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蛋白质组链接蛋白质组链接本页列出了识别和提供大分子空腔可视化选项的程序。广义地说，“腔“包括口袋、隧道和通道。
- 安入口是大分子表面从空腔到溶剂的开口。
- A类口袋是一个有一个入口的地面凹陷。
- A类隧道连接两个或多个位置，可能有也可能没有表面入口[1][2][3].
- A类通道连接两个入口[3].
- A类孔隙可能意味着通过完整膜蛋白的跨膜通道[4]
- 一些洞室埋设在地下，没有入口（例如：第三个drf). 这些埋藏的洞穴有时被称为空隙[4][5][6].
几乎所有的蛋白质都有不规则的表面和浅口袋，大多没有已知的功能。有些蛋白质有很深的囊袋，例如乙酰胆碱酯酶中的催化阴离子峡谷（例如。1/吨). 这种深口袋也可以称为进入功能或催化场所的隧道[1][2].
这个示例如下所示是膜近端腔SARS-CoV-2尖峰蛋白(6兹吉). 膜近端腔是一个防止膜融合药物的潜在靶点从而防止感染。
空腔与通道
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下面按字母顺序列出的程序可以分类如下。
I.空洞
这些程序可以识别大分子原子之间的空腔，或光滑大分子表面下的空腔（大于探针直径）。无需指定起始位置.
二、。渠道/隧道
这些程序要求指定一个或多个起始位置因此，它们可能无法识别与指定起点无关的空洞。他们寻找连接起点与曲面或指定终点的通道/隧道。
三、 其他
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AVP（高级副总裁）
AVP（另一个无效程序）：“空隙定义为蛋白质中不易被溶剂溶解的空穴给定半径的分子（例如水）可以容纳的。。。最初使用的是课程网格（默认为1A），但在接近蛋白质时，更精细的网格（默认值为0.1A）是对已使用和脱离网格的位置进行了探索。“除了定位空隙外，该计划还评估包装质量。
(待续。。。)
CASTp公司
CASTp公司:C类计算的A类的tlasS公司表面吨地形第页鱼藤素。“CASTp是基于计算几何的最新理论和算法结果。它有很多优点：1）可以通过解析方法识别腔和腔，2）精确定义了本体溶剂和腔之间的边界，3）所有计算参数都是旋转不变的，不涉及离散化，并且它们使得不使用点表面或网格点。“（参见比较注释[7].)浅口袋（没有横截面超过管口直径）未显示。不需要起始位置。探头半径（默认为1.4°）可调。
显示蛋白质序列，指示在显示的空腔中排列的残基。单击残留物会相应地使三维视图居中。
Web服务器可视化是在3Dmol.js中实现的，除了旋转和缩放之外，它似乎没有提供用户可自定义的选项，例如居中或隐藏蛋白质动画。
2018年夏季发布的CASTp 3.0[8]。可用作web服务器和PyMOL插件。可以使用PyMOL插件下载结果以进行脱机查看。
CAVER公司
CAVER公司用于分析和可视化蛋白质结构中的隧道和通道。隧道是指从埋藏在蛋白核心中的空腔通向周围溶剂的空腔通路。与隧道不同，通道引导通过蛋白质结构，并且它们的两个末端都通向周围的溶剂。“它”支持分子动力学模拟分析。"
CAVER可以作为Java命令行程序、PyMOL插件和CAVER分析师.
个人经历：caver.jar公司：虽然我在macOS 10.14 Mojave（当前使用Java 1.8.0_271）中经常使用Jmol.jar，但我无法启动caver.jar。有很多文档，但没有关于macOS的具体信息。探察员_分析员2：我无法在macOS或Windows 10中启动此程序。发送给caver（at）caver.cz的援助电子邮件请求没有收到回复。埃里克·马茨2020年12月18日18:03（UTC）
CAVER网站
CAVER网站，2019年出版[3]，通过简单的用户界面提供对CAVER的web访问。必须指定起点。CAVER试图利用催化残留物使酶更容易做到这一点。对于非酶，最好是用户选择一些氨基酸（很容易从序列列表中完成，尽管左栏中的编号对于6zgi是错误的）。当选择它们时，它们的平均位置（起点）以JSmol显示。
个人经验：在6zgi的所有3条链中选择Asn907后（这些链围绕着膜近端腔的最深部分），在处理>10分钟后，处理完成后无法显示结果由于“代理错误-从远程服务器读取时出错”。不同作业的结果相同。Chrome和Firefox的结果相同。埃里克·马茨2020年12月18日20:08（UTC）
ChExVis公司
现金支出可视性：通道提取和可视化[9].
