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蛋白质组链接蛋白质组链接Proteopedia使用焦耳（Jmol）[1]查看器显示三维分子。Jmol显示的内容由其状态。状态是一组Jmol指令，可以在Jmol控制台中查看，也可以保存为状态脚本或所谓的PNGJ文件的一部分。执行状态脚本是一种重新创建以前保存的场景的方法。
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状态脚本包含加载时按顺序执行的六个部分。
_setWindowState；_setFileState；_setParameterState；_setModelState；_setPerspectiveState；_setSelectionState；
坐标在_setFileState中加载，绘图命令在_setModelState中发出。其他四个部分中发出的命令也会影响显示的内容。场景的某些部分可能被_setSelectionState中的命令隐藏。场景的确切外观取决于在_setWindowState和_setParameterState中设置的参数，初始视图（方向、大小、居中）取决于_setModelState中的命令。
在Proteopedia中，从场景创作工具以允许加载本地保存的坐标，并启用诸如场景标题和前一场景的变换等功能。
检索紧凑的可移植脚本
在某些情况下，状态脚本没有为创建场景输入的Jmol命令有价值。如果您想用不同的坐标制作类似的场景，或者想将脚本用于训练目的，则需要一个紧凑、可移植、可读的脚本来渲染与状态脚本相同的场景。
状态脚本依赖于文件中原子的确切顺序（以及生成键的确切顺序）。如果无意中将状态应用于与原始坐标稍有不同的坐标，则生成的场景可能看起来已损坏（即它没有意义）。在这种情况下，状态脚本的可移植性不如用于生成它的Jmol命令。它通常也不太紧凑，对人类来说也不太可读。虽然发布命令的历史记录通常无法直接获得，但可以对可移植到不同坐标的紧凑命令集进行逆向工程，或者可以作为制作类似场景的示例。
检索紧凑的命令列表的主要挑战是原子和键的选择。例如，要在填空模式下绘制所有精氨酸侧链，可以发出Jmol命令“select arg and sidechain；spacefill on”。在状态脚本中，这将显示为两个选择命令和两个空格填充命令。第一个选项是与精氨酸侧链碳相对应的原子数列表，第二个选项是氮素列表（因为默认情况下它们以不同的半径显示）。对于训练有素的人来说，通过显示选定的原子以及使用“show sequence”、“show selected”和“show coordinates”等命令来反向工程选择是相当容易的。
另一个挑战是在状态脚本中展开（显式）的命令。上面提到的带有默认原子半径的“spacefill”命令就是一个例子。另一个例子是应用彩虹或CPK配色方案。在状态脚本中，每种颜色都将由一组不同的命令表示。然而，如果您熟悉配色方案，那么使用紧凑的命令复制场景应该很简单（但很繁琐）。
最后，一些原子选择基于距离标准或属性（例如二级结构），这些属性在“show selected”命令的输出中并不明显。通常，这些类型的选择在场景、图形标题和附带文本的上下文中开始有意义。如果它们没有意义，您仍然可以将原子数列表“翻译”为残数和原子类型列表，从而提高可读性和可移植性。
YouTube上解释的示例
这是一个例子找出描述现有场景.
另请参见
工具书类
- ↑Jmol——晶体可视化的范式转变。J.应用。克里斯特。(2010). 43，1250-1260 doi:https://dx.doi.org/10.107/S0021889810030256
