焦耳（Jmol）

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焦耳（Jmol）[1][2][3][4]是一个免费的开源软件分子可视化软件包。它是Proteopedia中使用的主要可视化软件。Jmol是一个跨平台写入的程序Java语言，但能够在名为“JSmol公司"[5]那不需要Java语言.Jmol也可以独立使用应用。请参阅Jmol的2种形式和JSmol的工作原理。其他Jmol资源概述位于Jmol/指数.

JSmol公司事实证明，它非常适合蛋白质组中大多数大分子的交互式显示，并且是默认的。

对于非常大的组件摩尔*(Molstar公司)使用查看器代替JSmol（示例：6米x4).

有关更多信息和下载：另请参见.

目录

Jmol有两种形式

表格

Java语言?

性能

示例

JSmol公司（在web浏览器中）

否（HTML5）
在iPad上运行

更慢的；如果>30000个原子或多个模型

最近更新的网站：蛋白质体，Jmol简介,莫尔维兹。组织,大多数生物模型.

应用程序（独立；不在web浏览器中）

是的

更快；有30000个以上的原子，多种型号，效果很好。

高级使用（通常与Jmol命令语言).

两种形式的Jmol都可以在单个包中从J摩尔。组织.

科学期刊中的使用

Jmol在传统科学期刊中主要以三种方式使用。

  1. 交互式3D补充Proteopedia中的第页。科学期刊出版物的作者与Proteopedia的一个专门团队合作，开发丰富的交互式页面，以补充他们的期刊论文，使其结构方面更容易被广大读者理解。请参阅上的示例交互式3D补充.
  2. 交互式3D图形。根据设定的线索20世纪90年代初蛋白质科学与运动图像科学期刊文章中的数字都是用Jmol实现的，因此可以进行旋转等。这涉及到手动实现每个数字，这是一项艰巨的任务，需要一个熟悉Jmol编程的人。第一次审判可能是在2006年11月化学生物学，随后于2007年6月生物化学杂志Frieda Reichsman在Jmol中实现了交互式3D图形。这些交互式3D图形的创作仍然很耗时，截至2010年初，只有大约十几篇文章被如此阐释（列在Reichsman的网站上分子运动。通用域名格式). 2008年，国际晶体学联合会开发了一个工具包，以促进在其期刊上用Jmol编写交互式图形[6]。Robert M.Hanson（2005年后Jmol的主要作者）在2010年的文章中有突出的例子Jmol——晶体可视化的范式转变[3]，以及他在2011年初ICSTI研讨会上的一次演讲[7]2009年，蛋白质科学开始使用这项技术[8].

  3. Jmol简介被一些期刊用于交互式3D显示和探索新出版的大分子结构。通常，标记为三维视图出现在在线期刊的文章和内容中。第一本这样做的杂志是自然结构与分子生物学在里面2006年2月和其他，包括自然，很快跟进--请参阅Jmol中第一眼的采用.

另请参见：

命令脚本语言

Jmol具有广泛而强大的命令语言[9]它指定了分子场景。分子场景包括分子模型每个部分的渲染或显示（例如带状动画、球和棒等），可以选择隐藏模型的某些部分、每个部分的颜色或配色方案、可选标签（附加到原子上）或符号（固定位置的文本）以及方向和缩放（放大）分子的。Jmol的命令语言是RasMol公司和编钟命令语言。

A类命令脚本或者简单地脚本是记录在文件中的一系列命令。脚本文件是纯文本，其文件名以结尾.spt.

变形杆菌属场景创作工具让Proteopedia用户从学习Jmol命令语言的负担中解放出来，让他们能够从菜单、按钮、复选框和表单中创建复杂的分子场景。此外，Proteopedia以状态脚本.

