来自Proteopedia

蛋白质组链接蛋白质组链接

本文给出了上传原子坐标文件（“分子”或pdb文件)用于蛋白质体的分子场景。有关上载其他类型的文件，请参阅帮助：多媒体.

本文假设您熟悉Proteopedia的分子场景创作工具(坐). 如果你想提高你对SAT的熟悉程度，最好从视频指南.

目录 1 不要上传www.pdb.org上的可用文件 2 除非你有权限，否则不要上传文件！ 三 修改后从www.pdb.org上传文件 4 如何上传PDB文件 5 如何创建显示上传PDB文件的分子场景 6 大文件的其他注意事项

不要上传www.pdb.org上的可用文件

如果要显示的分子可以从蛋白质数据库，无需上传。在负荷分子对话框分子场景创作工具(坐)，只需给出PDB代码，Proteopedia将为您获取PDB文件。

事实上，Proteopedia会自动为您生成当前PDB条目的冻结副本。这将防止您的绿色链接被将来修复中的数据文件所破坏蛋白质数据库.

除非你有权限，否则不要上传文件！

一旦文件上传到Proteopedia，它就可以公开使用，任何人都可以查看和下载它。

• 如果文件是完全由您自己创建的，可以上传。
• 如果该文件是他人的作品，或者是从他人的作品中派生出来的，请确保在将其上传到Proteopedia之前，您有公开共享该文件的权限。当然，你必须正确引用原著。
• 如果文件基于蛋白质数据库（www.pdb.org）你不需要获得作者的明确许可，但当然你必须正确引用原文PDB代码或直接引用相关出版物。
  • 用于链接到PDB代码的wikitext第1天66是[[1d66]]。链接如下所示：第1天66.
  • 这里有引用科学文献的说明.

另请参见蛋白质体：伦理写作指南.

修改后从www.pdb.org上传文件

如果要上载文件的修改版本，请从蛋白质数据库，请在文件名中注明修改内容。例如，在非对称单元属于3平方英尺，但人们认为生物组装，是一条单链。因此，您可能希望从3zsf.pdb中删除链B、C、D、E、F、G和H（从PDB公司)，并上载仅包含链a的文件。请不要这样将修改后的版本命名为3zsf.pdb，因为该名称与该文件的已发布八个版本冲突。为上传的文件指定一个表示修改的名称，例如3zsf链.a.pdb.

如何上传PDB文件

这些说明是指PDB文件，但格式原子坐标文件没关系。它可以是cif、xyz或40人中的任何一个Jmol可读的原子坐标文件格式.

1. 观看演示上传文件的短视频。该视频涉及图像文件，但仍将非常有用。以下步骤涉及pdb文件或“分子”。

2. 压缩PDB文件，尤其是当其大小超过约200 KB时。在Windows中使用WinZip，在Mac OS X中使用Finder的“压缩”或gzip。通过这些方法压缩的文件由Jmol自动识别和解压缩。如果您不确定压缩方法，只需尝试拖动压缩的PDB文件并将其放入Jmol应用如果分子出现，Jmol会自动解压缩。

3. 点击上传文件在中工具箱在Proteopedia的每一页的左边底部。选择要从磁盘上载的文件。现在不要点击上传按钮。

4. 选择一个文件名小心地把它放在目标文件名狭槽。文件名应该是唯一的，足以将其与上传到Proteopedia中的所有其他数百个文件区分开来，并具有足够的描述性，以便识别它。文件名中不要包含空格--使用下划线或破折号分隔单词。文件名应以结尾.pdb文件（或标识数据格式的另一种文件类型），或如果已压缩，.pdb.zip文件或标识压缩方法的文件类型。

   如果（并且仅当！）您正在上传一个在发布日期之前将被隐藏的未发布PDB文件，则文件名应以“Workbench_”开头（请参阅Proteopedia：工作台).

