来自Proteopedia
蛋白足连接蛋白足连接每个分子模型(原子坐标文件)在中蛋白质数据库（PDB）具有唯一的登录或识别码。这些代码的长度始终为4个字符。第一个字符是1-9范围内的数字，而最后三个字符可以是数字（0-9范围内）或字母（a-Z范围内拉丁字母表). 计划扩展识别码系统，以处理更多条目已宣布.
小写与大写
PDB代码通常以大写形式编写。然而，为了避免将零（0）与字母“O”混淆，小写是有帮助的，例如1点1分比1O1O更清晰，并且2个月比2OU0更清晰。（Proteopedia中大写代码的链接也不起作用！例如，10亿.）根据字体的不同，数字1也可能与大写“I”或小写“L”混淆。所以1亿比1IMO更清晰，但1X9L比1x9升.
Proteopedia中的PDB代码
PDB中的每个发布条目在Proteopedia中都有一个自动生成的页面。要找到它，只需在Proteopedia中这个（以及每个）页面左侧的搜索槽中输入PDB代码。Proteopedia每周更新一次，紧随PDB每周新发布周期之后。要链接到Proteopedia中的PDB代码标题页面，请在wiki文本框中，在代码周围使用双方括号。例如，在编辑Proteopedia文章时键入[[1vot]]会生成链接1/吨.
PDB代码示例
较新的PDB代码是连续的
多年来，模型的存放者可以要求一个可用的PDB代码，该代码代表所代表的分子的缩写。上述所有示例都是这样的情况。随着每周新条目数量的增加，PDB不再允许此选项。近年来，所有PDB代码都是由PDB从可用代码池中按顺序升序分配的，而没有参考分子的名称。
PDB代码与单个结构永久关联
一旦PDB代码被分配给给定的结构，它就永远是这样的，即使在结构被撤回（从数据库中退出）的情况下也是如此，比如3卢或被更新或更正的结构取代，如1次。如果请求被取代结构的页面，如1阿克，Proteopedia将自动显示最新结构2节。请在每页的“结构亮点”部分查找解释。
2017年5月，PDB宣布了版本控制系统的计划。该规定于2019年7月生效[1]。它允许同一条目的多个版本保留单个PDB代码。请参阅在下面.
有限数量的4字符PDB代码
有419904个可能的4字符PDB识别码[2]。如果允许数字“0”作为第一个字符，则可以将其增加到466560[3]因此，2017年年中约有170000个条目（加上撤回和被取代的条目）已用完了近一半的可用代码。大约2027年后[4]，需要一个能够容纳更多条目的方案，需要修改在线获取数据的大分子可视化和建模软件程序，所有这些都需要4个字符的PDB代码。请参阅下一节中的扩展系统计划。
扩展PDB代码的未来计划
2017年5月蛋白质数据库宣布计划在2017年晚些时候引入带有版本控制的扩展PDB加入代码[5].新代码的格式为
pdb_00001abc
其中，5个字符“00001”可以分别是数字、0-9，并且3个尾随字符“abc”可以各自是数字或字母。除了将可能的加入码数量从4 x 10增加之外4至>109，这将有助于“对已发表文献中的PDB条目进行文本挖掘检测”[5]PDB还承诺“只要可行wwPDB将继续分配可以无损截断的PDB代码到当前的四字符样式。"[5]当4个字符的代码用完时，新条目将出现在mmCIF格式只是，自从遗产PDB格式将不容纳12个字符的ID。
2024年wwPDB网站计划在2026年推出12个字符的测试版ID档案[4]2024年，wwPDB估计到2029年将使用4个字符的ID[4].
版本控制
随着加入代码的扩展，版本控制系统于2019年年中引入[5][1].
目前，修改了现有发布PDB的原子坐标条目被分配了一个新的登录代码，之前的条目是已废弃。这项长期存在的wwPDB政策与出版物断开联系的后果和前一组原子坐标。。。。[5]
登录的版本将包含在其文件名中，因此：
pdb_00001abc_xyz_v1-2.cif.gz
其中“v1”表示主要版本，“-2”表示次要版本。[5]“xyz”是一个常量，表示原子坐标文件。其他类型的数据文件将来可能会使用相同的PDB加入代码。
PDB条目的文档对象标识符（DOI）
每个PDB条目都可以通过DOI访问例如，6ef8可以作为doi.org/10.2210/pdb6ef8/pdb.
另请参见
工具书类
- ↑1 1.1PDB新闻2019年7月31日：改进您以前发布的坐标并在OneDep中保留您的原始PDB ID
- ↑十个数字加上26个字母=36。第一个字符是1-9。(9)(36三) = 419,904.
- ↑2013年4月。据新泽西州罗格斯市RCSB的雷切尔·克莱默·格林（Rachel Kramer Green）表示，没有计划使用以0开头的PDB代码。然而，2017年7月，WWPDB FAQ指出“四字母PDB标识符当前由数字（0-9）后跟3个字母或数字组成”。
- ↑4 4.1 4.2 支持扩展PDB ID格式的资源（PDB_00001abc），《RCSB PDB时事通讯》2024年春季版。
- ↑5 5.1 5.2 5.3 5.4 5.5PDB新闻2017年5月17日：在不更改PDB访问代码和FTP档案的相关更改的情况下修改结构.
