Fadel A.Samatey集团
来自Proteopedia
 | |
|
兴趣和目标
2011年至今的贡献
Bulieris PV、Shaikh NH、Freddolino PL、Samatey FA。FlgK的结构揭示了弯曲杆菌细菌钩丝连接的分歧。 2017年11月16日科学报告； 7(1):15743. doi:10.1038/s41598-017-15837-0。 PMID： 29147015 数字对象标识： http://dx.doi.org/10.1038/s41598-017-15837-0
Ly T、Krieger I、Tolkatchev D、Krone C、Moural T、Samatey FA、Kang C、Kostyukova AS。心肌病连锁突变R21H诱导的原肌球蛋白结构失稳。 蛋白质科学。 2017年11月6日。 doi:10.1002/pro.3341。 PMID： 29105867 数字对象标识： http://dx.doi.org/10.1002/pro.3341
Barker CS、Meshcheryakova IV、Kostyukova AS、Freddolino PL、Samatey FA。一种控制细菌鞭毛钩形成和稳定性的内在无序连接子。 BMC生物。 2017年10月27日； 15(1):97. doi:10.1186/s12915-017-0438-7。 PMID： 29078764 数字对象标识： http://dx.doi.org/10.1186/s12915-017-0438-7
“ID-Rod-Stretch”是一种在FlgE和FlgG中发现的内在无序连接子，这两种蛋白质分别构成细菌鞭毛的钩和远端杆。 在FlgE中完成的实验 肠道沙门菌 和，共 空肠弯曲菌 揭示ID-Rod-Stretch在鞭毛钩形成和稳定性中的作用。 请参阅特别视频摘要。 在交互式3D中查看结果 .
Matsunami H、Barker CS、Yoon YH、Wolf M、Samatey FA。细菌鞭毛钩的完整结构揭示了广泛的稳定相互作用。 国家公社。 2016年11月4日； 7:13425. doi:10.1038/ncomms13425。 PMID： 27811912 数字对象标识： http://dx.doi.org/10.1038/ncomms13425
细菌鞭毛钩是由多个FlgE蛋白拷贝聚合而成的，是连接鞭毛细丝和马达的一个柔性段。 本文中呈现的结构证明了FlgE分子之间复杂的相互作用网络。 这些相互作用在鞭毛钩作为万向节发挥作用时使其稳定。 在交互式3D中查看结果 .
Yoon YH、Barker CS、Bulieris PV、Matsunami H、Samatey FA。细菌鞭毛钩相似性和特异性的结构见解。 2016年10月19日科学报告； 6:35552. doi:10.1038/srep35552。 PMID： 27759043 数字对象标识： http://dx.doi.org/10.1038/srep35552
大约100个FlgE蛋白分子的组装使细菌鞭毛钩状。 FlgE在氨基酸残基组成和分子量方面具有很高的可变性。 我们的研究表明，FlgE可以分为两个不同的部分。 第一部分包含在所有FlgE蛋白中发现的结构域，使钩子的基本结构对所有鞭毛细菌通用。第二部分，大小和结构都可变，是细菌依赖性的，将为钩子赋予其所属细菌额外的特殊属性。 在交互式3D中查看结果 .
 | |
Matsunami H，Yoon YH，Meshcheryakov VA，Namba K，Samatey FA。周质蛋白FlgA的结构灵活性调节肠炎沙门氏菌的鞭毛P环组装。 科学报告2016年6月7日； 6:27399. doi:10.1038/srep27399。 PMID： 27273476 数字对象标识： http://dx.doi.org/10.1038/srep27399
细菌鞭毛P环位于周质，对革兰氏阴性菌中细菌鞭毛的外化很重要。FlgA是一种调节P环组装的蛋白质 flgA（飞行高度表A） 基因导致非鞭毛细胞。 这项研究表明，通过降低FlgA的柔韧性，可以阻止鞭毛的形成。 在交互式3D中查看结果 .
