5元环中的包络构象和扭曲构象
对于环中每个原子都具有完美四面体几何形状的五元环，如果环是平面的（围绕环旋转约353度，而不是360度），则应变最小。然而，所有氢/取代基都会被分离，这不是最低能量构象。[1]为了减轻压力，一个或两个原子移出平面。平面外一个原子的构象称为（内切或外切取决于原子在平面上方还是下方）。通过单击下面的单选按钮，可以显示由三个连续环形原子定义的5个可能平面。在三种情况下，剩下的两个原子位于平面的同一侧。在两种情况下（“123”和“512”），碳4被移出平面，使这种构象成为碳4的外壳。
平面外两个连续原子的构象，一个在上面，一个位于下面，称为。在这个例子中，碳4和碳5不在平面上。同样，您可以使用五组可能的三个连续原子（上面的按钮）来定义平面。正如你会发现的那样，4/5扭曲与碳4封套（选择512平面）和碳5封套（选234平面）的构象非常接近。
两个以上的原子永远不会离开平面，因为剩下的三个原子总是定义一个平面。
用伪旋转角描述构象
为了明确分类构象，使用了伪旋转角和振幅。上图显示了按伪旋转角排序的环戊烷构象。五边形代表五元环，平面上方的原子表示蓝色圆圈，平面下方的原子表示橙色圆圈，以及平面中的其他三个或四个原子。假旋转角相近的构象在相应原子的均方根距离上也相近。文献中有两种定义导致了非常相似的结果。[2]一旦计算出伪比角，就可以命名构象并将其绘制在伪旋转图中（参见示例。[3]). 这个舞蹈表演显示了构象如何随着伪旋转角的变化而变化。
核糖环的构象
两种最常见的构象是C3’endo和C2’endo。对于核糖，endo是指糖苷键的一侧（即核苷中碱基的方向）。它也是5'-OH基团的方向，而2'-OHs和3'-OHS位于外显侧。该动画显示了构象。使用按钮切换附在知更鸟环上的群。注意构象变化时，5'-OH和3'-OH-群（或附在磷酸根上的群，如果显示）之间的距离是如何变化的。
这是同样的动画，但是在整个变形中处于相同的位置和方向。使用上面的按钮以交互方式更改视图以及启动和停止动画。
B-DNA与A-DNA
B-DNA是双链DNA中最常见的构象。在非天然高盐溶液中，B-DNA可以改变构象为A-DNA。双标记RNA的构象类似于a-DNA。当DNA从糖皱缩发生变化，相邻磷酸基团之间的距离减小，碱基的堆积发生变化。在点击下面的按钮之前，试着弄清楚哪个构象是A，哪个是B。
