对新文章的建议

来自Proteopedia

蛋白质组链接蛋白质组链接

本页为蛋白质组的未来文章提供分子或主题建议。

自然或许还有其他期刊，允许将读者的评论附加到科学报告中。因此，Proteopedia中基于《自然》杂志的一篇报告的交互式3D插图可以在评论中链接到在线文章。

目录 1 Eric Martz的建议 1.1 2015 1.1.1 10月：B12细菌光感受器调节转录 1.2 2012 1.2.1 四月：B12在甲基转移酶中的分子对偶 1.2.2 四月：紫外线-B光受体二聚体到单体 1.2.3 二月：毒蕈碱乙酰胆碱受体 1.2.4 一月：神经递质钠转运体 1.3 2011 1.3.1 10月：酶中的催化位点重塑 1.3.2 9月：活性状态β2肾上腺素能受体复合物与G蛋白异源三聚体 1.3.3 9月：激活经典内向整流器钾通道

Eric Martz的建议

这些建议由用户：Eric Martz他邀请任何人开始发表关于这些分子的文章。在以下情况下变形如果可以，Eric将很乐意提供技术帮助。

2015

10月：B₁₂细菌光感受器调节转录

• Jost M、Fernandez Zapata J、Polanco MC、Ortiz Guerrero JM、Chen PY、Kang G、Padmanabhan S、Elias Arnanz M、Drennan CL。B依赖性光感受器基因调控的结构基础。自然。2015年9月28日。doi:10.1038/nature14950。PMID：26416754数字对象标识：http://dx.doi.org/10.1038/nature14950

• CarH光感受器将DNA结合在其N末端结构域和腺苷钴胺（一种维生素B）上₁₂导数）在其中间域和C末端域之间(5c8e). DNA结合构象是一种同源四聚体。
• 光破坏了Co-C键，释放出5'-脱氧腺苷，导致结构域取向偏移>8℃。这会破坏四聚体，释放DNA并激活转录。
• 看起来适合变形（其中之一5c8a级,5c8天，或5c8e暴露在阳光下的形状5c8英尺).
• 扩展数据只有静态图形（没有电影）。

2012

四月：B12在甲基转移酶中的分子对偶

• Kung Y，Ando N，Doukov TI，Blasiak LC，Bender G，Seravali J，Ragsdale SW，Drennan CL.可视化B（12）依赖性甲基转移酶复合物中的分子杂耍。自然。2012年3月14日。doi:10.1038/nature10916。PMID：22419154数字对象标识：10.1038/性质10916

• 完整220kDa B的第一晶体结构₁₂-依赖性甲基转移酶复合物(4天,4天,4djf型,决议2.4-3.5 Å).
• 可以看到戏剧性的重排，显示了B的轨迹₁₂在休息和催化位置之间。这些是已知的晶体状态下蛋白质最大的构象运动。
• 可能适合变形。
• 补充信息不包含电影。
• 4djd和4djf的叠加：

• 另请参见蛋氨酸合酶

四月：紫外线-B光受体二聚体到单体

• 吴德，胡强，闫Z，陈伟，闫C，黄X，张杰，杨鹏，邓H，王杰，邓X，石毅。UVR8感知紫外线-B的结构基础。自然。2012年2月29日；484(7393):214-9. doi:10.1038/nature10931。PMID：22388820数字对象标识：10.1038/性质10931

• UVR8是一种紫外线-B光感受器拟南芥.UVB辐射将其从同型二聚体转化为单体，单体与伴侣相互作用，导致紫外线保护蛋白的转录激活。这个1.8º结构（野生型4dnw（四dnw），W285A4dnu型和W285F4dnv公司)揭示出不涉及非蛋白发色团。Trp285和233起生色团的作用。Arg 286和Arg 338参与了阳离子-π相互作用与这些和其他色氨酸形成网络。UVB辐射破坏这些相互作用并使二聚体解离。
• 除了众多阳离子-π相互作用在二聚体界面上，有许多盐桥.

二月：毒蕈碱乙酰胆碱受体

• Haga K、Kruse AC、Asada H、Yurugi Kobayashi T、Shiroyshi M、Zhang C、Weis WI、Okada T、Kobilka BK、Haga T、Kobayashi T。与拮抗剂结合的人M2毒蕈碱乙酰胆碱受体的结构。自然。2012年1月25日；482(7386):547-51. doi:10.1038/nature10753。PMID：22278061数字对象标识：10.1038/自然10753

• Kruse AC、Hu J、Pan AC、Arlow DH、Rosenbaum DM、Rosemond E、Green HF、Liu T、Chae PS、Dror RO、Shaw DE、Weis WI、Wess J、Kobilka BK。M3毒蕈碱型乙酰胆碱受体的结构和动力学。自然。2012年2月22日；482(7386):552-6. doi:10.1038/nature10867。PMID：22358844数字对象标识：10.1038/自然10867

• 新墨西哥州内森森Kow RL。结构生物学：毒蕈碱受体变得晶莹剔透。自然。2012年2月22日；482(7386):480-1. doi:10.1038/482480a。PMID：22358836数字对象标识：10.1038/482480a

• 哈加等。：“第一个具有结构特征的人类乙酰胆碱受体……”(3微米).