Barker CS，Inoue T，Meshcheryakova IV，Kitanobo S，Samatey FA.鞭毛III型输出装置的保守FHIPEP结构域的功能，蛋白质FlhA。 摩尔微生物。 2016年4月； 100(2):278-88. doi:10.1111/mi.13315。 Epub 2016年2月10日。 PMID： 26691662 数字对象标识： http://dx.doi.org/10.1111/mmi.13315
FlhA是III型输出装置中最大的膜蛋白，与FHIPEP输出蛋白大家族同源。 FHIPEP蛋白包含一个高度保守的细胞质结构域。 本研究表明，FlhA的FHIPEP区域是栅极调节基板进入出口装置孔的一部分。
Barker CS、Meshcheryakova IV、Inoue T、Samatey FA。在沙门氏菌突变株中组装鞭毛，产生不含FliO的III型出口装置。 细菌杂志。 2014年12月； 196(23):4001-11. doi:10.1128/JB.02184-14。 Epub 2014年9月8日。 PMID： 25201947 数字对象标识： http://dx.doi.org/10.1128/JB.02184-14
fliO基因的缺失产生了一个运动能力差的突变株； 然而，fliP基因中的抑制突变可以部分挽救运动能力。 在这里，我们发现了一个定位于clpP基因的错义突变，该基因编码ClpXP蛋白酶的clpP亚单位，以及一个定位到fliA基因的同义突变，其编码鞭毛sigma因子，σ（28）也可以部分拯救fliO突变株的运动性。 将这些抑制突变与fliP基因突变相结合，可以完全挽救fliO缺失突变菌株的鞭毛生物合成和运动能力。 fliP基因中的抑制突变的影响最大。 这表明FliO的功能与FliP在鞭毛组装过程中的调控密切相关。
Mise T，Matsunami H，Samatey FA，Maruyama IN。大肠杆菌天冬氨酸受体Tar及其与天冬氨酸酯复合物周质结构域的结晶和初步X射线衍射分析。 晶体学报F结构生物通讯。 2014年9月； 70（第9部分）：1219-23。 doi:，10.1107/S2053230X14014733。 Epub 2014年8月27日。 PMID： 25195895 数字对象标识： http://dx.doi.org/10.107/S2053230X14014733
Barker CS、Meshcheryakova IV、Sasaki T、Roy MC、Sinha PK、Yagi T、Samatey FA。NADH基因中随机选择的抑制突变：醌氧化还原酶-1，可拯救泛醌沙门菌生物合成突变株的运动性。 微生物学。 2014年4月1日。 doi:10.1099/mic.0.075945-0。 PMID： 24692644 数字对象标识： http://dx.doi.org/10.1099/mic.0.075945-0
本研究表明，NADH表面或附近的氨基酸替换：醌氧化还原酶-1（NDH-1）增加了无法合成需氧呼吸链电子载体泛醌的突变菌株的生长、运动和鞭毛生物发生。 因此，NDH-1活性 沙门氏菌 对鞭毛生物发生很重要。
Galeva A、Moroz N、Yoon YH、Hughes KT、Samatey FA、Kostyukova AS。细菌鞭毛蛋白特异性伴侣FliS与抗igma因子FlgM相互作用。 细菌杂志。 2014年3月； 196(6):1215-21. doi:10.1128/JB.01278-13。 Epub 2014年1月10日。 PMID： 24415724 数字对象标识： http://dx.doi.org/10.1128/JB.01278-13
Stadler AM，Unruh T，Namba K，Samatey F，Zaccai G。细菌鞭毛丝的超螺旋运动和构象运动之间的相关性。 《生物物理学杂志》2013年11月5日； 105(9):2157-65. doi:10.1016/j.bpj.2013.09.039。 PMID： 24209861 数字对象标识： http://dx.doi.org/10.1016/j.bpj.2013.09.039
 | |
Meshcheryakov VA、Barker CS、Kostyukova AS、Samatey FA。FlhB的功能，一种与细菌鞭毛III型分泌系统有关的膜蛋白。 公共科学图书馆一号。 2013年7月11日； 8（7）：e68384。 doi:10.1371/journal.pone.0068384。 2013年印刷。 PMID： 23874605 数字对象标识： http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0068384
替换中的FlhB基因（见下文） 沙门氏菌 使用的 产液菌属 运动能力下降。 恢复运动能力的突变似乎增加了FlhB的构象灵活性，进一步支持了这种灵活性对其功能至关重要的假设。
Meshcheryakov VA、Kitao A、Matsunami H、Samatey FA。通过删除其中一个膜蛋白中的短环来抑制III型分泌系统。 晶体学报D生物晶体。 2013年5月； 69（第5部分）：812-20。 doi:，10.1107/S090744913002102。 Epub 2013年4月11日。 PMID： 23633590 数字对象标识： 10.1107/S090744913002102号
报道了FlhB细胞质结构域的原子结构，这是对细菌鞭毛组装至关重要的分泌装置的高度保守部分。 这个 鼠伤寒沙门菌 和 超嗜热菌 结构相似，序列同源性为32%。 删除不保守的表面环（281-285）会抑制功能。 这个循环似乎促进了关键的灵活性。 在交互式3D中查看结果 .