2020年12月问题：指定PDB ID总是失败，并显示“无法连接到RSCB站点。在RCSB数据库中找不到指定的PDB-ID。请检查PDB-ID或自己上传PDB文件。”但如果您上传PDB文件。
仅限于有两个入口的通道。一次只能显示一个频道。通道表示为重叠的球体，因此径向对称。提供显示通道直径的通道配置文件图，可以使用许多不同的属性对其进行着色。提供了通道排列原子的列表（不是电子表格），这些原子可以显示为蓝色通道上的黄色原子。
个人经验：针对SARS-CoV-2尖峰蛋白6兹吉，我指定了一个用户定义的站点作为包围膜近端腔最深部分的3个残基（同源三聚体所有3条链中的Asn 907）。结果是有45个频道通过这个网站。可视化是在JSmol中实现的，但由于所有渲染选项都会模糊通道，因此高分子渲染选项受到限制。有一条薄的主干线将有助于减少对频道的遮挡，或提供半透明效果，例如对于卡通。此外，通道的半透明性也无法看到其中的任何配体。埃里克·马茨2020年12月18日21:33（UTC）
焦耳（Jmol）
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Jmol公司：
膜近端腔SARS-CoV-2尖峰蛋白(6兹吉)Jmol绘制为等值面。
- 左：空腔探头半径2.6°。
- 右：空腔探头半径1.4°。
（两者都使用了默认的高分子表面平滑探针半径10°。）
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焦耳（Jmol）可以识别和显示口袋和空洞作为等值面。示例如所示Jmol/空洞和隧道，在这里您还可以找到内部腔和口袋命令的解释。空腔是指大分子原子之间的空间，其大小足以容纳空腔探头（默认空腔探针半径1.2°，可配置），或平滑的大分子表面（默认表面探针半径10°，可设置）和大分子原子之间的凹槽。起点不相关。口袋被描绘成张开嘴（图示：粉红色、橙色、黄色、蓝色）；内部空腔（埋藏空洞；空洞）被描述为闭合等值面（此处图示为绿色）。
Jmol有一个广泛的命令语言，在可视化空腔方面提供了极大的灵活性。然而，一次显示多个等值面碎片，并以不同的颜色给碎片着色（如左图所示）是很麻烦的。
Jmol Java独立应用程序可从下载jmol.org网站它还可用作JSmol，这是Proteopedia中大多数页面中使用的Javascript实现。
Jmol经常更新。2020年12月，最近一次更新是2020年11月19日。
地图_频道
地图_频道提供大分子晶体中溶剂通道的识别和可视化[10].
摩尔坐标系
摩尔坐标系[11]用于识别大分子中的通道。
个人体验：服务器似乎发生故障的。2020年12月提交的三份作业，带有PDB ID或上传的PDB文件，均立即报告“MolAxis运行中发生意外错误。请检查输入分子和参数。”。向埃坦·亚菲发出的电子邮件询问没有收到回复。埃里克·马茨2020年12月18日21:45（UTC）
MOLE在线
MOLE在线[4]定位并表征通道、隧道和孔隙。指定起始点时会获得最佳结果，可从催化现场地图集（CSA）。通道表示为重叠球体的链，因此径向对称。可视化在LiteMol中，它有许多用于渲染的菜单选项，但不提供透明度。薄的“C-α记录道”是最不模糊的。可以指定起点和终点通过选择（可点击的序列列表）、剩余列表或XYZ点。可以通过复选框显示检测到的空腔的任何子集。通过在3D渲染中单击选择腔体后：列出衬里残留物（未准备好电子表格）；列出了瓶颈（半径？）和长度（但不是面积或体积）等属性；将显示一个图形，显示沿通道长度的选定属性（亲水性、疏水性、电荷、极性等）。
可以以多种格式下载结果，包括PyMOL、VMD和Chimera。下载PDB格式时，通道由元素“X”、组“TUN”的原子表示，序列号=隧道ID。
个人经历：当SARS-CoV-2尖峰蛋白6兹吉提交时，空腔（连接到表面）和空隙会自动显示。无代表膜近端腔。当通过XYZ（215.6、215.6和157.6）确定膜近端腔最深部分的中心时，隧道被检测到，包括右图中的三人。这是默认设置腔体参数：探头半径5年。不隧道检测到该参数设置为1.4或2.0Ω。
PACUPP公司
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PACUPP公司：
膜近端腔SARS-CoV-2尖峰蛋白(6兹吉)呈现为表面深度着色的伪原子，显示三扇窗户.