一月：神经递质钠转运体

• Krishnamurthy H，Gouaux E.LeuT在无底物向外开放和apo向内开放状态下的X射线结构。自然。2012年1月9日。doi:10.1038/nature10737。PMID：22230955数字对象标识：10.1038/自然10737

• LeuT是一种神经递质钠转运体的细菌同源物，可从突触中清除神经递质并终止神经传递。本文提出的新结构“为神经递质钠转运体的机制及其通过治疗和非法物质的调节建立了一个结构框架”。
• 一种新的无底层结构是向外开放的，第3节1与以前的底物结合的向外闭塞结构的比较显示了“底物的结合如何通过局部构象变化关闭细胞外大门”。
• 一种新的无基板内开式结构，第3节涉及大规模构象变化。
• 作者提供了一个补充真正的电影在三个结构之间包含两个变形：无子结构向外打开第3次到亮氨酸结合，向外封闭2a65年然后向内打开第3节.交互式变形在里面焦摩尔可能是有利的。

2011

10月：酶中的催化位点重塑

• Du J，Say RF，Lu W，Fuchs G，Einsle O。双功能果糖-1,6-二磷酸醛缩酶/磷酸酶的活性部位重塑。自然。2011年10月9日。doi:10.1038/nature10458。PMID：21983965数字对象标识：10.1038/自然10458

• Fushinobu S、Nishimasu H、Hattori D、Song HJ、Wakagi T。果糖-1,6-二磷酸醛缩酶/磷酸酶双功能性的结构基础。自然。2011年10月9日；478(7370):538-41. doi:10.1038/nature10457。PMID：21983966数字对象标识：10.1038/自然10457

• 可能适用于说明催化细节的变形。杜等。：“在这里，我们展示了反应的一系列结构快照，揭示了活性位点的实质性重塑……”（例如图2，未标记3个2b，DHAP配体3t2c型，FBP配体第3天和F6P产品组合3吨2当量). 福希诺布等。描述“活性部位的剧烈构象变化”（例如，图1，DHAP复合体300万卢比与FBP复合1毫克).
• 两份报告都没有在补充材料中包含电影。

9月：活性状态β2肾上腺素能受体复合物与G蛋白异源三聚体

• Rasmussen SG、DeVree BT、Zou Y、Kruse AC、Chung KY、Kobilka TS、Thian FS、Chae PS、Pardon E、Calinski D、Mathiesen JM、Shah ST、Lyons JA、Caffrey M、Gellman SH、Steyaert J、Skiniotis G、Weis WI、Sunahara RK、Kobilka-BK。β2肾上腺素能受体-Gs蛋白复合物的晶体结构。自然。2011年7月19日；477(7366):549-55. doi:10.1038/nature10361。PMID：21772288数字对象标识：10.1038/自然10361

• Schwartz TW，Sakmar TP。结构生物学：信号复合体的快照。自然。2011年9月28日；477(7366):540-1. doi:10.1038/477540a。PMID：21956322数字对象标识：10.1038/477540a

• “……GPCR首次对跨膜信号进行高分辨率观察。”
• 可能适合于比较激动剂占据的单体β2肾上腺素能受体和无核苷酸G蛋白异源三聚体的变体3sn6公司从2007年开始使用不活跃的卡唑醇结合β2肾上腺素能受体，相对湿度2，参见图3。跨膜螺旋6移动14°。
• 可能适合于比较复合体中Gαs的另一个变体第3页6GTPγs结合Gαs1岁，参见图5。
• 本出版物的补充资料中不包含任何电影。

9月：激活经典内向整流器钾通道

• Hansen SB，Tao X，Mackinnon R.PIP（2）激活经典内向整流器K（+）通道Kir2.2的结构基础。自然。2011年8月28日。doi:10.1038/nature10370。PMID：21874019数字对象标识：10.1038/自然10370

• 在PIP2结合中，一个灵活的扩张连接子收缩成一个紧密的螺旋结构，细胞质结构域翻译6μ，并与跨膜结构域相连，内螺旋门开始打开
• 可能适合变形。apo结构是3jyc公司和PIP2绑定结构，3英里/小时。补充信息不包括任何电影。