目的3D结构。要在3D中浏览它们，以下链接将在中显示它们Jmol简介（用箭头链接）或Proteopedia（括号中的链接）。
编号不以一开头
任意编号
1bsz（平方英寸）包含三条序列相同的链，编号为1-168、501-668和1001-1168。
N端残数缺少坐标
第一个带坐标的残基不编号为1的最常见原因可能是因为N末端（或5'-末端）残基由于晶体学无序（模糊电子密度图）而丢失坐标。一个例子是第1天66(第1天66). 链A的前7个残基缺失，因此坐标的第一个残基编号为8。结晶蛋白中存在1-7，但在电子密度图中无法解析。
从蛋白质中删除的N-末端残基
序列编号不以1开头的另一个常见原因是，实验中使用的克隆和表达蛋白中删除了一系列N末端残基。例如，中的链A2007年10月(2007年10月). 这条65个氨基酸的链以Gly132-Ser133开始，Gly132-Ser133不是基因序列的一部分。接下来是阿拉134，及其序列号（以及链其余部分的编号）与编号匹配的基因编码蛋白，全长304氨基酸。
当报告片段的结构时，作者并不总是使用全长序列编号。如上所述1pgb(1pgb)，结晶蛋白编号为1-56。尽管它是448-残基全长序列从全长序列号228开始（添加N末端Met后）。
以零或负数开头
零。有时初始序列号为零。一个例子是1bx周(1bx周). 前21个残留物基因组序列是一个信号序列。将结晶蛋白工程化，从基因组序列的残基22开始，即成熟蛋白的Ala1。Met被设计到N末端，可能是为了帮助表达。编号为Met0。（结晶蛋白结束于178，但成熟蛋白的基因组序列长度为346-21=325。）
否定。有时初始序列号为负数。这通常是在残留物被设计到N末端时进行的。从-1到1的转换可以包含也可以不包含编号为零的余数。一个例子是1吨5吨(1d5吨). 的N端Met基因组序列编号为1。但在N末端设计了一个双司他丁标签：His-2，His-1，Met-1。在这种情况下，没有编号为零的余数。C末端残基为Phe431，但基因组序列长度为447。在结晶的蛋白质中不存在基因组序列的C末端16残基。在这个模型中，没有因晶体学无序而缺失残基。
另一个例子是4天(4天)其中，R链包括编号为-1至-15和-30至-44的RNA残基。5'端的编号为-44，3'端的为-1。蛋白质链E的编号从-1、0、1、2…开始。。。。
相同数量的多个残留物
插入代码
PDB文件1igy中显示插入代码的摘录。
有时，蛋白质的残留物根据不同的参考序列。当有与参考序列相关的插入时，附加的残基可以被赋予相同的序列号，但用字母插入码标记。这通常发生在抗体中，其中参考序列是种系序列，但抗体已经发生了体细胞突变，特别是在互补性决定区（CDR）3。一个例子是1个igy(1个igy). 链B中的四个残基都有序列号82。它们通过插入代码来区分：82、82A、82B、82C。右侧是PDB文件的这一部分。以下是残基81-83，显示了它们在Jmol简介。插入代码位于插入符号“^”之后。（如何？见注释[1])
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| 1igy残基81-83在FirstGlance中以Jmol显示序列号。[1] |
反向插入代码
插入代码很少按字母顺序倒序排列。一个例子是1成功(1成功). L链由九个氨基酸组成，全部编号为1。插入代码位于逆字母顺序：1H、1G、1F。。。1B、1A、1、2、3。。。。在同一链L中有14个残基，编号为14。这些插入代码位于正向字母顺序：13、14、14A、14B。。。14升、14米、15、16。。。。链L还有10个编号为60的残基，从A到I有前向字母插入码，还有其他一些较短的插入码。
序列编号中的间隙
跳过序号
有时，在对连续蛋白质链进行编号时，会跳过一系列序列号。蛋白质链中没有缺口，只是链的编号不连续。如果是抗体1磅(1磅)，序列根据卡巴特方案相对于参考序列进行编号。链B以1开始，以474结束，但只包含444个残基（没有因无序而丢失坐标）。在链B中，残余物97之后是残余物100，跳过数字98-99。只跳过数字。无残留物缺失。残基97是与残基100结合的肽。有四个残基100，插入代码为H、I、J、K。残基157后面是残基162，跳过数字158-161.也跳过了序列号170、181-182、197、201、207、224-225、233-234、293-294、297-298、315-316、356、362、376、380、403-404、409、412-413、429、431-432，可能还有更多。
缺失残留物
PDB文件2的摘录显示了由于缺少循环导致的序列编号中的间隙。
结晶蛋白的表面环发生紊乱并不罕见。这种循环通常是内在无序。无序使该回路的电子密度图变得模糊，回路残留物在模型中没有给定坐标：它们在模型中缺失。然而，它们在结晶蛋白中并没有缺失。这会导致PDB文件中的序列号出现间隙。一个例子是2个ce(2个ce). 由于晶体中的无序，3D晶体模型中缺少残基485-489。同样缺失的还有3个N-末端和2个C-末端残基。Jmol中的第一眼列出了缺失的残留物，并用“空篮子”标记了3D模型中残留物缺失的区域。
| “空篮子”：区域特写2个ce其中残留物485-489缺失。在Jmol简介，空的篮子提醒用户缺少残留物。（“S-”标记缺失侧链原子的残基。） |
非单调
PDB文件4zwj的摘录显示了链A中的非单调序列编号。
很少情况下，序列号从N端到C端不单调增加。一个例子[2]是4zwj个(4zwj个). 在该嵌合蛋白中，链A编号为1002-1161，接1-326，接2012-2361。也就是说，连续氨基酸的数量突然增加：1161到1，326到2012。右边是一段摘自pdb文件对于4zwj链A，下面是非单调编号的快照。
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| 来自4zwj的八种氨基酸在第一眼看中以Jmol显示序列号。[3]Tyr 1161是Met 1的肽结合N末端。Cys 2与Cys 282二硫键合。 |
其他示例：
- 1个nsa(1个nsa)编号为7A-95A（“A”是插入代码），继续4-308。188和189之间插入了188A。
- 链条R in3sn6公司(3sn6公司). 编号为1002-1164，持续30-365。然而，该模型缺乏1164和30之间的键，因为氨基酸1161-1164由于晶体学紊乱而缺失。
笔记
- ↑1 1.1在第一眼中以Jmol显示1igy。点击查找然后输入链条=B和81-83。单击隔离并检查带光晕的原子。放大。在左中“周围光晕：”后单击更改，然后清除光晕.检查序列号（靠近左上面板的底部）。
- ↑感谢Rachel Kramer GreenRCSB公司对于此示例。
- ↑在第一眼中以Jmol显示4zwj。点击查找然后输入链条=A和（1-31160-1161281-283）。单击隔离并检查带光晕的原子。放大。在左中“周围光晕：”后单击更改，然后清除光晕.检查序列号（靠近左上面板的底部）。
另请参见
