来自Proteopedia
蛋白质组链接蛋白质组链接
Wikitext语法帮助
请访问备忘单和关于Wikitext语法的参考都在维基百科中，因为他们有一个更完整的帮助参考来处理wikitext，Proteopedia使用相同的wiki软件。
使用沙盒练习编辑
沙盒是用于练习编辑的特殊页面。您在那里所做的更改不是永久性的。请在沙盒在其他页面上保存永久编辑之前。事实上，受保护的沙盒是开发新页面的好地方：说明位于帮助：沙盒.
如何创建新页面
有关更全面的覆盖范围，请参阅如何制作页面.
基本要素：
如果您计划编辑现有页面中的文本或分子场景，可以跳过此部分。如果要创建新页面，必须首先决定它是任何用户都可以编辑的普通页面，还是只有您才能编辑的受保护页面。如果你想保护它，请参阅帮助：Protected_Pages。如果希望它可以公开编辑，请继续执行以下步骤。
- 在页面左侧靠近顶部的搜索栏中键入新页面的标题。
- 单击搜索按钮。
- 仔细检查搜索结果，以确保要创建的页面不存在，并且您考虑的内容不能完全适合现有页面。
- 开发新页面的好地方是受保护的沙箱。完成后，您可以将内容移动到具有适当文章标题的可公开编辑的永久页面。
- 如果您仍然需要创建新页面，请单击搜索结果页面顶部建议的页面标题的红色链接。
- 在新页面中输入一些文本并保存。
新页面完成后，请将其添加到列表中Proteopedia有什么新功能？.
请参阅蛋白质体：如何制作页面以获取如何制作优秀蛋白质组页面的指导。
编辑时出现问题
如果您单击了“编辑此页面”，但无法编辑该页面
如果你得到XML错误：第1行的标记不匹配
别担心！您可以修复此问题并恢复工作。说明位于帮助：错误.
如果你得到由于会话数据丢失，我们无法处理您的编辑
完整信息显示
- 对不起的！由于会话数据丢失，我们无法处理您的编辑。请再试一次。如果仍然不起作用，请尝试注销并重新登录。
就在“预览”标题下。
这是一个罕见的错误。请参阅上的说明帮助：错误.
创建或编辑Proteopedia场景
“Proteopedia Scenes”是Jmol结构小程序中显示的自定义分子视图。在创建或编辑场景之前，当前页面上必须已经有一个Jmol结构小程序。下面的下一节介绍了如何插入新的结构小程序。当页面中存在Jmol结构小程序时，可以使用场景创作工具。创建场景后，必须使用适当的wikitext将其插入场景创作工具将为您生成。
场景肿瘤电影：在上有一个视频教程蛋白质体：视频指南
当页面上有多个Jmol结构小程序时，场景会自动转到<scene…>上方的小程序</wikitext中的scene>标记。
Proteopedia Jmol结构Applets
为了显示分子场景，显示Proteopedia场景需要页面上的Jmol结构小程序实例。必须按照以下格式在页面上输入用于插入Jmol结构小程序的wikitext。获取结构小程序的wikitext的最简单方法是，在编辑页面时单击wikitext区域上方的“3D”按钮。（或者，您可以从其他页面复制并粘贴结构小程序wikitext，然后编辑参数。有时，您可能会在旧页面的代码开头看到“applet”代替“structure”，因为这是一种仍然有效的表单。）
- <Structure load='在此处插入PDB代码或文件名'size='X'frame='X'align='X''caption='在这里插入标题'scene='在这儿插入可选场景名称'/>
您可以输入的参数由您需要输入的内容的描述或“X”表示（其中许多是可选的）。例如，这将在此页面上生成Jmol结构小程序：
- <结构荷载='1ea5'size='300'color='white'框架='true'align='right'标题='testcaption'/>
参数的顺序无关紧要。每个参数的解释如下：
load='在此处插入PDB代码或文件名'
指定一个PDB代码（例如：load='2ace'）让结构小程序从PDB公司数据库。指定文件名（例如：load='2ace.pdb'），让结构小程序从Proteopedia上传的文件加载文件。如果您想要的文件不在PDB数据库中，并且尚未上传到Proteopedia，您可以在此处上传特殊：上传.
