来自Proteopedia
蛋白质组链接蛋白质组链接本文的目的是列出并评估用于分析分子模型中接口的服务器，如蛋白质-蛋白质、DNA-蛋白质、RNA-蛋白质和配体-蛋白质接口。此页面未列出预测服务器。
COCOMAPS公司
COCOMAPS公司[1]分析并可视化生物复合物（如蛋白质-蛋白质、蛋白质-DNA和蛋白质-RNA复合物）中的界面。要分析的接口使用pdb文件输出包括三种不同的接触图，以及报告有关相互作用残基（根据用户可定制的截止距离定义）、界面残基（基于复杂形成时的埋藏表面定义）、分子间氢键、，掩埋区域和界面区域（均为Å2和百分比）。
评论
- 提交作业时，埋置区域和界面区域不受指定距离的影响。
- 请注意最小距离表只列出每对残基的最小原子间距，而不是所有原子间距。的列表全部的可以通过单击获得打开表格在下面距离表然而，在撰写本文时（2012年3月），它不可过滤或分类。
- 残留物计数和原子间距被制成表格，但表面和界面原子计数均未列出（与PISA相比）。
InterProSurf公司
InterProSurf公司对中的条目进行操作PDB公司，或已上载原子坐标文件报告每条链的表面和埋藏原子数量，以及界面中每个残留物的面积。术语未定义或解释。
PDB参数
PDB参数计算并列出（作为文本）：
- 结合位点的识别
- 内部交互
- 二级结构倾向
- 理化性质
低压断路器/CSU
这个结构单元的配体-蛋白质接触和接触2015年1月测试时，服务器不工作。
PDB总和
Proteopedia中的每个PDB结构页都链接到PDB总和在结构窗口下显示“资源”。这个PDB总和每个结构的页面包括预先计算的数据，总结了蛋白质相互作用和埋藏表面积、盐桥、二硫键、氢键和非键接触；蛋白质-核酸、配体相互作用和可用裂缝等数据。可以通过顶部的链接访问数据，根据可用内容，您可以在其中看到“Prot-port”、“配体”、“Clefts”等。请注意，如果存在蛋白质与核酸的相互作用，将在可通过“DNA/RNA”链接访问的页面上找到，其中将有NUCPLOT数据的链接。
也可以上传自己的数据，并生成包含此信息的类似报告。
国际学生成绩评估
PISA服务器（蛋白质、界面、结构和组装），也称为PDBePISA。PDB中的条目是预先计算的，或者您可以上传自己的原子坐标文件PISA分析发生在非对称单元并根据大分子晶体中发生的相互作用预测可能的四元结构。其预先计算的数据库是可搜索的。单击行号查看任何交互实体对的完整详细信息。对于一对接触链中的每条链或配体-链相互作用，它报告了总表面积、界面面积、表面和界面上原子和残基的数量和百分比、界面上的二硫键、氢键和盐桥的数量以及界面自由能的变化。还有一个注释列表，列出了每条链中的所有残留物。
大多数术语都是用弹出框定义的，但网站上没有描述方法。
仅报告成对实体的详细信息。如果想知道一条链上与多条其他链接触的原子总数，就必须手动将其相加。
另请参见
工具书类
- ↑Vangone A、Spinelli R、Scarano V、Cavallo L、Oliva R.COCOMAPS:分析和可视化生物分子复合物界面接触的网络应用程序。生物信息学。2011年10月15日；27(20):2915-6. Epub 2011年8月27日。PMID:21873642
