来自Proteopedia
蛋白质组链接蛋白质组链接A类网站，或功能性场地是三维蛋白质结构中执行功能的区域。该网站由一组氨基酸，但功能可能还需要非氨基酸成分（例如金属离子）。典型的位点可以是酶中结合底物的催化位点、结合调节因子的调节位点、结合金属离子等非蛋白实体的位点以及结合核酸或其他蛋白质的位点。功能场所通常是进化上保守的，但有时进化上的高变量.
网站绿色链接
这个地点中的绿色链接蛋白质体突出显示构成所显示的PDB文件中定义的功能站点的残留物（如树枝）。您可能需要放大才能清楚地看到它们。例如，在1前夕分子下方是绿色链接，用于突出催化位点和抑制剂结合位点。这两个站点在原子坐标文件分别作为CAT和IHB。（备注800原子坐标文件头中的部分通常包含此类信息，请参阅下面的在此处的“备注800（更新）”下）点击绿色链接显示分子正下方站点的全名。
现场残留物识别
你可以通过用鼠标触摸3D结构本身（而不是点击它们）来识别站点中的残留物。几秒钟后会出现一个称为“悬停报告”的小盒子，用来识别鼠标接触到的原子、残留物和链条。任何原子都可以通过这种方式识别，无论它是否位于某个位置。为了确保您接触到了预期的原子，您必须小心鼠标没有靠近其他原子。这最好通过定位分子来实现，这样感兴趣的原子前面什么都没有，后面只有空白背景。
缺少的站点
为了蛋白质体为了能够突出显示功能站点，原子坐标文件的作者必须在文件发布时定义这些站点。通常，作者在发布原子坐标文件时可能没有定义原子坐标文件中的已知功能位点。有时，结构可能是在已知功能位点之前确定的，因此它们在原子坐标文件中将不存在。因此地点并不意味着没有功能站点。
当然，在蛋白质体当原子坐标文件中没有包含已知的功能站点时，添加一个显示该站点的绿色链接相对容易。
检测功能站点
寻找蛋白质结构中功能位点的一种方法是寻找高度保守残基的表面斑块。可以使用ConSurf服务器。请参阅保护，进化.
探索绑定站点
Proteopedia中许多带有绿色链接的位点是结合位点。如果您希望更详细地浏览绑定站点，请尝试链接到第一眼在中资源交互分子下方的行（在所有标题为PDB代码). 或者直接去第一眼。J摩尔。组织并输入PDB代码.
一次进入第一眼，单击联络。按照那里的说明显示所有可能与您选择的任何部分非共价键合的原子和残基。关于与酶结合药物接触的示例，请参见帮助：Copying_FirstGlance_Scenes_into_Proteopedia.
