Jmol/应用

来自Proteopedia

蛋白质组链接蛋白质组链接

Proteopedia中的页面使用javascript形式的焦耳（Jmol）名为JSmol，它在web浏览器中自动运行。无需安装或设置。对于一些高级项目，您可能希望使用Jmol单机版应用（下载后不涉及网络浏览器）。以下是说明：

• Jmol应用程序需要Java（免费）才能运行。您可以在以下位置轻松下载和安装Java网站.

• 将Jmol.jar放在工作文件夹中：在计算机上创建一个要工作的文件夹（目录）。转到J摩尔。组织，选择Download（右上角），转到Jmol Downloads页面，并将当前版本作为binary.zip文件下载。双击zip文件将其解压缩，并复制文件Jmol.jar（压缩下载中的大量文件之一）。这是Jmol应用程序。将其粘贴到工作文件夹中。

• 运行Jmol应用程序：双击工作文件夹中的Jmol.jar，将显示一个名为“Jmol”的黑色窗口。
  • 对macOS很重要：第一次运行Jmol.jar时，右键单击它并选择“Open with jar Launcher.app”，然后授予权限。完成一次之后，只需双击Jmol.jar即可运行它。

• 打开Jmol脚本控制台:如果白色的“Jmol脚本控制台”窗口没有出现，请使用Jmol的“文件”菜单（在顶部），控制台来打开它。现在您可以输入命令了（请参阅Jmol交互式脚本手册).

加载分子

• 有几种方法可以加载pdb文件:
  • 如果您没有下载的PDB文件副本：
    • 在白色窗口中输入命令“load=1d66”（不要键入引号）。“=”告诉Jmol从蛋白质数据库.替换您的PDB代码用于1d66。
  • 如果您已下载PDB文件：
    • 拖动文件并将其放到黑色的Jmol窗口中。
    • 输入命令“load？”，将出现文件拾取对话框。
    • 打开Jmol文件菜单（黑色窗口上方），以及“打开”或“打开最近的”。

命令和脚本文件

你现在准备好了输入Jmol命令到Jmol脚本控制台中。在脚本文件中收集命令通常很方便。命令脚本文件必须使用编辑纯文本编辑器。命令脚本文件的名称应始终结束.spt。您可以通过将脚本文件拖放到Jmol的分子图形窗口中来运行脚本文件。

另请参见

• 焦耳（Jmol）
• Jmol/大分子可视化
• 关于Jmol特定主题的页面（此链接搜索Proteopedia中标题以“Jmol”开头的所有页面。）
• 场景创作工具