盐桥

来自Proteopedia

蛋白质组链接蛋白质组链接

所有型号 维甲酸（-）和arg131（+）之间的盐桥1cbr个. 显示：非对称单元 生物组件 用鼠标拖动结构进行旋转  导出动画图像 在蛋白质中，盐桥[1]发生在带有相反正或负全电子电荷的氨基酸侧链之间，即（在中性pH下）Glu-或Asp-与Arg+或Lys+。它们也可能发生在电离有机配体之间，例如乙酰胆碱+（或右侧示例：1cbr个)，或无机离子，如K+或SO4=，和氨基酸侧链。 当电荷中心相距小于等于4°时，通常认为存在盐桥([2]参见参考文件中表6的图例。[3]). 精氨酸侧链的电荷中心是zeta碳[4]这种互补电荷对的能量意义是局部环境的复杂函数。 蛋白质来自嗜热菌盐桥比介孔蛋白多[5][6][7]这些额外的盐桥有助于稳定性，抵抗高温变性[8][9]. 目录 1 示例 1.1 嗜热菌与嗜中温菌 1.2 紫外线-B受体 1.3 盐桥的链条和丛丛 示例 嗜热菌与嗜中温菌 对于嗜热菌、，火球菌属(1千兆吨)和中间相，共生梭菌(1小时)[7]嗜热菌蛋白质中参与盐桥的N和O原子数是中温菌蛋白质的1.7倍（分别为301和175，计算方法如下第一眼). 活性位点周围的嗜热酶簇中的许多额外盐桥[10]. 紫外线-B受体 UVR8是植物中的一种紫外线-B受体，例如拟南芥它是一种同型二聚体，在辐照后分解为参与紫外线保护蛋白转录激活的单体[11]出乎意料的是，发现高离子强度可以解离二聚体。同二聚体4dnw（四dnw）包含许多盐桥和阳离子-π相互作用在界面上。更多. 盐桥的链条和丛丛 6个月包含一系列盐桥：D236-K170-D140-R237-E120-K301。该链在R237处分支，R237是盐桥连接到D119的。支链可以描述为“丛”。（K301是一种罕见的单体氨基酸配体。）

可视化

包含带电氨基酸侧链和/或带电链末端的假定蛋白质盐桥可以通过以下方式显示Jmol简介。可以使用接触和非共价相互作用工具，在选择配体作为显示目标后。这种情况在JSmol中进行了说明。

工具书类

1. ↑Donald JE、Kulp DW、DeGrado WF。盐桥：几何特定、可设计的相互作用。蛋白质。2011年3月；79(3):898-915. doi:10.1002/port.22927。Epub 2011年1月5日。PMID：21287621数字对象标识：http://dx.doi.org/10.1002/port.22927
2. ↑杰弗里，乔治·A，《氢键导论》，牛津大学出版社，1997年。第192页。
3. ↑Kajander T，Kahn PC，Passila SH，Cohen DC，Lehtio L，Adolfsen W，Warwicker J，Schell U，Goldman A.蛋白质中的埋藏带电表面。结构。2000年11月15日；8(11):1203-14. PMID：11080642
4. ↑Gallivan JP，Dougherty DA。结构生物学中的阳离子-π相互作用。美国国家科学院院刊1999年8月17日；96(17):9459-64. PMID：10449714
5. ↑Pace CN，Grimsley GR，Scholtz JM。蛋白质电离基团：pK值及其对蛋白质稳定性和溶解度的贡献。生物化学杂志。2009年5月15日；284(20):13285-9. doi:10.1074/jbc。R800080200。Epub 2009，1月21日。PMID：19164280数字对象标识：http://dx.doi.org/10.1074/jbc.R800080200
6. ↑Das R，Gerstein M.《嗜热蛋白的稳定性：基于全面基因组比较的研究》。功能整合基因组学。2000年5月；1(1):76-88. PMID：11793224数字对象标识：2007年10月14日/10142000003
7. ↑^{7 7.1}Kumar S，Nussinov R.嗜热蛋白质如何处理热量？细胞分子生命科学。2001年8月；58(9):1216-33. PMID：11577980
8. ↑Chan CH、Yu TH、Wong KB。稳定盐桥通过减少展开过程中的热容变化来增强蛋白质的热稳定性。公共科学图书馆一号。2011;6（6）：e21624。Epub 2011年6月24日。PMID：21720566数字对象标识：10.1371/journal.pone.0021624
9. ↑Bandyopadhyay AK、Islam RNU、Mitra D、Banerjee S、Goswami A.嗜热蛋白质中埋藏和网络盐桥（BNSB）的稳定性。生物信息。2019年2月3日；15(1):61-67. doi:10.6026/97320630015061。eCollection，2019年。PMID：31360001数字对象标识：http://dx.doi.org/10.6026/97320630015061
10. ↑Kumar S，Ma B，Tsai CJ，Nussinov R.嗜热和中温谷氨酸脱氢酶单体中盐桥的静电强度。蛋白质。2000年3月1日；38(4):368-83. doi:，10.1002/（sici）1097-0134（20000301）38:4<368:：aid-prot3>3.0.co；2-r.PMID：10707024数字对象标识：<368:：aid-prot3>3.0.co；2个月http://dx.doi.org/10.1002/（sici）1097-0134（20000301）38:4<368:：aid-prot3>3.0.co；2个月
11. ↑吴德，胡强，闫Z，陈伟，闫C，黄X，张杰，杨鹏，邓H，王杰，邓X，石毅。UVR8感知紫外线-B的结构基础。自然。2012年2月29日；484(7393):214-9. doi:10.1038/nature10931。PMID：22388820数字对象标识：10.1038/性质10931