对于希望使用Jmol命令的高级用户，提供了以下说明：

状态脚本

Jmol能够生成一个命令脚本，该脚本将重新创建当前显示的任何分子场景，包括所有细节和分子方向。Proteopedia使用此功能保存用其创建的场景场景创作工具因此，它们可以显示在其网页中，从而很容易共享。

状态脚本重新创建单一的分子场景，可能包括动画在多个模型之间（当pdb文件包含多个模型--请参阅莫尔菲斯). Proteopedia中的每个绿色链接在Jmol中运行一个状态脚本，重新创建一个场景。

复杂动画

除了简单的动画和/或莫尔菲斯上一段中提到的，可以在场景创作工具也可以在Proteopedia中播放更复杂的动画，通常涉及多个场景之间的定时转换。示例可参见分子运动场/达菲和分子游乐场/HIV蛋白酶抑制剂。复杂动画的命令脚本必须由熟悉Jmol命令语言的人手工编写。然后将生成的脚本文件上传到Proteopedia。上传的脚本不由典型的绿色场景链接播放，但可以通过按钮（参见上述链接的示例）或链接到看起来像典型Proteopedia绿色场景链接的脚本的文本来播放，如前所述在这里.

区分Jmol是在HTML5/Javascript-mode还是Java-mode中运行

Jmol是Proteopedia中使用的主要可视化软件。Jmol是一个跨平台写入的程序Java语言，但可以在不需要的HTML/Javascript模式下运行Java语言。HTML/Javascript模式目前是Proteopedia的默认模式，因为它在更多的平台上运行。

目前，Jmol在Java模式下仍然表现最佳，我们鼓励用户在Proteoepdia上使用它。请参见在这里了解如何选择Java模式。

通过查看右下角，您可以轻松区分Jmol当前运行的模式。你会看到的Jmol_S公司当Jmol使用签名的Java小程序运行时，Proteopedia结构场景窗口的右下角。你会看到的JSmol公司当Jmol在HTML/Javascript模式下操作时，位于结构窗口的右下角。可以看到它的可视化表示在这里.

正在运行什么版本的Jmol？

行中报告了当前在Proteopedia中运行的Jmol版本Jmol扩展在特殊：版本在列中（现在加载的Jmol版本…..）.

使用Jmol小程序的自定义版本加载页面

高级用户可能希望使用当前使用的版本以外的Jmol applet版本加载Proteopedia页面。当Jmol来自Proteopedia时，这种方法效果最好。组织服务器，在这种情况下，未签名和签名的小程序都有效。在Proteopedia中测试Jmol小程序的新版本，或运行签名的小应用程序以在本地驱动器中保存图像文件，都需要运行这些自定义版本。

要加载带有Jmol小程序自定义版本的页面，请在浏览器的地址栏中，紧跟在普通Proteopedia页面URL之后，粘贴类似于下面的代码，指向所选版本的Jmol applet的文件。本例中正常的Proteopedia页面URL为“http://proteoppedia.org/wiki/index.php/1stp'.


地址栏中典型PROTEOPEDIA页面URL后粘贴的示例代码：

?JMOLJAR公司=http://proteoppedia.org/jmol12.2.16/JmolAppletSigned0.jar

浏览器地址栏中URL的结果示例：

http://proteoppedia.org/wiki/index.php/1stp？JMOLJAR=http://proteropedia.org/jmol12.2.16/JmolAppletSigned0.jar

请注意，尽管URL，例如“http://www.proteoppedia.org/wiki/index.php/1stp'，将加载正常的Proteopedia页面，对于要加载自定义Jmol版本的URL，不能将“www.”放在“proteoppedia.org”前面.