- 左：腔定义=粗糙（伪原子半径2.5º）。
- 右：腔定义=精细（伪原子半径1.5°）。
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帕库普],P（P）套筒A类第C类空泡单位唱P（P）伪证P（P）蛋白质，通过填充假原子来识别空洞（钬、钬，认为是“空洞”；参见比较注释[7]). 空腔是指大分子原子之间的空间，其大小足以容纳空腔探头（默认空腔探针半径1.5°，可配置），或平滑的大分子表面（默认表面探针半径10°，可设置）和大分子原子之间的凹槽。起点不相关。下面详细介绍了一个示例PACUPP：使用蛋白质中伪原子的囊和腔。有关如何使用PACUPP的更多示例，请参见YouTube视频和幻灯片，网址为molviz.org/pacupp，您也可以从中下载程序。
PACUPP提供了许多专门用于可视化空洞的简单命令，主要是单字母命令。有些人会调用一个对话框，用户在其中输入信息。列出电子表格就绪文本文件。学习PACUPP命令比学习Jmol命令容易得多。
PACUPP是一个Jmol脚本。它处理蛋白质数据库每个时间≤15秒。对于核糖体或蛋白酶体等可能需要数分钟的大型模型，PACUPP提供无人值守的批处理模式。
2020年12月首次发布。
另请参见
工具书类
- ↑1 1.1Marques SM、Daniel L、Buryska T、Prokop Z、Brezovsky J、Damborsky J。酶通道和盖茨是药物设计中的相关目标。2017年9月医学研究修订版；37(5):1095-1139. doi:10.1002/med.21430。Epub 2016年12月13日。PMID：27957758数字对象标识：http://dx.doi.org/10.1002/med.21430
- ↑2 2.1Kingsley LJ，Lill MA。酶中的底物隧道：结构-功能关系和计算方法。蛋白质。2015年4月；83(4):599-611. doi:10.1002/port.24772。Epub 2015年2月28日。PMID：25663659数字对象标识：http://dx.doi.org/10.1002/port.24772
- ↑3 3.1 3.2Stourac J、Vavra O、Kokkonen P、Filipovic J、Pinto G、Brezovsky J、Damborsky J和Bednar D.Caver Web 1.0：蛋白质中隧道和通道的识别以及配体转运的分析。核酸研究2019年7月2日；47（W1）：W414-W422。doi:10.1093/nar/gkz378。PMID：31114897数字对象标识：http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkz378
- ↑4 4.1 4.2Pravda L、Sehnal D、Tousek D、Navratilova V、Bazgier V、Berka K、Svobodova Varekova R、Koca J、Otyepka M.MOLEonline：一种用于分析通道、隧道和孔隙的网络工具（2018年更新）。核酸研究，2018年7月2日；46（W1）：W368-W373。doi:10.1093/nar/gky309。PMID：29718451数字对象标识：http://dx.doi.org/10.1093/nar/gky309
- ↑这个CASTp服务器使用术语空隙.
- ↑术语空隙用于程序AVP（另一个无效程序）来自英国伦敦大学学院Andrew C.R.Martin团队。
- ↑7 7.1与CASTP相比，PACUPP使用网格点。因此，当网格点偏移点间距的一半时，其空腔边界略有不同，这是它提供的一个选项。请参见偏移：命中或未命中&空洞体积在里面如何使用PACUPP.
- ↑Tian W，Chen C，Lei X，Zhao J，Liang J.CASTp 3.0：蛋白质表面形貌的计算图谱。核酸研究，2018年7月2日；46（W1）：W363-W367。doi:10.1093/nar/gky473。PMID：29860391数字对象标识：http://dx.doi.org/10.1093/nar/gky473
- ↑Masood TB、Sandhya S、Chandra N、Natarajan V.CHEXVIS：分子通道提取和可视化工具。BMC生物信息学。2015年4月16日；16:119. doi:10.1186/s12859-015-0545-9。PMID：25888118数字对象标识：http://dx.doi.org/10.1186/s12859-015-0545-9
- ↑Juers DH，Ruffin J.MAP_CHANNELS：一种帮助可视化和表征大分子晶体中溶剂通道的计算工具。应用结晶器杂志。2014年11月28日；47（第6部分）：2105-2108。doi:，10.1107/S160057671402281X。eCollection 2014年12月1日。PMID：25484846数字对象标识：http://dx.doi.org/10.107/S160057671402281X
- ↑Yaffe E、Fishelovitch D、Wolfson HJ、Halperin D、Nussinov R.MolAxis：大分子通道识别服务器。《核酸研究》，2008年7月1日；36（Web服务器问题）：W210-5。doi：，10.1093/nar/gkn223。Epub 2008年4月29日。PMID：18448468数字对象标识：http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkn223
