来自Proteopedia
蛋白质组链接蛋白质组链接未包含在标准残留物已考虑非标准.非标准残留物中原子的原子坐标在类型记录中给出HETATM公司在中pdb文件格式。
除了历史上的20个“标准”氨基酸，另外两种不寻常但遗传编码的氨基酸被认为是“标准”PDB公司自2014年起[1][2]:硒代半胱氨酸和吡咯烷然而，在其他地方，这些仍然可能被指定为“非标准”。
示例：
尽管磷丝氨酸和磷苏氨酸是作为非标准残留物SEP和TPO提供的1亿倍，也可以遵循替代公约。例如，非标准苯乙烷氨基酸侧链2007年10月命名为GLY（原子记录中链C上的GLY 5）加上PYJ（链C中的序列号1005）HETATM公司记录）。
在2007年8月1日生效的PDB修复项目中，原先指定带有加号（+A、+C、+G、+I、+T、+U）的修改标准核苷酸的方案被终止。仍然可以获取未经调解的文件，请参阅获取未调解的PDB文件.
在RCSB公司。组织，使用高级搜索和查询类型化学品ID，您可以在数据库中找到包含特定化学成分的所有条目。例如，2019年12月，五个条目包含PYL（在非标准残留物).
中所有化合物的完整列表PDB公司包括氢、3D结构和债券订单世界蛋白质数据库化学成分词典。这包括所有标准残留物以及非标准残留物，碳水化合物加合物，配体和异质群体每周更新一次新发布的条目。
另请参见
工具书类
- ↑ 公告：氨基酸命名标准化《全球蛋白质数据库新闻》，2014年1月8日。
- ↑ 1个fdo于1997年发布，通过WWPDB 2014-01-02快照，但在2014-12-03快照。请参阅获取未调解的PDB文件.
