异肽键

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安异肽键是一个酰胺键在一个人的侧链之间氨基酸以及另一氨基酸或配体的侧链或主链末端。异肽键有时被称为内酰胺类^[1][2].

同肽键可以在多肽主干之间形成共价键。这与更常见的肽(真肽)债券形成蛋白质多肽主干的氨基酸主链原子之间。异肽键很少见（其他非二硫化物也是如此蛋白质交联).二硫键是多肽链之间共价键的一种更常见的形式。

有关更多信息，请参阅维基百科中的等肽键.

目录 1 形成 1.1 自发的 1.2 酶的 2 劈开 三 频率 4 PDB KEYWDS、REMARK 500和LINK记录 5 示例 5.1 明确规定 5.2 未指定 5.3 焦谷氨酸盐 6 检测和可视化 7 其他类型的蛋白质交联 8 工具书类

形成

自发的

一些异肽键似乎是在蛋白质折叠过程中自发形成的。这些包括

• 匹林单体中的分子内（分子内）异肽键^[3][4][5][6].
• 噬菌体HK97衣壳中的分子间（分子间）“链锁”异肽键^[7].
• 胶原模拟肽之间的工程化分子内异肽键^[8].

酶的

• 聚泛素^[9].
• 将细菌菌毛单体连接成菌毛长链的分子间（分子间）异肽键由半胱氨酸转肽酶“排序酶”酶促形成^[3][4]然而，相同的菌毛具有多个分子内（分子内）异肽键，这些键似乎是自发形成的^[3][4].

劈开

异肽酶是分解异肽键的酶。有很多，包括以下几个例子：

• Sentrin/SUMO特异性蛋白酶（SENP）具有异肽酶活性，可以将SUMO（小泛素样修饰物）与其结合物解偶联^[10][11].
• 去泛素酶^[12][13][14].

频率

搜索异肽键在关键字记录中PDB公司返回约200次点击（2021年4月）。这表明，在PDB公司包含异肽键。然而，并非所有包含该术语的条目异肽实际上在非对称单元，并且某些具有异肽键的条目在其PDB文件中的任何位置都不包含单词“异肽”。

PDB KEYWDS、REMARK 500和LINK记录

含有异肽键的结构有时在其PDB文件KEYWDS记录中具有“异肽键”。更重要的是，许多人在以下两个记录中详细列出了异肽键：

异肽键规范

PDB格式	mmCIF格式
备注500	_pdbx验证关闭联系人
链接	_struct_conn结构

2021年7月，这些记录的使用不一致。有时使用一个，有时使用另一个，有时候一些异肽键在REMARK 500 CLOSE CONTACTS中，而同一模型中的其他异肽键则在LINK记录中(5i6a公司)，有时存在的异肽键在两种记录中都没有记录（例如。1fma公司2021年7月）。2021年wwPDB网站正在考虑补救措施以正确注释所有异肽键^[15]参见下面的PDB ID示例。

以下是相关REMARK 500记录的示例2个i9.ATM1=NZ的线是异肽键；ATM1=SG的是硫酯键.

备注500以下原子紧密接触。备注500备注500 ATM1 RES C SSEQI ATM2 RES S C SSEQUI距离备注500 NZ LYS B 297 CG ASP B 595 1.31备注500 NZ LYS A 297 CG ASP A 595 1.32备注500 SG CYS B 426 CD GLN B 575 1.63备注500 SG CYS A 426 CD GLN A 575 1.64

以下是来自的相关链接记录3吨:

链接NZ LYS X 199 CG ASN X 321 1555 1555 1.43链接NZ LYS X 363 CG ASN X 482 1555 1555 1.55

请注意，涉及MSE的链接记录(硒代蛋氨酸)通常只表示MSE是多肽链的一部分，但这是必需的，因为HETATM公司MSE残基与相邻的标准氨基酸共价连接。类似地，所有与D-氨基酸的共价连接5i6a公司和配体应列在LINK记录中。

示例

单击4个字符可以找到期刊参考PDB代码.

明确规定

LINK/_struct_conn记录中指定了以下示例中的异肽键。

• HK97噬菌体的衣壳含有交联蛋白质的异肽键链变成蛋白质连锁邮件 ^[16][17][7]。但是，这些不会发生在非对称单元属于1盎司^[18]。它们可以在生物单位，这是完整的病毒衣壳，但这在技术上具有挑战性。
• 7盖是一种泛素同源三聚体。3磅是一种泛素同源四聚体。在这两种情况下C端子Gly76是与Lys48连接的异肽中国人之间接口^[9].
• 400万包含SpyTag肽（可以连接到感兴趣的蛋白质），在SpyTag肽Lys31和SpyCatcher蛋白Asp117之间形成异肽键^[19].
• 3吨是一种自然形成的菌毛单体中国人内部异肽键Lys199-Asn321和Lys363-Asn482^[20]（皮林链通过酶形成，由与羧基末端Thr494结合的异肽Lys169侧链连接。这些链间异肽键在单体结构中不存在。）
• 6vzx型：由胶原蛋白模拟肽形成的三螺旋，由Lys11-Glu13链间异肽键稳定。
• 5i6a公司：10-氨基酸肽N端子和C端子异肽键，一些涉及D-氨基酸.

未指定

以下示例中的等肽键在也不备注500关闭联系人/_pdbx_validate_CLOSE_contact也不是2021年5月LINK/_struct_conn记录^[15]。随后，在向wwPDB网站，这些可能已经纠正，这将在REVDAT/database_PDB_rev记录中指出。

• 1fma公司：钼蝶呤合酶是一种与泛素结构相似的酶，其Lys118链E异肽与D链中的羧基末端Gly81结合。
• 5焦耳（jqf）：拉索肽鞘脂蛋白I具有与Gly1的氨基末端结合的Asp9异肽。该键被套索肽异肽酶裂解。

焦谷氨酸盐

N-末端Glu或Gln可以环化，形成内酰胺（异肽）键。请参见维基百科中的焦谷氨酸具有令人信服的电子密度的例子包括1s1a（PCA1）和2个are（Gln1）。元素颜色键：C类 O（运行） N个.

检测和可视化

Jmol简介当出现异肽键时，会提醒您，并提供方便的链接来缩放和详细显示每一个键。查看电子密度图只需再单击一次。使用下面的链接示例转到标题为4个字符的Proteopedia页面PDB代码。在那里，单击“第一眼”。在FirstGlance中，单击Tools选项卡，然后在那里单击Protein Crosslinks。请参阅实用指南蛋白质交联的初步评估.

其他类型的蛋白质交联

除上述硫代酯键外多肽链间共价交联包括：

• 二硫键
• 硫酯蛋白交联
• 硫醚蛋白质交联
• 酯类蛋白质交联
• 组氨酸-酪氨酸蛋白质交联
• 赖氨酸-半胱氨酸NOS键

工具书类

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