温度值与分辨率

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简言之温度值(也称为B系数)对于中的原子结晶学的模型是对原子位置不确定性的度量。(有关更多信息,请参阅温度值.)分辨率是模型中所有原子不确定性的平均度量。来自一个非常小样本的结果(如下)表明,模型的平均温度值与其分辨率呈正相关。

另请参见温度颜色方案.

目录

总结

注意:以下结果基于非常小的样本7-8个PDB文件中,不包括一些看似异常的情况(请参阅下面的详细信息)。中位数分辨率在中蛋白质数据库为2.19奥(2011年6月27日)。

总结
温度值与。分辨率
分辨率温度值的平均值
N=7-8
分钟平均值[1] 马克斯
1.4 Å62077
2.0 Å123066
3.5 Å1862169
  1. 平均每个模型的平均值超过7-8个模型。

1.4声速分辨率

分辨率1.4奥恩斯特罗姆
最小值/平均值/最大值:温度值选择用于低或高R/Rfree的示例。

PDB ID 沉积 R(右) R自由 分钟平均马克斯笔记
2c5a公司 20050.1050.14021468
2个 20100.1190.16751759
1小时 19940.14---720104
1微米 20030.1170.1891024158离群值
3e8o公司 20080.1300.16371860
3毫克 20100.2620.28863193
403天 19980.2420.31662569DNA
2a4x型 20050.2220.26461884 [1]
总结
温度值
对于分辨率1.4 Å
范围[2] 平均值[2]
N=7
分钟2-75.6
平均14-3120.4
马克斯59-10476.7
  1. 配体(29个原子;占2352个原子的1.2%)的平均温度为80。非配体原子的最高温度为64。
  2. 2 2.1排除指定为异常值的行。

2.0声速分辨率

2.19 Aungstroms是中间值分辨率在中蛋白质数据库截至2011年6月27日。

分辨率2.0奥恩斯特罗姆
最小值/平均值/最大值:温度值选择用于低或高R/Rfree的示例。

PDB ID 沉积 R(右) R自由 分钟平均马克斯笔记
3分6秒 20100.1240.15523678
1TB 20040.1300.18472159
1个 19990.1260.20021272
1伏 20050.1410.158113064新加坡[1]
1yze(伊泽) 20050.3250.367222222离群值
1立方米 20020.3420.352163467
3d0米 20080.2950.3613062130RNA,离群
2瓦2伏 20080.2830.345172959
3dvv电视 20080.2680.277264566核糖核酸
总结
温度值
对于分辨率2.0 Å
范围[2] 平均值[2]
N=7
分钟2-2611.6
平均12-4529.6
马克斯59-7866.4
  1. 结构基因组学条目。
  2. 2 2.1排除指定为异常值的行。

3.5声速分辨率

分辨率3.5奥恩斯特罗姆
最小值/平均值/最大值:温度值选择用于低或高R/Rfree的示例。
中位数自由R分辨率3.5Å为0.29(2011年6月)。

PDB ID 沉积 R(右) R自由 分钟平均马克斯笔记[1]
3平方公里 20100.1800.23621478
2克 20070.2030.29322384
1个立方厘米 20040.1950.2642457222
1个go 19970.1820.274231108
2像素 20070.3760.407058198
2j7° 20060.3530.36037119150
2伏 20080.3210.35164117317
2x6公里 20100.2380.2961575195
总结
温度值
对于分辨率3.5 Å
范围平均值
N=8
分钟0-6418.3
平均14-11961.8
马克斯78-317169
  1. 没有仅包含核酸的条目的分辨率为3.5,R值<0.4。

方法

温度颜色方案是一个Jmol脚本,用于报告PDB文件中的最小/平均/最大温度值。还可以使用以下命令报告这些值:

  • 打印{*}.温度.min
  • 打印{*}.温度
  • 打印{*}.temerature.max

其中{*}表示“所有原子”。

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埃里克·马茨

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