可用的早期Jmol版本

Proteopedia在2012年3月25日之前一直使用Jmol 11.8.24，并将其升级为12.2.19。

?JMOLJAR公司=http://proteoppedia.org/old/11.8.24/JmolAppletSigned0.jar?JMOLJAR公司=http://proteoppedia.org/old/11.8.24/JmolApplet0.jar?JMOLJAR公司=http://proteoppedia.org/old/12.2.19/JmolAppletSigned0.jar?JMOLJAR公司=http://proteoppedia.org/old/12.3.20/JmolAppletSigned0.jar?JMOLJAR公司=http://proteoppedia.org/old/123.22/JmolAppletSigned0.jar?JMOLJAR公司=http://proteoppedia.org/old/13.0.1/JmolAppletSigned0.jar

Proteopedia在不同日期使用的Jmol版本（列表不完整）：

  • 2008年4月23日：使用11.5.24
  • 2008年5月7日：升级至11.5.35
  • 2009年10月：使用11.6.14
  • 2009年10月21日：升级至11.8.7，然后恢复至11.6.14
  • 2009年11月12日：升级至11.8.9
  • 2012年3月21日：升级至12.2.19_dev
  • 2012年4月17日：升级至12.3.22
  • 2012年6月27日：升级至12.3.32
  • 2012年8月23日：升级至13.0.1
  • 2014年1月26日：升级至14.0.7-Proteopedia升级至使用允许两种模式的Jmol版本。Proteopedia默认在HTML5/Javascript-mode中运行Jmol，不需要Java语言，但用户可以选择使用Jmol作为签名Java小程序运行。请参见在这里了解如何选择Java模式。
  • 2016年6月23日：升级至14.6.0
  • 2017年2月20日：升级至14.9.1
  • 2018年1月25日：升级至14.28.4
  •  ??: 升级至14.29.16

行中报告了当前在Proteopedia中运行的Jmol版本Jmol扩展在特殊：版本在列中（现在加载的Jmol版本…..）

另请参见

  • Molstar公司（Mol*），是蛋白质体中JSmol的替代物。Molstar特别适合于非常大的分子。

工具书类

  1. ↑Jmol于2000年之前由丹·盖泽尔特许多程序员对此做出了贡献，其中包括Bradley A.Smith、Egon Willighagen和Cristop Steinbeck。2002年，米盖尔·霍华德自愿担任主要开发商。他做出了许多重大改进，包括大幅提高性能、支持大分子以及RasMol公司/编钟脚本命令语言。霍华德的工作以发布一个开源替代品而告终编钟2006年。随后，罗伯特·汉森成为首席开发人员，并大大增强了Jmol的功能。有关更多信息，请参阅Jmol发展史.
  2. ↑计算机中的生物分子：Jmol去救援。安吉尔·埃尔雷斯（Angel Herráez），生物化学。分子生物学。预计起飞时间。 34:255-61, 2006.
  3. ↑3 3.1Hanson，R.M.Jmol–晶体可视化的范式转变。J.应用。结晶学43 (2010). 开放式访问doi:10.1107/S0021889810030256
  4. ↑ Jmol文学Jmol。组织wiki。
  5. ↑Hanson，RH，Prilusky，J，Renjian，Z，Nakane，T&Sussman，JL。JSmol和基于下一代网络的3D分子结构表示在蛋白质体中的应用以色列化学杂志 33:207-16, 2013
  6. ↑McMahon B，Hanson RM。用于发布增强型数据的工具包。应用结晶器杂志。2008年8月1日；41（第4部分）：811-814。Epub 2008年7月1日。PMID：19461848数字对象标识：10.1107/S0021889808015616
  7. ↑罗伯特·汉森的演讲大约在37分钟后2011年2月8日，国际科学技术信息理事会2011年研讨会“科学多媒体与可视化”，@微软研究，华盛顿州雷德蒙德
  8. ↑A.G.Palmer和B.W.Matthews，交互式图形回归蛋白质科学《蛋白质科学》18:677（2009）。
  9. ↑Jmol命令语言的文档可从J摩尔。组织。概述位于jmol.org/docs网站，有关特定主题的其他报道请参见Jmol维基。命令参考手册位于chemaps.stolaf.edu/jmol/docs公司/.
检索自“http://proteoppedia.org/wiki/index.php/Jmol"
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