DeepView/氨基酸突变

来自Proteopedia

蛋白质组链接蛋白质组链接

DeepView（深度视图）是一个适用于Windows和OS X的免费分子建模程序。以下是使用DeepView突变氨基酸的说明。

警告：DeepView无法预测氨基酸突变后整体蛋白质构象的变化，任何现有程序都不太可能可靠地做到这一点。因此，在现有蛋白质模型中突变一个或多个氨基酸将允许您在野生型蛋白质结构的背景下可视化突变的侧链，但由此产生的突变模型可能无法反映此类突变可能导致的蛋白质结构变化。

以下是2015年5月（2012年10月发布）针对DeepView 4.1编写的说明。

1. 使用DeepView的文件菜单项“打开PDB文件”加载分子。

2. 如果通过检查结构可以找到要突变的残基，可以跳过此步骤。如果未显示“控制面板”窗口，请使用“窗口”菜单打开它。这允许您查看蛋白质链的序列。在控制面板的列表中查找感兴趣的剩余部分。观看模型时，单击“show”列中的复选标记。你应该会看到感兴趣的残留物消失又重新出现。旋转分子以定位感兴趣的残余物以获得清晰的视图。

   表面残留物最容易看到。如果感兴趣的残留物被掩埋，可以使用“显示”菜单启用“楼板”。通过按住shift键并上下拖动鼠标来移动楼板平面。

3. 要确认您有正确的残留物，请单击标识按钮（第一行大方形按钮，靠近行中间，其中有一个大问号），然后单击3D图像中的残留品。您单击的残留物旁边应该会出现一个识别标签。

4. 单击“Mutate”按钮（位于大方形按钮的顶行）。

5. 点击你想突变的残基，就会打开一个包含20种氨基酸的菜单。释放鼠标按钮并将鼠标滑离菜单，当前氨基酸将高亮显示（高亮显示在OS X中看不到）。点击该残基突变的目标氨基酸——新的侧链立即出现！

6. 请注意，红色的旋转摄像机消息显示在大方形按钮顶行的下方。

   • 突变侧链有许多可能的构象，称为“旋转体”。自动选择能量最低（碰撞最少，氢键最有利，如果有的话）的旋转异构体。“R”后面是数字，如2/7，这意味着该氨基酸有7种可能的旋转体，第二种是自动选择的。

   • 可能会有几个能量同样低的转子位置。注意“s：”后面的分数。负分是有利的，正分是不利的。点击红色旋转摄像机信息旁边的一个小三角形，逐一浏览可能的旋转摄像机，并记录每个旋转摄像机的能量得分。当你这样做的时候，请注意绿色和粉红色的虚线，它们分别代表有利的氢键或不利的空间碰撞。选择你喜欢的任何一种能量最低的转子流量计。

     如果打开了“楼板”，则某些绿色或粉红色的线可能会隐藏，因为它们位于楼板外部。按住Shift键的同时上下拖动鼠标以移动楼板平面。

   • 您可能还希望考虑发生突变残基的二级结构的每个旋转异构体的概率（“p:”后面的值）。

7. 再次单击“突变”按钮，接受或放弃突变。

8. 如果您使用识别按钮标记残留物，标签不会改变以反映突变。打开“显示”菜单，选择“标签”并单击“清除用户标签”。

9. 使用“文件”菜单保存当前层（已加载的层）。这将保存可以在中使用的PDB文件Jmol简介或其他软件包。