来自Proteopedia
蛋白质组链接蛋白质组链接这是对如何JSmol公司和焦耳（Jmol）在Protocpedia等网站上工作，Jmol简介以及其他许多人。
提供JSmol
网站服务器不仅提供网页，还提供JSmol。web浏览器只显示服务器提供的JSmol和分子数据。因此，JSmol的版本与网页相匹配。JSmol经常更新于J摩尔。组织，但在站点管理员升级之前，给定网站上的JSmol版本保持不变。
一个网站至少有一些超文本标记语言文件（文件名以.htm或.html结尾）。通常还有一些图像文件（文件名以.png、.jpg、.gif等结尾）用于显示在网页中的图像。通常还有一些JavaScript脚本文件（文件名以.js结尾）和一些级联样式表文件（文件名以.css结尾）。JavaScript（不要与Java语言)是一种编程语言，由web浏览器.
为了调用JSmol，网站服务器上的文件还必须包含JSmol的javascript代码（文件名以.js结尾）。如果要调用Jmol Java小程序，还必须包括Jmol的Java归档文件（以.jar结尾的文件名）。所有这些都包含在来自的下载包中jmol.sourceforge.net/下载.
调用JSmol
该网页调用JSmol，指定页面上的位置和大小。通常，有一个JavaScript信息变量（Info={…}），指定是调用JSmol还是Jmol、像素大小、可选的要显示的初始分子、显示样式（JSmol脚本命令）以及其他选项。然后在JSMol的实际调用中引用此Info变量。
实际调用通过对Jmol.getApplet（）或Jmol.getAppletHtml（）的JavaScript调用生成必要的HTML。
示例可以在文件中看到超简单.htm、simple_old.htm等。这些和其他演示文件将在jsmol公司下载包中的目录jmol.sourceforge.net/下载。您可以将这些本地文件从下载的文件集中拖放到Firefox或Safariweb浏览器（或Internet Explorer，但它运行JSmol的速度非常慢），以查看它们生成的网页。（调用JSmol的本地文件在放到Chrome或Edge中时不起作用。）
显示分子
JSmol用于显示包含原子的数据文件；即原子分辨率分子模型。数据文件列出了原子，指定了每个原子在空间中的位置（通常在笛卡尔坐标X、Y、Z中）、原子的化学元素，对于大分子，原子所属的氨基酸或核苷酸残基名称、其在残基内的位置（例如α-碳、β、γ等），残留物所属的聚合物链及其序列号等。
这样的分子结构数据文件称为原子坐标文件.JSmol能够读取50多种格式的此类文件。最常见的是小有机化合物（通常<100个原子）的XYZ格式，以及PDB或mmCIF格式用于高分子。
小分子结构可从几个大型数据库大分子结构的国际知识库是蛋白质数据库最可靠的大分子结构通过实验确定X射线晶体学,核磁共振或低温电子显微镜。根据理论可靠性要低得多，并且被排除在蛋白质数据库.
化学键
有趣的是，常见的数据格式（XYZ、PDB）并没有指定共价键发生的位置。JSmol根据原子间距离和所涉及的化学元素确定一对原子之间何时发生共价键。
JSmol不能确定共价键是单键、双键、三键还是离域键（例如芳香键）。然而，债券订单信息可用于蛋白质数据库，可以根据JSmol的请求与PDB文件一起加载。当加载这些数据时，JSmol能够适当地显示单、双、三和离域共价键。
JSmol还可以确定（非共价）氢键的位置，并将其显示为点键。
渲染和着色
JSmol脚本命令指定如何渲染分子的不同部分（球和棒、线框、主干轨迹、带状轨迹等）和着色。命令语言广泛而复杂。这个场景创作工具通过学习命令语言，获得了无蛋白体的分子场景作者。
Proteopedia中的绿色链接使用JavaScript向JSmol发送命令脚本，以更改分子场景的渲染和着色，以及旋转中心、缩放程度和许多其他选项。在其他网页中（例如Proteopedia’s场景创作工具,Jmol简介，或上面提到的simple.htm示例），按钮和窗体使用JavaScript向JSmol发送命令脚本。
另请参见
