Jmol/指数
来自Proteopedia
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术语
关于Jmol的资源
关于蛋白质体中Jmol的资源
简介
Jmol简介 ，一个简短的非技术性页面。 焦耳（Jmol） ，一个较长的半技术性页面。 Jmol第一眼 无需学习任何命令语言，即可使用Jmol的强大功能。 从本质上讲，它为任何大分子的探索提供了指导。 第一眼 使用户能够专注于分子，而不是如何使用Jmol。
技术
蛋白质体中的JSmol
JSmol的工作原理 帮助：为Powerpoint制作动画 ：如何在任何Proteopedia场景中从JSmol保存状态脚本，将其放入FirstGlance并保存Powerpoint-slide-ready动画。 莫尔菲斯 解释了如何使一个大分子的两种构象之间的转换具有动画效果，并链接到许多例子。 Jmol/叠加 ：如何在Jmol中叠加两个结构并在Proteopedia中显示它们。 Jmol/四元数 ：如何存储和调用方向，以及如何进行奇妙的旋转。 Jmol/相互作用 ：在Proteopedia文本中添加按钮等，以允许读者修改3D场景。 Jmol/可视化膜位置 用于整合膜蛋白。 Jmol/同步 Jmol/大分子可视化 Jmol/表面 Jmol/空洞和隧道 作为等值面。 Jmol/距表面深度 ：如何根据结构表面的深度给等值面（或原子）着色。 电子密度图 链接到显示蛋白质体中电子密度等网格的方法和示例。 帮助：将第一眼场景复制到Proteopedia ：一些视图在第一眼中比在 坐 ，并且可以很容易地成为Proteopedia中的绿色链接。 JSmol/转速 用于不同大小的模型和不同的web浏览器。 用户：James D Watson/使用Jmol 为更具技术头脑的人设计。 使用Jmol菜单的指南。 与使用相比 Jmol第一眼 ，这是缓慢和繁琐的，并且Jmol菜单缺少任何帮助或解释。 Jmol/调试 ：如何调试Jmol脚本。 Jmol/州 ：对Jmol状态进行反向工程，以获取生成相同场景的可读命令。
在Java中使用Jmol
蛋白质体Jmol模式的识别 ：如何判断Jmol是否在使用Java。 安装和启用Java Jmol/应用 ：如何使用独立的Java应用程序，而不是在web浏览器中使用Jmol。 使用Jmol编辑Jmol/PDB文件 使用蛋白质中伪原子的囊和腔 （PACUPP），一个完全用Jmol命令脚本编写的应用程序。 使用Java渲染结构 ：如何强制Proteopedia使用更快的Jmol_S签名Java小程序，而不是默认的较慢的JSmol。
转换
用户：Wayne Decatur/将导出的Proteopedia页面从Jmol转换为JSmol 用户：Eric Martz/JSmol Notes 包括Jmol_S（Java applet）与JSmol的速度比较，以及关于将web资源从Jmol-S转换为JSmol方面的部分注释。
Jmol的历史
有关简要概述，请参见 Jmol的脚注1 . Sourceforge的详细历史 ].
关于蛋白质体以外的Jmol的资源
Jmol（焦耳）。 组织 是Jmol/JSmol下载及其文档的主要来源。 它包括 Jmol用户电子邮件列表是获得技术帮助的最佳位置。 从访问它 Sourceforge的Jmol项目页面 . 默认配色方案 由Jmol/JSmol使用。
Jmol维基 有很多由用户编写和维护的信息和帮助，其中包括 Jmol命令脚本参考手册 鲍勃·汉森的StOlaf。 演示当前JSmol和Jmol签名Java applet的Edu站点 .
另请参见
重定向
工具书类
↑ Hanson，R.M.、Prilusky，J.、Renjian，Z.、Nakane，T.和Sussman，J.L.（2013），JSmol和应用于蛋白质类的下一代基于Web的3D分子结构表示。 以色列。 化学杂志。， 53:207-216. 数字对象标识： http://dx.doi.org/10.1002/ijch.201300024
