来自Proteopedia
蛋白足连接蛋白足连接分子可视化意味着研究分子模型以探索和理解它们。分子可视化不一定涉及分子模拟这意味着创建分子模型，或者改变现有模型的组成或配置。这里我们将主要讨论大分子模型（蛋白质、DNA、RNA或其复合物）。
分子模型的表示
原子表示法
原子表示（显示、渲染）包括球和棒、棒（线框）和空间填充20种氨基酸是这里用这三种方式分别表示，并在本节中进行了说明关于甘氨酸的页面这些表示表示原子和共价键的位置。氢气，显示在右边的图像中，是经常失踪在晶体学模型中。这样的表示对于查看原子细节很有用，但太过混乱，无法用于可视化肽类或蛋白质链.
球和棍子是中的一个选项表示Proteopedia的标签场景创作工具另一个是粘贴，也称为线框.
在Jmol第一眼，可以隔离大型结构的一小部分，然后将其显示为杆(藤蔓/树枝在中意见选项卡）。或者，您可以将其居中，然后启用slabling，而不是将其隔离，从而隐藏其他所有内容。
板条
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显示血红素的平板(1小时)
C O（运行） N个 铁
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平板显示疏水的
核心与。极地的(1pgb)
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查看大分子模型小部分原子细节的一个有用方法是将感兴趣的部分居中，然后切掉分子的前后部分。这叫做剥落因为其中一个实际上是从更大的模型中剪切出一块板。剥落也有助于查看埋藏结构及其环境，例如蛋白质结构域的疏水核心。可以使用Jmol第一眼：在意见选项卡，使用中心原子以使感兴趣的区域居中，然后单击厚板按钮。将自动显示更多说明。
简化示意图
骨干网
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α-碳
主干道简化!
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α-碳
主干道
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平滑
主干道
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功能区
主干道
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多肽主干或主链的简化表示，例如主干痕迹或丝带/卡通当涉及到蛋白质、DNA、RNA及其复合物等大分子时，对理解结构非常有帮助。这些表示可在表示Proteopedia的标签场景创作工具，以及在意见中的选项卡Jmol第一眼.
二硫键
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链间二硫键的原子细节9英寸.C O（运行） N个 S公司
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蛋白质链A类 B简化为主干道。
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第一眼增大硫-硫键。
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连接带状主干的二硫化物桥示意图。
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链着色的二硫桥，中的一个选项第一眼.
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Jmol第一眼一键高亮显示二硫键（在工具选项卡），并且具有渲染和着色它们的几个选项。
大分子的配色方案
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N->C彩虹(1pgb)
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二级结构
阿尔法螺旋,
Beta股,循环.
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氨基酸电荷
阴离子（-）
阳离子（+）
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组成(第1天66)
蛋白质,DNA,溶剂
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一套标准的高分子配色方案，称为鼓2000年发布。Proteopedia的按钮上提供了这些颜色方案场景创作工具它们部分源自物理球和杆模型（称为Corey-Pauling-Kolton或CPK型号）预先确定日期的计算机可视化。化学元素的早期颜色（见上述示例）被纳入早期分子可视化软件例如动态图像,RasMol公司、和编钟. TheCPK公司化学元素的颜色，以及鼓颜色方案被纳入配色方案内置于焦耳（Jmol）Proteopedia中使用的可视化引擎。
请参阅帮助：颜色键用于Proteopedia中的颜色键模板。
可视化结构特征
总体功能
表示和颜色方案的组合有助于突出显示
- 二级、三级和四级结构
- 蛋白质链的N端和C端；核酸链的5'和3'端。
- 极性（带电或不带电：亲水性）氨基酸与疏水性氨基酸在表面和核心中的分布（使用slabbing）。
- 蛋白质表面正负电荷的分布。
- 进化保护以鉴定蛋白质的功能区。
- 脂质双层边界用于整合膜蛋白。
功能1-4最容易显示在意见第个选项卡，共个Jmol第一眼。进化保护有时可以用点击Proteopedia，或在其他情况下需要向ConSurf服务器提交作业.显示完整膜蛋白的脂质双层边界的方法见Jmol/可视化膜位置.
对于特定的蛋白质，可以使用Proteopedia的场景创作工具然后在编写页面时附加到绿色链接。
共价和非共价相互作用
Jmol第一眼在其工具选项卡，以高亮显示
- 二硫键
- 盐桥
- 阳离子-pi相互作用
- 与您选择的任何子结构的非共价相互作用，使用联系人和非共价交互在中工具选项卡。
- 任意两个原子之间的距离，以及由3个或4个原子定义的角度或二面角，使用距离/角度在中工具选项卡。
- 水晶触点.
获得分子模型
您可以在大分子图谱，的本月最佳分子，或蛋白质聚光灯.
搜索的方法蛋白质数据库对于已发布的经验3D模型在这里解释.经验模型那些是由实验决定的，尤其是X射线衍射,溶液核磁共振，或电子冷冻显微镜.经验模型远比理论模型，但必须注意经验模型的质量因为有些人比其他人更可靠。
经验模型仅适用于所有蛋白质的一小部分，可能<10%。如果没有经验模型，下一个最好的方法就是同源模建大约三分之一的蛋白质可以进行可靠的同源建模，但同源模型有更多不确定性而不是经验模型。
另请参见
