蛋白质探索者

来自Proteopedia

蛋白质组链接蛋白质组链接

Protein Explorer（以前位于Protein Explorer.Org]）^[1]是一个免费的高分子可视化软件包，主要由埃里克·马茨从1998年到2006年，它在Firefox网络浏览器中工作。它是为学生和教育工作者设计的，但由于其强大的功能和易用性，也被研究人员广泛使用。2003年，它赢得了梅洛经典奖生物示范学习材料：“蛋白质探索者在分子水平上彻底改变了生物教学。”。

蛋白质探索者利用了MDL蜂鸣器浏览器插件（与Proteopedia中的Jmol applet一样，它可以进行交互式分子渲染）。尽管Chime是免费的，但它并不是开源的，在21世纪初几乎没有什么发展。Mac OS X从来没有Chime，即使在Windows上，让Chime工作有时也会有问题。蛋白质探索者只在Firefox浏览器web浏览器，仅在Windows中。由于这些问题，以及需要下载和安装Chime插件才能使用，Protein Explorer的使用大约在2005年开始下降，2007年停止开发。

蛋白质探索者（至少部分）被重新设计为使用开源焦耳（Jmol）通过鲍勃·汉森（Jmol近年来的主要开发者）。此版本在？？？上提供？？？。

尽管Protein Explorer（Chime版本）的工作有些繁琐，但它有一些强大的功能，在易用性方面无与伦比，因此值得为一些项目付出努力。

• Flash电影介绍了如何使用Protein Explorer，以及一小时旅行可以帮助您开始。

• 它为初学者提供了广泛的帮助，也为研究人员提供了关于蛋白质结构主题的介绍性信息。没有其他的分子可视化程序有这么多关于大分子结构原理的内置信息。这包括广泛的帮助/索引/词汇表.

• 它几乎做了你能做的一切Jmol简介2016年左右，但具有更大的灵活性，包括识别与任何部分的非共价相互作用(联络)，并显示盐桥和阳离子-π相互作用。灵活性越大，复杂性就越大，所以Jmol简介使用起来更简单。（最近，FirstGlance增强了Protein Explorer从未具备的功能。）

• Protein Explorer使您能够在分子视图中自定义显示和着色，就像Proteopedia的一样场景创作工具相反，Jmol简介在很大程度上限制了您的“固定”视图。

• 它可以离线下载和使用。

• Protein Explorer在重新格式化pdb文件标题部分以简洁易懂的格式，并解释所涉及的术语（例如分辨率、R值和Rfree），而不是当时的任何其他高分子可视化软件包。

• 一个可点击的序列列表显示了3D结构中任何残留物的位置（“Seq3D”）。

• 其NMR/Animation控制面板方便了对多模型PDB文件的探索和动画制作，具有极大的灵活性和控制能力。它通过菜单和按钮生成了一个动画脚本，在Chime和RasMol中运行。在RasMol中运行此脚本会将每一帧保存为.gif快照文件，然后这些快照文件可以组装成一部多gif电影。示例.

• Protein Explorer的MSA3D能够通过进化保守性为3D蛋白质模型着色，这种保守性来自于包含两个序列的多序列比对。虽然ConSurf服务器用一种非常优越的算法计算进化守恒（然后相应地给3D模型上色），它至少需要五个序列。

另请参见

• 编钟
• Jmol简介
• 分子建模和可视化软件

工具书类

1. ↑蛋白质探索者：简单而强大的高分子可视化。埃里克·马茨。生物化学科学趋势,27（2月）：107-1092002。