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颜色键

当提供了颜色键时,分子场景通常通信效果最好。计划未来版本的Proteopedia将提供一种机制,在Jmol分子场景下的图例或标题中放置颜色键(参见蛋白质体:愿望),但尚不可用。目前,您可以在页面的wikitext中放置彩色文本或图像。

示例

颜色键模板

可以使用模板为一些标准配色方案插入颜色键,这些配色方案位于颜色中的选项卡场景创作工具.如何在wikitext中插入颜色键模板是关于DRuMS标准配色方案,其中您还将看到颜色键作为彩色wikitext的示例。此外,您还可以查看此页面的源代码以了解它是如何完成的。

以下颜色键模板当前可用:

组成

  • 合成颜色键(请参阅了解如何使用模板)。
蛋白质 DNA 核糖核酸 配体 溶剂

元素

请参见了解如何插入这些颜色键的模板。

C类 H(H) O(运行) N个 P(P) S公司

疏水/极性

请参见了解如何插入这些颜色键的模板。

疏水的,极地的

在Proteopedia中是一个按钮疏水/极性。它根据Jmol中的定义应用这两种颜色:

  • 疏水性:丙氨酸、半胱氨酸、甘氨酸、伊利酸、亮氨酸、蛋氨酸、苯丙氨酸、脯氨酸、色氨酸、酪氨酸、缬氨酸。
  • 极性:精氨酸、天冬酰胺、天冬氨酸、谷氨酸、组氨酸、赖氨酸、丝氨酸、丝氨酸。

Jmol的分类试图根据侧链的主要特征对其进行分类。由于Trp和Tyr具有极性原子,这是一个过于简单化的说法;Arg、Gln、Glu、Lys有几个脂肪族碳,而His有一个芳香环。

收费

请参见了解如何插入这些颜色键的模板。

阴离子(-)/阳离子(+)

二级结构

请参见了解如何插入这些颜色键的模板。

阿尔法螺旋,Beta股,转动.

彩虹:N到C,5'到3'

请参见了解如何插入这些颜色键的模板。

  • 蛋白质链的氨基到羧基彩虹(N->C彩虹)颜色键
N个               C类


 氨基末端                 羧基末端 
  • 核酸链的5'至3'彩虹
5'               3'
  • 氨基到羧基彩虹以及5'到3'
N、 5英寸               C、 3英尺

温度值

有关解释,请参阅温度颜色方案.

  • 固定(绝对)温度
0     50     100
  • 相对温度
最低温度           最高温度

上述关键字是通过包含以下模板wikitext块生成的:

{{模板:ColorKey_TemperatureFixed}}{{模板:ColorKey_TemperatureRelative}}

ConSurf公司

  • ConSurf颜色键(请参见进化保护). 这把11色钥匙适用于所有情况。
图片:Consurf_key_small.gif

只有当您的ConSurf彩色模型具有无黄色残留物(多序列比对中数据不足的残留物)可以使用此10色键:

图片:ColorKey ConSurf NoYellow.gif

只有当您的ConSurf彩色模型无灰色残留物(ConSurf无法处理的“无数据”链)可以使用此10色键:

图片:ColorKey ConSurf NoGray.gif

只有当您的ConSurf彩色模型具有无黄色残留物(多序列比对中数据不足的残留物)无灰色残留物(ConSurf无法处理的“无数据”链),可以使用此9色键:

图片:ColorKey ConSurf NoYellow NoGray.gif

上述关键字是通过包含以下模板wikitext块生成的:

{{模板:ColorKey_ConSurf}}{{模板:ColorKey_ConSurf_NoYellow}}{{模板:ColorKey_ConSurf_NoGray}}{{模板:ColorKey_ConSurf_NoYellow_NoGray}}

其他配色方案?

如果您想帮助在Proteopedia中为尚未提供的颜色键设置模板,请联系图片:Contact-email.png.

为文本着色

如果上面的模板之一没有提供您需要的内容,您可以使用HTML为文本着色。例如,生产

红色绿色

在Wiki文本框中输入以下内容:
红色和绿色

上述示例使用颜色名称红色绿色。对于更奇异的颜色,可以使用红-绿-蓝十六进制代码而不是颜色名称。此类代码的详细列表位于Jmol颜色第页。例如,

可以用
锂和铜

另请参见

Proteopedia页面贡献者和编辑(这是什么?)

埃里克·马茨

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