来自Proteopedia
蛋白质组链接蛋白质组链接
颜色键
当提供了颜色键时,分子场景通常通信效果最好。计划未来版本的Proteopedia将提供一种机制,在Jmol分子场景下的图例或标题中放置颜色键(参见蛋白质体:愿望),但尚不可用。目前,您可以在页面的wikitext中放置彩色文本或图像。
示例
颜色键模板
可以使用模板为一些标准配色方案插入颜色键,这些配色方案位于颜色中的选项卡场景创作工具.如何在wikitext中插入颜色键模板是关于DRuMS标准配色方案,其中您还将看到颜色键作为彩色wikitext的示例。此外,您还可以查看此页面的源代码以了解它是如何完成的。
以下颜色键模板当前可用:
组成
蛋白质
DNA
核糖核酸
配体
溶剂
元素
请参见鼓了解如何插入这些颜色键的模板。
C类
H(H)
O(运行)
N个
P(P)
S公司
硒
疏水/极性
请参见鼓了解如何插入这些颜色键的模板。
疏水的,极地的
在Proteopedia中坐是一个按钮疏水/极性。它根据Jmol中的定义应用这两种颜色:
- 疏水性:丙氨酸、半胱氨酸、甘氨酸、伊利酸、亮氨酸、蛋氨酸、苯丙氨酸、脯氨酸、色氨酸、酪氨酸、缬氨酸。
- 极性:精氨酸、天冬酰胺、天冬氨酸、谷氨酸、组氨酸、赖氨酸、丝氨酸、丝氨酸。
Jmol的分类试图根据侧链的主要特征对其进行分类。由于Trp和Tyr具有极性原子,这是一个过于简单化的说法;Arg、Gln、Glu、Lys有几个脂肪族碳,而His有一个芳香环。
收费
请参见鼓了解如何插入这些颜色键的模板。
阴离子(-)/阳离子(+)
二级结构
请参见鼓了解如何插入这些颜色键的模板。
阿尔法螺旋,Beta股,转动.
彩虹:N到C,5'到3'
请参见鼓了解如何插入这些颜色键的模板。
温度值
有关解释,请参阅温度颜色方案.
上述关键字是通过包含以下模板wikitext块生成的:
{{模板:ColorKey_TemperatureFixed}}{{模板:ColorKey_TemperatureRelative}}
ConSurf公司
- ConSurf颜色键(请参见进化保护). 这把11色钥匙适用于所有情况。
只有当您的ConSurf彩色模型具有无黄色残留物(多序列比对中数据不足的残留物)可以使用此10色键:
只有当您的ConSurf彩色模型无灰色残留物(ConSurf无法处理的“无数据”链)可以使用此10色键:
只有当您的ConSurf彩色模型具有无黄色残留物(多序列比对中数据不足的残留物)无灰色残留物(ConSurf无法处理的“无数据”链),可以使用此9色键:
上述关键字是通过包含以下模板wikitext块生成的:
{{模板:ColorKey_ConSurf}}{{模板:ColorKey_ConSurf_NoYellow}}{{模板:ColorKey_ConSurf_NoGray}}{{模板:ColorKey_ConSurf_NoYellow_NoGray}}
其他配色方案?
如果您想帮助在Proteopedia中为尚未提供的颜色键设置模板,请联系.
为文本着色
如果上面的模板之一没有提供您需要的内容,您可以使用HTML为文本着色。例如,生产
红色和绿色
在Wiki文本框中输入以下内容:
红色和绿色
上述示例使用颜色名称红色和绿色。对于更奇异的颜色,可以使用红-绿-蓝十六进制代码而不是颜色名称。此类代码的详细列表位于Jmol颜色第页。例如,
锂和铜
可以用
锂和铜
另请参见