Barker CS，Samatey FA。鞭毛III型输出器膜蛋白FlhB的交叉补充研究。 公共科学图书馆一号。 2012; 7（8）：e44030。 doi:10.1371/journal.pone.0044030。 Epub 2012年8月29日。 PMID： 22952860 数字对象标识： http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0044030
沙门氏菌 合成重组FlhB蛋白，由 产液菌属 FlhB融合到 沙门氏菌 FlhB产生的鞭毛很少。 抑制突变减少呼吸链或 flhA（飞行高度表） 该基因增加了鞭毛数量，表明FlhB和呼吸链活性以及FlhB和FlhA之间存在遗传相互作用。
Matsunami H、Samatey FA、Nagashima S、Imada K、Namba K。鞭毛P环组装所必需的周质蛋白FlgA的结晶和初步X射线分析。 晶体学报第F节结构生物晶体通讯。 2012年3月1日； 68（第3部分）：310-3。 Epub，2012年2月23日。 PMID： 22442230 数字对象标识： 10.1107/S1744309112001327
 | |
Kido Y，Yoon YH，Samatey FA.空肠弯曲菌钩蛋白FlgE 79kDa片段的结晶。 晶体学报第F节结构生物晶体通讯。 2011年12月1日； 67（Pt，12）：1653-7。 Epub 2011年11月30日。 PMID： 22139190 数字对象标识： 10.1107/S1744309111043272号
 | |
Meshcheryakov VA、Krieger I、Kostyukova AS、Samatey FA。0.98A分辨率下原肌球蛋白N末端片段的结构。 晶体学报D生物晶体。 2011年9月； 67（第9部分）：822-5。 Epub 2011年8月9日。 PMID： 21904035 数字对象标识： 10.1107/S090744491102645倍
非肌肉原肌球蛋白嵌合体（大鼠+酵母）N末端片段的高分辨率原子模型证实了先前的核磁共振结果，但在卷曲-卷曲二聚体中给出了更准确的侧链位置。
Meshcheryakov VA，Samatey FA.鼠伤寒沙门氏菌FlhB C端细胞质结构域的纯化、结晶和初步X射线晶体学分析。 晶体学报第F节结构生物晶体通讯。 2011年7月1日； 67（第7部分）：808-11。 Epub 2011年6月30日。 PMID： 21795800 数字对象标识： 10.1107年/1744309111018938年
Meshcheryakov VA，Yoon YH，Samatey FA.Aquifex aeolicus FlhB C端细胞质结构域的纯化、结晶和初步X射线晶体学分析。 晶体学报第F节结构生物晶体通讯。 2011年2月1日； 67（第2部分）：280-2。 Epub 2011年1月27日。 PMID： 21301106 数字对象标识： 10.1107/S1744309110052942
2001年至2010年的捐款
Barker CS、Meshcheryakova IV、Kostyukova AS、Samatey FA。FliO对肠道鞭毛沙门菌形成过程中FliP的调节。 公共科学图书馆-遗传学。 2010年9月30日； 6(9). pii:e1001143。 PMID： 20941389 数字对象标识： 10.1371/journal.pgen.1001143
确定了FliO的膜拓扑结构，它有一个小的细胞质域，其过度表达部分绕过全长FliO功能。 此外，a 飞行情报官 缺失突变株几乎没有运动能力，但运动能力在一定程度上被抑制突变挽救 轻弹 表明FliO和FliP相互作用的基因。
 | |
Furuta T、Samatey FA、Matsunami H、Imada K、Namba K、Kitao A.细菌鞭毛钩作为分子万向节的缝隙压缩/伸展机制。 结构生物学杂志。 2007年3月； 157(3):481-90. Epub 2006年10月20日。 PMID： 17142059 数字对象标识： 10.1016/j.jsb.2006.10.006
分析了单体 鞭毛钩 在吊钩旋转期间相互滑动，以便在传递扭矩时弯曲。
Kitao A、Yonekura K、Maki-Yonekula S、Samatey FA、Imada K、Namba K、Go N。开关相互作用控制能量挫折和多鞭毛丝结构。 美国国家科学院院刊2006年3月28日； 103(13):4894-9. Epub 2006年3月20日。 PMID： 16549789 数字对象标识： 10.1073/pnas.0510285103
