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蛋白质组链接蛋白质组链接本页总结了有关免费服务器的信息,这些服务器能够改进许多已发布的经验大分子模型(PDB文件).
摩尔浓度
这个MolProbity服务器添加了氢原子(大多数结晶学的模型),然后查找原子碰撞并分析几何体的质量。Asn、Gln和His的侧链通常需要翻转180度才能最佳地适应其直接环境。由于氧和氮的电子密度非常相似,晶体学家在已发表的模型中经常将这些侧链置于次优位置。MolProbity建议哪些侧链有强有力的证据表明处于错误位置,并提供翻转侧链以纠正模型。
摩尔多瓦对原子碰撞和几何的分析在以下方面很有用评估模型的质量总体上,以及在特定感兴趣的区域中,冲突可能在其中可视化金.
PDB_REDO公司
PDB_REDO公司根据以下方面的改进,对已发布模型进行了自动重新定义,并改进了大约三分之二的模型自由R。请参阅链接到该网站的出版物。Sanderson在自然, 2009是一个很好的起点。
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