大小=“X”
可选（默认值为400像素）。
这是结构小程序的高度和宽度的像素大小。它将是方形的。
框架=“X”
可选（默认值为“true”）。
如果此值不为“false”，则Jmol结构小程序将出现在页面上，页面周围将出现一个类似于在wikitext中插入图像并使用其“frame”参数的框架，如下所示：[[image:someImageName.jpg|frame|someCaption]]。如果框架设置为false，则无法显示标题。
align='X'
可选，仅当帧参数设置为true时才相关。
确定Jmol结构小程序应出现在页面的何处。align='right'将使其右对齐。选项包括“左”和“中”。
caption='在此处插入标题'
可选，仅当帧参数设置为true时才相关。
如果帧未设置为“false”，这就是Jmol结构小程序下显示的内容。
scene='在此处插入可选场景名称'
可选。
如果使用“scene”参数指定场景，则在加载页面时，结构小程序将立即加载此场景。
此处指定的场景使用与在键入wikitext以插入场景时指定“name”参数相同的格式：Pagename/Scriptname/Versionnumber（例如：scene='Hemorbin/Cavity/14'）。
name='X'
可选。
这将设置结构小程序的名称。如果您希望绿色场景链接作用于不是直接位于绿色场景链接上方的结构小程序的特定小程序，则此选项非常有用。有关详细信息，请参阅下面题为“页面上有多个Jmol结构小程序”的部分。
Proteopedia场景
要插入场景，请键入“页面上显示的文本”
当您使用创作工具保存场景时，将自动生成用于插入场景的Wiki文本，供您复制并粘贴到位。当您使用创作工具加载场景时，它也会自动生成，供您复制并粘贴到位。
如果要将场景的wikitext作为新行上的第一个文本，请不要在场景的Wiki文本前面放置空格。如果您这样做，错误将在页面上生成带有虚线的框。
页面上有多个Jmol结构小程序
当页面上有多个Jmol结构小程序时，场景会自动转到<scene…>上方的小程序</wikitext中的scene>标记。
如果您希望让绿色场景链接作用于特定结构的小程序，而该小程序不是绿色场景链接正上方的小程序，则必须设置“目标”wikitext中用于场景链接的参数，如下所示：<scene name='PageName/SceneName/Version#'target='StructureAppletName'>页面上显示的文本参数）。如果尚未使用name参数为您希望定位的结构小程序指定名称，则可以将target设置为小程序的编号。例如，设置target='2'将使绿色场景链接作用于页面上的第三个结构小程序，因为默认情况下，如果小程序没有给定名称，它们将使用顺序名称0、1、2。。。结构小程序在页面上的显示顺序。
在PDB条目页面的结构框中设置初始场景
在每个PDB入口页面上，用3D结构小程序绘制我们喜欢称之为“结构框”的大“结构框”的wikitext，在一个大框中包含所有功能注释和其他信息，看起来如下：
{{STRUCTURE_3cs9|PDB=3cs9|SCENE=}}
您可能知道，要将3D结构小程序添加到页面中，可以单击wikitext区域上方的“3D”按钮，您将得到如下所示的wikitext，并在页面上显示一个3D结构小应用程序
<Structure load='在此处插入PDB代码或文件名'size='500'frame='true'align='right'caption='在这里插入标题'scene='在这儿插入可选场景名称'/>
“Structure Box”与普通结构小程序不同，它包括3D结构小程序以及在每个PDB条目页面上的“Structural Box”中获得的所有其他信息（如功能信息和其他资源中指向该PDB条目的链接）。Structure Box的灵活性稍差，因为您只能更改PDB id和起始场景的参数。当您创建场景时，将自动为您生成要在页面文本中创建的场景的wikitext，其外观如下所示：
文本ToBeDisplayed
现在，场景的名称是3cs9/Overall_structure/1，它来自以下格式PageName/SceneName/VersionNumber。前面的<scene和末尾的</scene>告诉Proteopedia在文本中创建一个绿色的场景链接。另一方面，如果要使该场景成为结构框中的初始场景，则只需在结构框的“场景”参数中输入场景名称，如下所示：
{{STRUCTURE_3cs9|PDB=3cs9|SCENE=3cs9/总体结构/1}}
现在，您的场景（3cs9/Overall_structure/1）将作为初始场景加载到structure Box中。
颜色键
颜色键将帮助读者了解分子场景。例如，如果使用颜色的选项卡场景创作工具，您可以将其包含在您的维基文本中：
蛋白质
DNA
核糖核酸
配体
溶剂
有关如何在Proteopedia页面中包含颜色键的说明，请参阅帮助：颜色键.
Jmol延伸
Jmol扩展是Proteopedia的一部分，因此允许使用Jmol延伸。Jmol扩展的用法和语法.
