SV40 Capsid简体

来自Proteopedia

蛋白足连接蛋白足连接

SV40病毒衣壳的简化模型。 显示：非对称单元 生物组件 用鼠标拖动结构进行旋转  导出动画图像

• （仅显示衣壳）

该模型基于猿猴病毒40的VP1衣壳蛋白的结晶溶液，发表于1sva（1sva）.

这个非对称单元属于1sva（1sva）包含VP1蛋白的五聚体和一条额外的链。整个衣壳由（欧洲生物信息学研究所的）可能的四元结构服务器使用1sva.pdb中规定的对称操作从1sva构建而成（备注350）。由此产生的衣壳模型包含360条VP1蛋白链，在二十面体中排列为72个五聚体（12个顶点形成20个等边三角形面）。衣壳的PDB原子坐标文件包含所有非氢蛋白质原子，大小为70兆字节。

在右侧高度简化的模型中，每个蛋白质链都被还原为单个原子产生360个原子^[1]原子之间的距离大大缩短焦耳（Jmol）（和其他常见分子可视化程序)为了更容易地显示模型，使用重叠的“原子”球体来模拟衣壳。

黄色是十二个五链五聚体，代表定义二十面体20个等边三角形面的12个顶点。在每个顶点上放置伪原子，以便绘制代表二十面体方向的线。请注意，每个黄色五链五聚体由五个五聚体包围，而每个灰色五聚体则由六个五聚物包围。

内容属性

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笔记

1. ↑由于每个原始链1sva（1sva）有2700个非氢原子，这将数据的大小减少了2700倍

另请参见

• 原子坐标文件图片：Sv40 capid 360 atoms.pdb衣壳原子为“V链”；二十面体原子是“链I”；顶点原子（上面的黄色）可以选择为“select 2”。Jmol中的顶点原子之间通过“connect 2（：i）（：i）”生成了伪键。