用户：Eric Martz/Protein 3D Structure Resources for Educator 2016

来自Proteopedia

蛋白质组链接蛋白质组链接

STCC教育工作者研讨会
以及其他斯普林菲尔德MA地区的学院和学校。
通过埃里克·马茨
主持人：Dawn Tamarkin公司
2016年7月18日和19日，星期一和星期二，下午1:00-5:00
斯普林菲尔德技术社区学院，美国马萨诸塞州斯普林菲尔德军械库广场1号。2号楼614室
到这里来标准立方厘米。莫尔维兹。组织

目录 1 背景 1.1 结构生物信息学和基因组学导论 1.2 全球蛋白质数据库 1.3 UniProt公司。组织 2 主要基于Jmol的工具 2.1 变形菌属。组织 2.2 第一眼。Jmol（焦耳）。组织 三 带评估的课程计划（3个下午） 4 特定大分子教程 4.1 学生提问的分子（不需要Java） 4.2 毫无疑问的分子。。。然而 4.2.1 无需Java 4.2.2 需要Java的教程（繁琐） 5 本月最佳分子 6 酶反应视频 7 制作自己的教程 8 针对研究人员 9 另请参阅

背景

结构生物信息学和基因组学导论

• 结构生物信息学和基因组学导论
  • 为什么我们关心三维大分子结构？
  • 什么是三维结构数据？
  • 三维结构数据来自哪里？
  • 我们有多少3D结构知识？
  • 什么是主要的和衍生的三维结构数据库？

全球蛋白质数据库

• 全球蛋白质数据库
  • 什么是蛋白质数据库?

UniProt公司。组织

• UniProt公司。组织蛋白质序列数据库和查找3D模型的好地方：
  • 单击蓝色序列按钮（页面左侧）以获取蛋白质链的全长。
  • 单击蓝色结构按钮（页面左侧）：
    • 有没有PDB代码?
    • 如果是：它们覆盖了多少全长？
    • 如果否，请单击后面的代码蛋白质模型门户寻找同源模型.
  • 详细说明：同源建模实用指南（包括如何在诉诸同源模型之前寻找经验模型）。

主要基于Jmol的工具

蛋白质体。组织

蛋白质体。组织

• 一个蛋白质结构百科全书“维基”，在焦摩尔.
• 绿色链接解释性文字改变了分子场景。
• 教程特定分子和结构生物学术语和概念的定义/解释.
• 与维基百科一样，内容也是由用户贡献的。
• 直接支持分子场景的定制分子场景创作工具。请参阅制作自己的教程.
• 与维基百科不同，作者是通过真实姓名识别的，因此可以获得学分并承担责任。

第一眼。Jmol（焦耳）。组织

第一眼。Jmol（焦耳）。组织

• Jmol的用户界面容易得多了解大分子的主要结构特征。
• 使用者自然新结构报告中的“3D”按钮。也是由许多其他期刊和生物信息学资源.
• 做不支持分子视图的定制。你被标准的配色方案所困扰。
• 轻松保存静态图像或演示文稿动画。示例.
• 它是什么？ 更多.

带评估的课程计划（3个下午）

		烯醇化酶(4enl（英语）; 糖酵解中的一种酶）进化保守性从ConSurf公司.催化袋高度保守。
此页面上的动画是使用制作的Jmol简介.

• 结构生物信息学导论2016
• 专为生物科学专业本科生设计（4小时/下午x 3下午=12个实验小时）
• 每个学生选择一种不同的蛋白质，并报告其结构如何支持其功能
• 样本完成报告 第9节自以下日期起作废现在可以直接从FirstGlance保存动画

特定大分子教程

• 在计算机实验室里，我喜欢分发一个简短的列表，列出一些模糊的、开放式的问题，以促进学生小组的讨论。请参阅工作表.
• 这些教程大多位于蛋白质体。组织，一个包含用户创作内容的wiki。有些文章是学生写的。与维基百科一样，使用您的判断。与维基百科不同，作者的真实姓名位于每篇文章的底部，您可以通过单击姓名来检查他们的凭据。

学生提问的分子（不需要Java）

• DNA.埃斯帕尼奥（B形双螺旋）-非线性教程/发现工具
  • DNA线性教程
• 乳酸抑制因子与DNA结合并使操纵子弯曲。学生的问题.

毫无疑问的分子。。。然而

无需Java

显示膜表面的钾通道（1R3J）（单击焦摩尔在OPM公司).

抗阿尔茨海默病药物类似物（*）与乙酰胆碱酯酶(1加仑/小时，参见。1/吨).

• 碳水化合物、脂质、维生素、蛋白质和核酸.埃斯帕尼奥.
• 肌球蛋白
• 血红蛋白
• 抗体
• 离子通道
  • 钾离子通道
  • 电压门控钙通道
  • 机械敏感通道：打开和关闭（动画）
• 禽流感神经氨酸酶、达菲和瑞沙
  • 短动画：分子_操场/达菲
• HIV-1蛋白酶
  • HIV蛋白酶抑制剂模拟与诱导配合的结合-放大图用于投影
• 脂质双层与革兰菌素通道
  • 简短版本：脂双层中的革兰菌素通道-埃斯帕尼奥
• 胶原蛋白
• 核小体结构
• 核糖体

• 水包括液态水和冰，以及氢键形成的模拟。
• 简化的SV40病毒外壳
• 肽的热运动，分子动力学模拟
• 钙引起的显著构象变化：钙激活肉豆蔻酰开关

需要Java的教程（繁琐）

对于大多数学生来说，让Java使用这些旧教程中未签名的小程序过于繁琐，但这些可以在课堂上展示。

• 在莫尔维兹。组织：血红蛋白、抗体、主要组织相容性复合物。与Proteopedia中的方法不同。

本月最佳分子

这些文章的作者是大卫·古德塞尔（斯克里普斯研究所和RCSB PDB），他是一位备受尊敬的结构生物学家。

• 本月最佳分子有关于许多大分子的文章，包括
  • 肌球蛋白
  • 钾离子通道
  • 乙酰胆碱受体
• 通过将每篇文章结尾处给出的4个字符的PDB代码输入到第一眼。Jmol（焦耳）。组织.

酶反应视频

• Kap Lim和奥斯纳特·赫茨伯格:
  • 糖磷酸转移酶系统的酶I
  • 丙酮酸磷酸二激酶

制作自己的教程

• 蛋白质体。组织有分子场景创作工具这使得使用交互式高分子创建网页变得容易。开始于帮助：Proteopedia入门和视频指南.请不要犹豫，向我!
• 或者您可以添加到任何现有教程中，或者复制它并根据需要进行调整。Proteopedia中的一切都是获得免费再使用和改编许可.

针对研究人员

• 2016年6月的研究人员研讨会上一次研讨会大纲研讨会。莫尔维兹。组织.

另请参阅

• 使用蛋白质组的教学策略
• 大分子图谱：阿特拉斯。莫尔维兹。组织.
• 高中教师资源包括DNA耳环和气球分子。
• 分子工作台来自Concord Consortium。需要Java，但内置了评估工具。
• 分子游乐场计划为斯普林菲尔德的一所高中安装一套设备，其中一套已经在斯普林菲尔德科学博物馆投入使用。