在另一页中包含一页
假设您想在另一个“收件人”页面中包含整个现有的“捐助者”页面。例如，假设有一个页面，其中包含您想要包含在正在编辑的页面中的分子场景。有两种方法可以做到这一点。
- 复制和粘贴：您可以复制全部或部分捐赠者页面（从其编辑框中），并将其粘贴到收件人页面的编辑框中。这有两个优点。首先，您只能复制捐赠者页面的一部分。其次，收件人页面中的副本可以编辑或修改。因此，它可能与捐赠者的内容不同。
- 包含：假设捐赠者页面标题是“丝氨酸蛋白酶”。然后，您可以通过将其插入收件人页面的编辑框{{：Serine_Protease}}（注意冒号！），将其包含在收件人页面中。此方法包括整个的捐赠者页面，编辑捐赠者页时，更改将自动显示在收件人页面中。
将一页重定向到另一页
有时，最好让一个页面自动将您带到另一个页面。这叫做重定向。当两个或多个页面有对应标题时，这很有用，例如，非标准残留物已创建，稍后非标准残留物（复数）被创建并重定向到前一页。有时会重命名页面。例如，一个名为蛋白质体：有趣的页面后来重命名为蛋白质体：主题页。前者现在重定向到后者。
每当你请求的页面将你重定向到另一个页面时，你会在标题下面看到一个小通知。例如，请参见蛋白质体：有趣的页面.
将一个页面重定向到另一个页面（我们将其称为目标页面)，重定向页面应仅包含此格式的单行：
#重新修正[[目标页面]]
引用文献参考
在文章底部以编号脚注形式出现的每个引文应该是包含在<ref>和</ref>之间。只有括号中的数字才会显示在放置引用的文本中，如下所示[1]。单击此带括号的数字将跳转到页面底部的引用，并阻止高亮显示它。同样，单击页面底部显示的带有引用的向上小箭头将跳转至引用位置，并阻止突出显示带括号的编号。
虽然您可以在<ref>和</ref>标签之间放置任何文本，但PubMed中索引的出版物有一个省时的快捷方式（详细信息如下）。
要在页面底部生成编号引用的列表，请插入<参考/>（注意斜线！）。通常，它位于诸如==References==之类的标题之后。
示例：本段包含PubMed中索引的文献的多个引文，以及PubMed.中未索引的论文的一个引文。
大卫和简·理查森于1992年推出Kinemages[2]第二年，Roger Sayle发布了RasMol公司 [3]。对于基于web的分子可视化，编钟1996年发布后非常受欢迎，但近年来焦耳（Jmol）javaapplet已成为最佳解决方案[4]Angel Herráez是教育分子可视化领域的主要领导者[4]自2006年以来，Bob Hanson一直是Jmol的主要开发人员最近实施的JSmol，一个在没有Java语言.
以下是上一段的wikitext，带有黑体标记。请注意引用的命名方式（请参见红色然后再次按名称引用，以避免在参考列表中重复。（您也可以通过单击编辑此页面选项卡，但请确保单击取消如果您不想更改它。）
大卫和简·理查森于1992年推出KinemagesPMID:1304880第二年，罗杰·赛义尔发布了[[RasMol]]PMID:7482707对于基于网络的分子可视化，[[Chime]]在1996年发布后非常流行，但近年来，[[Jmol]]已成为最佳解决方案<参考name=“jmol”>安吉尔·埃尔雷斯（Angel Herráez）。计算机中的生物分子：Jmol去救援。[http://www3.interscience.wiley.com/journal/113449000/abstract生物化学。分子生物学。编辑：34:255-261]（2006）。[http://dx.doi.org/10.1002/bmb.2006.494034042644DOI:10.1002/bmb.2006.494034042644]Angel Herráez是教育分子可视化领域的主要领导者<参考name=“jmol”/>自2006年以来，Bob Hanson一直是Jmol的主要开发人员[http://wiki.jmol.org/index.php/文献最近实现的JSmol]，是一个在没有[[Java]]的情况下运行的版本。
正确引用参考文献的其他页面包括光系统II.
引用PubMed ID号
引用索引于的出版物时公共医学。政府，键入“PMID:”，后跟出版物的PubMedID编号，然后将其括在<ref>和</ref>之间。例如，键入PMID:18673581并保存页面。如果以这种方式键入PubMedID，则会在页面底部（或放置必要的wikitext“<references/>”的任何位置）自动创建格式正确的引用。示例参考：[5].
