加入AlphaFold对分子一半的预测

来自Proteopedia

蛋白质组链接蛋白质组链接

本页是对如何使用AlphaFold预测结构。首先，一定要弄清楚AlphaFold数据库已经对序列进行了预测。如果查询序列>1000个氨基酸，AlphaFold Colab可能会失败。在这种情况下，您可以尝试对序列的两个重叠部分进行预测，然后将这两个预测合并为一个。

有关该方法的更多详细信息，请参阅的脚注，该脚注以“我有一个长度约为1300的序列”开头如何使用AlphaFold预测结构.

对于重叠段的叠加，DeepView（深度视图）是一个强大的选项，但它不友好。更简单的方法可能是SuperPose服务器。它使您能够指定两个结构预测的重叠序列范围，以便重叠将集中于重叠。

要剪切和粘贴PDB文件，请确保使用纯文本编辑器.

连接PDB文件后，您可能希望重新编号序列。请参阅如何对PDB文件重新编号.

以下是总结该方法的简化草图：

另请参见AlphaFold/索引，Proteopedia中关于Alphafold的页面列表。