   良好的文件名示例（唯一、描述性）：

   • 1abb_693-696.pdb

   • 出租车_4_11_dien_5A_13A_diol.pdb

   • 图片：1qx3.3kjf.morph.pdb

   • 2hf3_晶体封装_39_50_圆形12_选定pdb

   较差的文件名示例（太笼统，没有描述性）：

   • X.pdb公司

   • 文件1.pdb

   • 链条_b.pdb

   • 复杂.pdb

   • 1A6Z.pdb.gz公司（上传的文件不应与发布的文件同名PDB公司条目。只需给出4个字符PDB代码在中坐并且PDB文件将被自动检索。）

5. 描述中文件的内容总结框。您可以告诉它是如何获得或生成的，引用来源，并指定版权所有者对文件使用的任何限制。如果文件名包含PDB代码，解释内容与发布内容的差异PDB公司条目。

6. 单击上传文件按钮。接下来您将看到有关上传文件的页面。在Proteopedia中，每个上传的文件（无论内容类型如何）都存储在图片： 命名空间.

如何创建显示上传PDB文件的分子场景

7. 复制上传文件页面标题中显示的完整文件名。

   如果你面前没有完整的上传文件名，下面是你如何找到它的。一定要登录Proteopedia，然后点击窗口顶部的你的名字。这将带您进入“用户”页面。在工具箱（Proteopedia中每个页面的左下方）单击用户贡献。在该页面上，更改命名空间从全部到图像。单击去吧.

8. 编辑要显示分子的页面。

   如果您不清楚如何编辑页面，请使用3D按钮插入Jmol，然后使用坐，请查看相关视频指南.

9. 显示场景创作工具.

10. 在负荷分子对话框，粘贴上传的分子的完整文件名放在标签上的插槽中从Proteopedia上传的文件。名称不应包含最终的“.gz”扩展名；文件名中的下划线也要小心，可能已经转换为空格；确保使用下划线。单击负载按钮。暂时，你应该在SAT的Jmol中看到你上传的分子。根据需要进行着色和渲染，并将场景保存到绿色链接，如视频指南.

11. 理论模型：如果你的模型是高分子根据理论生成（从头算，同源建模），复制下面的模板并将其粘贴到页面顶部。

    {{理论模型}}

    这将在页面顶部显示警告横幅，就像大肠杆菌DnaC解旋酶装载器的结构。如果你的模型是通过经验实验确定的，比如X射线晶体学或核磁共振或者如果它是一个小分子（少于100个原子），则没有必要包括此警告。

大文件的其他注意事项

对于非常大的文件，例如复合体或变形，您可能希望在使用文件压缩之前采取步骤进一步减小文件大小。最后，使用上传PDB文件的场景应该在合理的时间内为用户加载。最好的方法是排除PDB文件中对要生成的场景不重要的部分。一般来说，人们可以节省蛋白质残基的α碳，因为Jmol仍然可以以多种形式表示蛋白质，包括卡通、骨架、痕迹和丝带。

• 仅提取α-碳的方法包括：
  • 在以下位置使用“Pick Cα，backbone and side chain atoms”选项PDB Goodies公司.
  • 在中的load命令中使用过滤器Jmol应用只加载alpha-carbons，然后用坐标写一个新文件。这里有说明书.
  • Windows用户的一个选项是下载Eric Martz的PDB工具并使用附带的MS-DOS程序alphac.exe。这个程序使α-碳和磷原子远离核酸。
  • 迈克尔·帕尔默的MakeMultimer公司可以选择只返回主链原子（每个氨基酸4个原子，而不是单个α-碳原子）。它还返回核酸主干（每个核苷酸6个原子）。
• 对于重要的残留物，可以使用文本编辑器.
• 此类文件的适当名称可能包括字母卡并且应在描述中清楚地注明更改。您还应该注意显示文件的实际Proteopedia页面上的修改，因为修改可能会严重影响其他用户使用您的文件生成的可能视图。

请参阅“可视化大分子'了解处理PDB文件大小相关问题的其他提示和解决方案。