没有脚注编号的PubMed引文
也可以列出Pubmed中的参考信息，而无需在引用点为其分配括号内的编号。这是通过将它们添加到组中来完成的额外例如，当列出Pubmed中索引的其他引用时，如果这些引用不包含页面文本中特别引用的项目，这可能会很有帮助。例如“PMID:15068885”。如果您以这种方式键入PubMedID，则无论您放置必要的wikitext“<references group=”xtra“/>”“。如果你有很多这样的引用，将所有附加引用放在一行可以消除在文章页面上隐藏项目时创建的页面中的过多空白。
例如，源，
其他文献和资源
PMID:15068885 PMID:14749769 PMID:1304880
<参考文献组=“xtra”/>
将显示在文章页面上，如下所示：
其他文献和资源
对PubMed以外的引用使用DOI
几乎所有最近的出版物都有DOI（数字对象标识符）。PubMed中没有索引某些期刊、专著和其他出版物。对于大多数参考文献，只需输入“DOI:”，后跟DOI标识符，然后将其括在<ref>和</ref>之间即可。例如，键入DOI:10.1002/bmb.2005.494033022442并保存页面。
引用DOI不足以自动检索完整引用的引用时，需要键入（或复制并粘贴）整个引用文本以及DOI。您可以将DOI链接到引用的文档。假设引用是
- Martz，E.《蛋白质科学导论——结构、功能和基因组学：Lesk，Arthur M.生物化学》书评。分子生物学。教育。33:144-5 (2006). DOI:10.1002/bmb.2005.494033022442
然后像这样在wikitext中输入它（标记是大胆的; 注意斜体使用了两个单引号）
- <参考>Martz，E.《蛋白质科学导论——结构、功能和基因组学：Lesk，Arthur M.Biochem》书评。分子生物学。教育。”33:144-5 (2006).[http://dx.doi.org/10.1002/bmb.2005.494033022442DOI:10.1002/bmb.2005.494033022442]</ref>
由此引文：[6].
不在PubMed，没有DOI
对于Pubmed中没有索引且缺少DOI的引用，您需要将信息按照您希望的方式放在<ref>和</ref>标记之间的引用列表中。您可以包含超链接（请参阅上面的超链接DOI示例）。对于非出版物引用的脚注，也可以使用<ref>和</ref>标记（请参见工具书类第节）。
重复引用
如果你想引用稍后再次发布同一出版物在文本中，您需要为第一个实例命名，例如<ref name=“rasmol”></参考>。然后，您可以使用以下命令重新引用相同的引用：<ref name=“rasmol”/>。（注意尾部斜杠。）下面是使用第一个示例中已经使用的两个引用实际显示的引用文献参考部分
尽管Sayle在1993年发行了《RasMol》，但他的出版物直到1995年才出现[3]虽然Herráez写了关于Jmol的论文[4]他恰当地将Jmol在高分子显示方面的大部分发展归功于米格尔·霍华德和罗伯特·汉森。
请参阅工具书类并注意每个单独的引用如何仅列出一次，并且链接了单独的实例。
脚注
脚注：用上述方法引用的文献将作为脚注出现，例如在本页底部。脚注也是放置任何技术性或离题注释的好地方，以避免它们侵入正文。例如，您可以在<ref>和</ref>标记之间放置任何脚注文本[7].
为了在页面底部显示脚注和参考，您只需要在维基文本中键入以下两行：
==参考文献==
<参考/>
References部分的标题可以是任何合适的标题，例如引用的文献,脚注,注释和参考等。
Proteopedia中的政策
请参阅单独的页面Proteopedia：政策有关维基百科链接、受保护页面、理论模型等问题的政策。
教程
以下是一些教程，可以帮助您熟悉Proteopedia中的页面编辑
工具书类
- ↑这只是一些文字来说明你可以把任何文字放在参考/脚注中。
- ↑Richardson DC，Richardson JS。运动图像：科学交流的工具。蛋白质科学。1992年1月；1(1):3-9. PMID：1304880
- ↑3 3.1Sayle RA，Milner-White EJ公司。RASMOL：面向所有人的生物分子图形。生物化学科学趋势。1995年9月；20(9):374. PMID：7482707
- ↑4 4.1 4.2安吉尔·埃尔雷斯（Angel Herráez）。计算机中的生物分子：Jmol去救援。生物化学。分子生物学。修订版34:255-261(2006).内政部：10.1002/bmb.2006.494034042644
- ↑Hodis E、Prilusky J、Martz E、Silman I、Moult J、Sussman JL。蛋白质组——一个科学的“维基”，弥合生物大分子三维结构和功能之间的裂痕。基因组生物学。2008;9（8）：R121。Epub 2008年8月3日。PMID：18673581数字对象标识：http://dx.doi.org/10.1186/gb-2008-9-8-r121
- ↑Martz，E.书评蛋白质科学导论——结构、功能和基因组学：Lesk，Arthur M。.生物化学。分子生物学。教育。33:144-5 (2006).DOI:10.1002/bmb.2005.494033022442
- ↑这是一个放在脚注中的离题文本示例。
另请参见
