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蛋白质组链接蛋白质组链接简言之温度值(也称为B系数)对于中的原子结晶学的模型是对原子位置不确定性的度量。(有关更多信息,请参阅温度值.)分辨率是模型中所有原子不确定性的平均度量。来自一个非常小样本的结果(如下)表明,模型的平均温度值与其分辨率呈正相关。
另请参见温度颜色方案.
总结
注意:以下结果基于非常小的样本7-8个PDB文件中,不包括一些看似异常的情况(请参阅下面的详细信息)。中位数分辨率在中蛋白质数据库为2.19奥(2011年6月27日)。
总结
温度值与。分辨率
分辨率 | 温度值的平均值 N=7-8 |
分钟 | 平均值[1] | 马克斯 |
1.4 Å | 6 | 20 | 77 |
2.0 Å | 12 | 30 | 66 |
3.5 Å | 18 | 62 | 169 |
- ↑平均每个模型的平均值超过7-8个模型。
1.4声速分辨率
分辨率1.4奥恩斯特罗姆
最小值/平均值/最大值:温度值选择用于低或高R/Rfree的示例。
总结
温度值
对于分辨率1.4 Å
列 | 范围[2] | 平均值[2] N=7 |
分钟 | 2-7 | 5.6 |
平均 | 14-31 | 20.4 |
马克斯 | 59-104 | 76.7 |
- ↑配体(29个原子;占2352个原子的1.2%)的平均温度为80。非配体原子的最高温度为64。
- ↑2 2.1排除指定为异常值的行。
2.0声速分辨率
2.19 Aungstroms是中间值分辨率在中蛋白质数据库截至2011年6月27日。
分辨率2.0奥恩斯特罗姆
最小值/平均值/最大值:温度值选择用于低或高R/Rfree的示例。
PDB ID | 沉积 | R(右) | R自由 | 分钟 | 平均 | 马克斯 | 笔记 |
3分6秒 | 2010 | 0.124 | 0.155 | 2 | 36 | 78 |
|
1TB | 2004 | 0.130 | 0.184 | 7 | 21 | 59 |
|
1个 | 1999 | 0.126 | 0.200 | 2 | 12 | 72 |
|
1伏 | 2005 | 0.141 | 0.158 | 11 | 30 | 64 | 新加坡[1]
|
1yze(伊泽) | 2005 | 0.325 | 0.367 | 22 | 22 | 22 | 离群值 |
1立方米 | 2002 | 0.342 | 0.352 | 16 | 34 | 67 |
|
3d0米 | 2008 | 0.295 | 0.361 | 30 | 62 | 130 | RNA,离群 |
2瓦2伏 | 2008 | 0.283 | 0.345 | 17 | 29 | 59 |
|
3dvv电视 | 2008 | 0.268 | 0.277 | 26 | 45 | 66 | 核糖核酸 |
总结
温度值
对于分辨率2.0 Å
列 | 范围[2] | 平均值[2] N=7 |
分钟 | 2-26 | 11.6 |
平均 | 12-45 | 29.6 |
马克斯 | 59-78 | 66.4 |
- ↑结构基因组学条目。
- ↑2 2.1排除指定为异常值的行。
3.5声速分辨率
分辨率3.5奥恩斯特罗姆
最小值/平均值/最大值:温度值选择用于低或高R/Rfree的示例。
中位数自由R分辨率3.5Å为0.29(2011年6月)。
PDB ID | 沉积 | R(右) | R自由 | 分钟 | 平均 | 马克斯 | 笔记[1]
|
3平方公里 | 2010 | 0.180 | 0.236 | 2 | 14 | 78 |
|
2克 | 2007 | 0.203 | 0.293 | 2 | 23 | 84 |
|
1个立方厘米 | 2004 | 0.195 | 0.264 | 24 | 57 | 222 |
|
1个go | 1997 | 0.182 | 0.274 | 2 | 31 | 108 |
|
2像素 | 2007 | 0.376 | 0.407 | 0 | 58 | 198 |
|
2j7° | 2006 | 0.353 | 0.360 | 37 | 119 | 150 |
|
2伏 | 2008 | 0.321 | 0.351 | 64 | 117 | 317 |
|
2x6公里 | 2010 | 0.238 | 0.296 | 15 | 75 | 195 |
|
总结
温度值
对于分辨率3.5 Å
列 | 范围 | 平均值 N=8 |
分钟 | 0-64 | 18.3 |
平均 | 14-119 | 61.8 |
马克斯 | 78-317 | 169 |
- ↑没有仅包含核酸的条目的分辨率为3.5,R值<0.4。
方法
在温度颜色方案是一个Jmol脚本,用于报告PDB文件中的最小/平均/最大温度值。还可以使用以下命令报告这些值:
- 打印{*}.温度.min
- 打印{*}.温度
- 打印{*}.temerature.max
其中{*}表示“所有原子”。