来自Proteopedia
蛋白质组链接蛋白质组链接这个Jmol.jar应用程序可用于编辑PDB文件例如，您可以更改原子序列号、链的名称、更改序列号等。A类命令脚本文件可以根据下面概述的原则，使用纯文本编辑器.
确定自己和所做的更改
谁做了哪些更改？
在您公开任何编辑过的PDB文件之前，例如将其上传到Proteopedia，请插入备注行，列出您的姓名和专业隶属关系，并总结您所做的更改。插入REMARK行最容易作为最后一步，使用纯文本编辑器.
使用独特的PDB文件名
不要给你的PDB文件起一个容易与网站上发布的版本混淆的名字PDB公司例如1D66.pdb。使用一个明确表示已修改的名称，例如1D66_chains_renamed.pdb。
将PDB文件放入变量中
首先，运行Jmol.jar Java应用程序，并加载任何PDB文件。如果您将PDB文件保存到磁盘（例如，从下载RCSB公司。组织)，将其拖放到Jmol图形窗口中。或者，直接从PDB公司:
load=1d66#=和4个字符之间没有空格PDB代码.
- 注：“#”和行尾（或分号）之间的任何内容都是注释。
加载PDB文件并显示分子后：
mypdb=getproperty（“文件内容”）
我的个人发展银行是Jmol脚本上下文中的一个变量，它现在对整个PDB文件（包括标头）有一个长字符串（包括换行符），未经修改。
逐行编辑
通常最容易逐行遍历PDB文件。那么，让我们定义一个新变量：
mypdblines=mypdb.lines
现在，mypdblines公司是一个数组，每个元素有一个PDB行。因此，您可以逐行循环：
对于（i=1；i<=mypdblines.length；i++）{mypdblines[i]…#用这个做点什么}
Jmol有大量的命令用于查找和编辑行。例如，要仅在以“ATOM…”开头的行上操作，
如果（mypdblines[i].fund（“^ATOM”，“”）。。。
第二个参数“”表示第一个参数应解释为正则表达式，其中“^”表示“行首”。
Jmol中用于字符串操作的大多数内置函数列在Jmol文档的本节.
由于PDB格式具有固定的列位置，因此您可以更改列22中的链名称：
如果（（mypdblines[i]）[22][23]=“G”）{（mypdblines[i]）[22][23]=“D”；}
（atom属性“chain”在Jmol中不可写，“resno”和“seqcode”也不可写。因此，不能简单地为这些属性分配新值。）
编写包含编辑行的PDB文件
完成后，您可以这样编写PDB文件：
写入var mypdblines“someFileName.pdb”
“Var”表示您正在将变量的内容写入磁盘文件。
需要注意的是，您可能会考虑使用另一个命令，写入“someFileName.pdb”,写入一个没有原始头的文件（并且只包含当前选定的原子）。通过使用变量mypdblines公司，保留标题并写入所有原子。
在标题中保存密钥信息
自定义信息可以插入mypdblines公司.
Jmol使用PDB文件的第一行来识别PDB格式，因此不要将自定义行放在第一行。不仅是Jmol，而且PyMOL公司和奇梅拉可能还有其他流行的分子可视化应用程序（包括第一眼)很高兴忽略PDB文件中不以可识别的记录名称（如REMARK或ATOM）开头的行。（FirstGlance将以“！”开头的行识别为来自ConSurf服务器的自定义信息。）
方法#1
例如，如果Jmol已经计算了您希望在输出PDB文件中可用的内容（无需重新计算），则可以在mypdblines公司这样地：
标题转录/DNA 06-MAR-92 1D66@以“@”开头的行中的自定义信息。GAL4识别标题DNA：蛋白质/DNA复合物的结构
甚至可以将Jmol脚本（可能用于定义函数，或指定自定义变量值[变量不保存在PDB或PNGJ文件中]）放在后面使用。例如，可以将其插入mypdblines公司:
@#Jmol脚本。@myvar=12.6@函数f1（）@ {@打印参数（_A）@ }@#结束Jmol脚本。
在加载已保存的PDB或PNGJ文件（其标题中包含此内容）后，您可以拖放到脚本文件中，该脚本文件（i）将@行提取到变量中，（ii）删除每行的前导“@”，然后（iii）使用“脚本内联@变量".
方法#2
如果您希望文件更接近PDB格式标准（这样可以防止将这些文件读入其他软件时出现潜在问题），则任何额外的自定义行都应该以PDB关键字开头备注事实上，Jmol设计用于读取和应用文件中嵌入的任何Jmol脚本，当一行以备注jmolscript：（如中所述本页). 您必须将整个命令脚本放在这一行中，但文件中也支持多行这样的命令。以上面的例子为例，这看起来像是：
备注jmolscript:myvar=12.6；函数f1（）{打印参数}
编写包含编辑行的PNGJ文件
PNGJ文件包含写入PNGJ时Jmol显示的场景的PNG（便携式网络图形）静态图像，以及用Jmol再现场景的完整信息。当您拖动PNGJ文件并将其放入Jmol的图形窗口时，场景以交互形式显示，可以使用Jmol命令旋转、缩放和进一步修改。
除了PDB文件之外，您还可以使用自定义的PDB行和自定义的头来保存PNGJ文件，尽管这稍微复杂一些。与PDB文件不同，您不能从变量中保存PNGJ文件。因此，这里有一种有效的脚本方法，只使用3个命令：
#根据需要在此行之前自定义mypdbline。zap#删除所有原子和定义的原子集。保留变量和函数。load var mypdblines#加载包含在变量中的PDB文件数据，包括可选修改的头。#根据需要渲染、着色、居中、定向和缩放。写一些文件名.pngj
PNGJ文件将包含所有自定义PDB行以及保存时的视图。它不包括保存时定义的变量或函数。如果需要其中任何一个，请在自定义标题@行中定义它们，并编写脚本以如上所述使用它们，或者使用备注jmolscript：行中包含这些变量的定义。
PDB文件编辑服务器？
PDB-工具Web，用户界面pdb工具Python包。
对于那些可能有兴趣编写服务器来修改PDB文件的人来说，JmolData.jar是在没有图形窗口的情况下运行的Jmol的变体。它非常适合这类操作。詹姆·普里卢斯基在Proteopedia.org中使用它在小旋转后生成一系列图像文件。然后，使用网络服务器中的其他免费软件（ImageMagick.org）将它们组装成一个多GIF电影。请参阅Proteopedia中任何JSmol框下的链接“导出动画图像”。组织与Prilusky合作，埃里克·马茨修改了这些服务器例程，以便在第一眼。Jmol（焦耳）。组织（具有简化的用户界面）。在JSmol下，单击“保存Powerpoint的图像或动画”。
如果您知道任何PDB文件编辑服务器，请在此处链接它们！
