Jmol简介

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Jmol中FirstGlance的屏幕截图
的屏幕截图Jmol简介

每个分子蛋白质体可以在Jmol的FirstGlance中使用分子下方的链接(在标题为PDB代码,例如第1天66).

当您直接转到Jmol简介,您可以输入任何PDB代码,或上载pdb文件从您的计算机中,例如AlphaFold公司或a同源模建.

Jmol中的FirstGlance提供了一个简单的界面,可以从任何分子视图制作Powerpoint-ready动画。示例:tinyurl.com/movingmolecules移动分子。2022年8月15日发布了Jmol版本4.0中的FirstGlance,它具有以下新功能自动构建大型程序集,如病毒衣壳.

Jmol简介(一瞥.jmol.org)是一个免费、开源、高分子可视化软件包,在web浏览器中在线运行。它使用免费开源JSmol公司和Proteopedia一样。它可以在最流行的web浏览器、MS Windows、Apple Mac OS X和linux上运行。它从菜单和表单进行操作——不需要熟悉Jmol命令脚本语言。工具提示无处不在,每个视图都会自动显示解释性帮助,以及用于比较的颜色键和示例。

为了尽可能容易使用,Jmol中的FirstGlance没有提供定制分子视图的工具,而是提供了一系列“罐装”视图,这些视图揭示了分子的主要结构特征,例如组成(蛋白质、DNA、RNA、配体和溶剂)二级结构、氨基和羧基末端,疏水和极性表面、表面电荷、盐桥和阳离子-π相互作用。在中单击可以隐藏任何部分隐藏模式。任何残留物或序列号都可以在查找对话框。

非共价相互作用(氢键,盐桥,疏水相互作用)与任何指定的目标部分自动显示在一个强大的联络Jmol中的FirstGlance对话框。目标部分(链、链中的一系列残基、残基或基团或单个原子)是通过单击预先选择的。

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钾离子通道(第1轮)显示膜表面平面。发件人OPM公司.

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抗阿尔茨海默病药物与乙酰胆碱酯酶的相互作用(1加仑/小时囊性纤维变性。1/吨).

在Jmol的FirstGlance中获得的任何分子场景都可以保存为高分辨率静态图像或演示动画,只需单击几下即可。分子动画示例在幻灯片中用FirstGlance制作。

在Jmol的FirstGlance中获得的任何分子视图都可以成为Proteopedia中绿色链接上的场景:请参阅帮助:将第一眼场景复制到Proteopedia.

不需要Java

按照Proteopedia在2014年初设置的示例,从FirstGlance 2.00版(2014年4月下旬发布)开始,Jmol中的FirstGlance默认不使用Java(请参阅Jmol的四种形式).

收养

三维视图或Jmol中FirstGlance的“3D”链接在每一篇报道新结构的文章中提供自然结构与分子生物学2006年2月至2018年12月,以及自然2007年11月至2018年3月。它还被其他期刊和众多结构生物信息学服务器和数据库(包括期刊)作为可视化选项提供蛋白质科学,其他几个自然“衍生”期刊,蛋白质体,ConSurf公司,的蛋白质数据库,蛋白质在膜中的取向、和其他.

另请参见

Proteopedia页面贡献者和编辑(这是什么?)

埃里克·马茨

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