描述了一个大规模分子动力学模拟，该模拟成功地解释了 细菌鞭毛丝 蛋白质单体链之间的相互作用被分解为 永久的 , 滑行的 、和 转换 类别。
Shaikh TR、Thomas DR、Chen JZ、Samatey FA、Matsunami H、Imada K、Namba K、Derosier DJ。鼠伤寒沙门氏菌鞭毛钩的部分原子结构。 美国国家科学院院刊2005年1月25日； 102(4):1023-8. Epub 2005年1月18日。 PMID： 15657146
 | |
| |
Samatey FA、Matsunami H、Imada K、Nagashima S、Shaikh TR、Thomas DR、Chen JZ、Derosier DJ、Kitao A、Namba K。细菌鞭毛钩的结构及其对分子普遍联合机制的影响。 自然。 2004年10月28日； 431(7012):1062-8. PMID： 15510139 数字对象标识： http://dx.doi.org/10.1038/nature02997
Samatey FA、Matsunami H、Imada K、Nagashima S、Namba K。鞭毛钩蛋白FlgE核心片段的结晶。 晶体学报D生物晶体。 2004年11月； 60（第11部分）：2078-80。 Epub 2004年10月20日。 PMID： 15502333 数字对象标识： 10.1107/S0907444904022735
 | |
Samatey FA、Imada K、Nagashima S、Vonderviszt F、Kumasaka T、Yamamoto M、Namba K。细菌鞭毛原丝的结构和超螺旋开关的含义。 自然。 2001年3月15日； 410(6826):331-7. PMID： 11268201 数字对象标识： 10.1038/35066504
首次报道了蛋白质链单体的主要片段的原子结构，该片段组装成 细菌鞭毛丝 ( 国际奥委会 , 2.0 Å 分辨率 ). 晶体中含有单体链，这揭示了单体蛋白链如何结合成原丝。 理论模拟揭示了细丝如何反转方向的可能机制，这一机制对细菌如何通过反转鞭毛运动向食物或远离伤害至关重要。
1990年至2000年的捐款
Samatey FA、Imada K、Vonderviszt F、Shirakihara Y、Namba K。鞭毛蛋白F41片段的结晶和极薄晶体的数据采集。 结构生物学杂志。 2000年11月； 132(2):106-11. PMID： 11162732 数字对象标识： 2006年10月10日/jsbi.2000.4312
Samatey FA、Xu C、Popot JL。 氨基酸残基在跨膜α-螺旋束中的分布。 美国国家科学院院刊1995年5月9日； 92(10):4577-81. PMID： 7753846
Claros MG、Perea J、Shu Y、Samatey FA、Popot JL、Jacq C.疏水性蛋白质体内导入酵母线粒体的限制。细胞质合成的脱细胞色素b.欧洲生物化学杂志。 1995年3月15日； 228(3):762-71. PMID： 7737175
Lazzaroni JC、Vianney A、Popot JL、Benedetti H、Samatey F、Lazdunski C、Portalier R、Geli V。大肠杆菌Tol复合物的功能组装需要跨膜α-螺旋相互作用。 分子生物学杂志。 1995年2月10日； 246(1):1-7. PMID： 7853390 数字对象标识： http://dx.doi.org/10.1006/jmbi.1994.0058
Samatey FA、Zaccai G、Engelman DM、Etchebest C、Popot JL。 细菌视紫红质中跨膜α-凝胶的旋转取向。 中子衍射研究。 分子生物学杂志。 1994年3月4日； 236(4):1093-104. PMID： 8120889
另请参见
↑ Samatey FA、Matsunami H、Imada K、Nagashima S、Shaikh TR、Thomas DR、Chen JZ、Derosier DJ、Kitao A、Namba K。细菌鞭毛钩的结构及其对分子普遍联合机制的影响。 自然。 2004年10月28日； 431(7012):1062-8. PMID： 15510139 数字对象标识： http://dx.doi.org/10.1038/nature02997 ↑ Kido Y，Yoon YH，Samatey FA.空肠弯曲菌钩蛋白FlgE 79kDa片段的结晶。 晶体学报第F节结构生物晶体通讯。 2011年12月1日； 67（Pt，12）：1653-7。 Epub 2011年11月30日。 PMID： 22139190 数字对象标识： 10.1107/S1744309111043272号
