来自Proteopedia
蛋白质组链接蛋白质组链接自由R（也称为R自由的)“通常被认为是模型到数据协议最有用的全球衡量标准”[1]这是Axel T.Brünger于1992年引入的统计量[2]以根据X射线晶体学数据来评估模型的质量。它的计算方法与R值，但来自为计算自由R而预留的数据子集，并且未用于模型的细化。与R值相比，它是一种更可靠的评估模型的工具，因为它不是自参考的——也就是说，作为对误差的估计，自由R不存在细化过程中可能引入的任何偏差。Free R是更通用的交叉验证.
帮助解释Free R
当晶体蛋白质结构在Jmol简介，其Free R将自动解释为可靠性具有以下级别，每个级别相对于其分辨率:
- 比平均水平好得多
- 比平均水平好
- 平均
- 比平均水平差
- 不可靠的
Free R的良好值
根据经验，对于具有分辨率2.0Ω或更高（Ω值<2.0）时，自由R不应超过（分辨率/10）0.05；也就是说，如果分辨率为2.0Ω，自由R不应显著超过0.25。对于3.0°左右的分辨率，自由R不应超过（分辨率/10）。自由R值超过模型分辨率最差的25%（见下表），这使人们对模型的质量产生了怀疑。
自由基R与分辨率[1]:
| 分辨率，Ω | 自由中位数R[1]
| 自由中位数R
-（决议/10） | 自由R
最佳25% | 自由R
最差25% |
| 1 | 0.15 | 0.05 | <0.14 | >0.17 |
| 1.5 | 0.21 | 0.06 | <0.19 | >0.23 |
| 1.8 | 0.23 | 0.05 | <0.21 | >0.245 |
| 2 | 0.24 | 0.04 | <0.22 | >0.26 |
| 2.2 | 0.25 | 0.03 | <0.23 | >0.265 |
| 2.5 | 0.26 | 0.01 | <0.245 | >0.28 |
| 3 | 0.28 | - 0.02
| <0.26 | >0.30 |
| 3.5 | 0.30 | - 0.05
| <0.275 | >0.33 |
| ~4.0 | 0.31 | - 0.09
| <0.28 | >0.35 |
- 上表中分辨率<=3.5Ω的数据是根据中的图3C近似得出的[1]根据存放在PDB公司自1990年以来。
- 分辨率~4.0Ω的数据基于199个X射线条目，其中给出了自由R值，分辨率为3.9-4.1Ω（2013年2月）。
- X射线入口的中位数分辨率PDB公司为2.07亿欧元（2013年2月）。
Free R的错误值
2011年10月，在PDB公司自由R值>=0.37。其中45个分辨率<=3.0Ω，5个分辨率<=2.0Ω。这45个模型中的大多数似乎都存在严重错误。
在一个令人惊讶的案例中，1兹夫，分辨率为0.94？，R值为0.428，自由R为0.444。
Free R没有值
2011年10月，PDB中有5908个X射线晶体学条目，没有给出自由R值。这些占全部66847个X光检查项目的8.8%。其中大多数是在布伦格于1992年描述自由R方法之前存放的[2].
| 存款日期 | X射线入口 | 无自由R |
| 到1990年 | 666 | 666 (100%) |
| 1991-1995 | 3,209 | 2,852 (89%) |
| 1996-2000 | 8,832 | 1,858 (21%) |
| 2001-2005 | 18, 522 | 342 (1.8%) |
2006-
2011年10月 | 35,618 | 190 (0.5%) |
另请参阅
内容赞助商
本页的初始内容改编自Protein Explorer词汇表。组织经主要作者许可，埃里克·马茨那里的Free R条目主要是由Diana Ditmore写的。
引用的文献
- ↑1 1.1 1.2 1.3阅读RJ、Adams PD、Arendall WB 3rd、Brunger AT、Emsley P、Joosten RP、Kleywegt GJ、Krissinel EB、Lutteke T、Otwinowski Z、Perrakis A、Richardson JS、Shefler WH、Smith JL、Tickle IJ、Vriend G、Zwart PH。蛋白质数据库的新一代晶体学验证工具。结构。2011年10月12日；19(10):1395-412. PMID：22000512数字对象标识：2016年10月10日/j.str.2011.08.006
- ↑2 2.1Brunger AT。自由R值：一种评估晶体结构准确性的新统计量。自然。1992年1月30日；355(6359):472-5. PMID：18481394
