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蛋白质组链接蛋白质组链接 | 共价赖氨酸-半胱氨酸蛋白质交联在2016年首次报道，当时被解释为Lys-CH2-赛斯[1][2]2019年，王继民提供了氧气而不是亚甲基作为连接体的证据[3][4]2021年，文森等。与Tittmann小组（Goettingen）一起学习转醛酶将赖氨酸-半胱氨酸“氮氧硫”（NOS）蛋白质交联置于坚实的基础上()[5][6][2]赖氨酸和半胱氨酸的侧链通过NOS键连接，在多肽链中的氨基酸之间形成共价键。为了进行比较二硫键是一种更常见的多肽链之间的共价键、和异肽键是另一种罕见的类型。 352氨基酸的N末端附近淋病奈瑟菌转醛酶链6zx4像素位于Lys8和Cys38之间，靠近地表。
减少会打破NOS的联系。在转醛醇酶中，NOS键的断裂会导致催化部位发生细微的变构转移，使酶活性增加几个数量级[5]因此，NOS债券被描述为变构氧化还原开关[5].
- 减少：NOS键断裂，酶活性增强。
- 氧化：NOS键存在，酶失活。
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患病率
中的数据调查蛋白质数据库揭示了NOS键可能存在于生命所有领域的不同蛋白质家族中（包括智人)它通常位于催化或监管热点。"[5]他们发现，PDB中分辨率为2.0º或更高的约100-150或约0.3%的条目具有Lys-Cys NOS键[7]由于NOS债券在2019年之前是未知的，因此在早期的解释中经常被忽视电子密度图.[5]给出了三个示例，说明酶活性部位中假定的NOS键，如果正确，这些酶以前被忽略了：
- 1立方米2004，一种DNA糖苷酶：Lys249–Cys253。
- 72年5月2018年，一种戊基转移酶：Lys275–Cys223。
- 6t3倍2020年，一种巨细胞病毒核出口蛋白：Lys132–Cys54。
方法
这是Wensien的观察总结等。（2021）支持NOS债券[5].6zx4像素（氧化形式，NOS存在，酶不活跃）具有分辨率0.96Ω，优于平均值R（右）自由的0.136。淋病奈瑟菌转醛醇酶含有3个半胱氨酸（无二硫键）。它不形成二硫键低聚物。每个Cys分别突变为Ser。只有突变的Cys38Ser消除了氧化还原控制，产生了一种组成活性酶。
在非还原条件下，以及来自低剂量非同步加速器源的数据中，几个晶体的Lys8的侧链氮和Cys38的硫之间出现了一个未识别原子的电子密度，这与辐射损伤伪影有关。竞争性改进表明，不明原子是氧，而不是碳。质谱分析与此结论一致。
在还原（活性）酶晶体中，Lys8-O-Cys38桥缺失。然而，Cys38硫附近的电子密度与分子氧O一致2.氧化（非活性）酶的这个位置没有分子氧。
检测和可视化
Jmol简介自动检测Lys-Cys NOS键并提醒您其存在。例如，第一眼看到6zx4。它列出了交联，单击每一个，放大显示原子细节中的交联。只需再点击一次，即可查看交联的电子密度图。请参阅实用指南蛋白质交联的初步评估FirstGlance也会提醒您许多其他类型的蛋白质交联.
另请参见
- 电子密度图显示了6zx4中真正的NOS键的密度图，以及2011年发布的结构中可能被忽视的NOS债券，以及Lys接近Cys的案例，其中电子密度排除了NOS债券。
其他蛋白质交联
除上述债券外，其他多肽链间共价交联包括：
工具书类
- ↑Ruszkowski M，Dauter Z。关于蛋白质中亚甲基桥联半胱氨酸和赖氨酸残基。蛋白质科学。2016年9月；25(9):1734-6. doi:10.1002/pro.2958。Epub 2016年6月17日。PMID：27261771数字对象标识：http://dx.doi.org/10.1002/pro.2958
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- ↑Wang J.蛋白质巯基自发氧化中间体和产物的结晶鉴定。蛋白质科学。2019年3月；28(3):472-477. doi:10.1002/pro.3568。Epub 2019年1月11日。PMID：30592103数字对象标识：http://dx.doi.org/10.1002/pro.3568
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- ↑5 5.1 5.2 5.3 5.4 5.5Wensien M、von Pappenheim FR、Funk LM、Kloskowski P、Curth U、Diederichsen U、Uranga J、Ye J、Fang P、Pan KT、Urlaub H、Mata RA、Sautner V、Tittmann K。具有NOS桥的赖氨酸半胱氨酸氧化还原开关调节酶功能。自然。2021年5月5日。pii:10.1038/s41586-021-03513-3。doi:，10.1038/s41586-021-03513-3。PMID：33953398数字对象标识：http://dx.doi.org/10.1038/s41586-021-03513-3
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- ↑Rabe von Pappenheim F、Wensien M、Ye J、Uranga J、Irisari I、de Vries J、Funk LM、Mata RA、Tittmann K。共价赖氨酸-半胱氨酸氧化还原开关在蛋白质中广泛存在。自然化学生物。2022年2月14日。pii:10.1038/s41589-021-00966-5。doi:，10.1038/s41589-021-00966-5。PMID：35165445数字对象标识：http://dx.doi.org/10.1038/s41589-021-00966-5
