用户：Nikhil Malvankar/Geobacter pilus

来自Proteopedia

蛋白足连接蛋白足连接

蛋白质体中的交互式3D补体

微生物纳米线中金属类导电性的结构基础。

尼基尔·S。马尔万卡尔、梅德琳瓦尔加斯、凯利内文、Pier-Luc码头特伦布雷、肯尼思埃文斯·卢特罗特、Dmytro尼基潘丘克，埃里克马茨，Mark T。托米宁，德里克·R。洛夫利.mBio 6（2）：e00084-15(2015). (doi:10.128/生物.00084-15)

CAVEAT：此处描述的同源模型于2015年发布。2019年，冷冻电镜高导电结构地理杆菌纳米线被发现由细胞色素OmcS组成[1][2]这就对由蛋白质pilA组成的高导电性菌毛纳米线是否存在提出了质疑。

目录 1 分子之旅 2 下载 2.1 Pilus模型 2.2 Powerpoint动画 三 另请参见 4 注释和参考

分子之旅

毛地杆菌同源模型 显示：非对称单元 生物组件 用鼠标拖动结构进行旋转  导出动画图像 地杆菌菌毛单体 两种匹林单体模型()已被利用。首先，我们建立了一个基于X射线晶体结构的同源模型铜绿假单胞菌[3]。此型号采用氨基-羧基彩虹染色：  氨基末端                 羧基末端  其次，我们使用了核磁共振系综的模型5降硫地杆菌匹林[4].核磁共振模型5为红色。氨基酸侧链仅针对芳香族化合物显示。 残基1-32的模型几乎相同[5]，但Phe1的侧链旋转异构体位置不同。这些模型类似地是来自残基33-51的α-螺旋。残留物52-61在核磁共振系综，而对于残留物52-60在同源模型中，模板不太合适，因为假单胞菌属在52-144之间拥有大量域，而地理杆菌皮林在61岁结束。因此，虽然可以确信残基1-51是α螺旋，但残基52-61的构象是不确定的。 土杆菌菌毛模型 我们建造了，以的模型为模板铜绿假单胞菌菌毛[6]19个匹林单体拷贝被安装到模板中的19个单体上（“magic fit”，一种序列引导的结构比对，瑞士模型，α-碳的RMSD，1.52？）。 或者核磁共振的结构降硫地杆菌匹林2m7克用作单体。该菌毛模型的结果相似，未显示。 芳香族化合物的导电途径 在，之间的距离芳香族侧链环（Phe和Tyr）与X射线纤维衍射结果相一致，该结果表明磷堆叠是一种导电途径。特别地，我们的同源模型是近似的。芳香侧链的确切位置在真正的菌毛结构中肯定会有所不同。本文给出的X射线纤维衍射结果有力地证明了实际菌毛结构中芳香环之间的间距为3.2º。不排除Y57（在我们的模型中从菌毛轴伸出）可以折叠到菌毛轴中，从而参与传导通路。

理论模型：本页描述的蛋白质结构已确定理论上，因此应谨慎解释。

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下载

Pilus模型

• 点击下载以假单胞菌菌毛模型为模板的硫还原地杆菌菌毛同源性模型.

Powerpoint动画

单击图像以查看它们的全尺寸，或下载它们。

• 桩组装模拟
• Pilus模型，摇摆
• 菌毛模型中的芳香环（黄色）

另请参见

• 地理杆菌。组织

注释和参考

1. ↑Wang F、Gu Y、O'Brien JP、Yi SM、Yalcin SE、Srikanth V、Shen C、Vu D、Ing NL、Hochbaum AI、Egelman EH、Malvankar NS。微生物纳米线的结构揭示了在微米上传输电子的堆积Hemes。单元格。2019年4月4日；177（2）:361-369.e10。doi:10.1016/j.cell.2019.03.029。PMID：30951668数字对象标识：http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2019.03.029
2. ↑Filman DJ、Marino SF、Ward JE、Yang L、Mester Z、Bullitt E、Lovley DR、Strauss M.Cryo-EM揭示了基于细胞色素的细菌纳米线中远程电子传输的结构基础。公共生物。2019年6月19日；2(1):219. doi:10.1038/s42003-019-0448-9。PMID：31925024数字对象标识：http://dx.doi.org/10.1038/s42003-019-0448-9
3. ↑A类降硫地杆菌菌毛（pilin，pilA）同源性模型由瑞士模型构建，以X射线晶体结构为模板铜绿假单胞菌匹林(1周，链条A）。该模型代表成熟菌毛蛋白的残基1-60（长度61个氨基酸：残基30-90问题74D23)，序列F类tliellivwaiigilaaiipq公司F类沙特阿拉伯Y（Y）RVKA公司Y（Y）NSAASSDLRNLKTALESA公司F类添加Y（Y）PPES。该单体包括六个芳香族残基、F1、F24、Y27、Y32、F51和Y57。
4. ↑我们使用了降硫地杆菌菌毛蛋白，2m7克。我们采用了这个18顺式组合的模型5，因为模型5的冲突分数最高摩尔概率分数。
5. ↑这个地理杆菌顺序与模板相同假单胞菌属前23个残基中的22个序列。残基24-50具有26%的序列一致性。
6. ↑Craig L、Pique ME、Tainer JA。IV型菌毛结构与细菌致病性。《国家微生物学评论》。2004年5月；2(5):363-78. PMID：15100690数字对象标识：http://dx.doi.org/10.1038/nrmicro885