生物单元：展示

来自Proteopedia

本文解释了如何在Proteopedia中从绿色链接中显示生物单元（生物集合）。如果你只是想看看生物单位，请访问可视化生物单元有关背景信息，请参见生物单元和非对称单元.

生物单元1

使用JSmol的蛋白质体能够构建生物单元。当您为Proteopedia绿色链接开发场景时，使用场景创作工具发布了PDB代码，您可以选择加载非对称单元或生物单元1（“生物组件”）。

生物单元2或更高

偶尔的PDB文件指定了一个以上的生物单位。查看所有生物单位的最简单方法是使用Jmol中的FirstGlance：参见可视化生物单元.

如果要在Proteopedia的绿色链接场景中显示生物单元2（或更高的数字），请使用负载分子对话框场景创作工具生物单位在PDB文件中被指定为“生物分子”。要获得生物分子2，只需输入生物分子2过滤器插槽中。这将加载生物分子2中的所有原子。

简化

有时，对于JSmol的良好性能来说，原子太多，在这种情况下，简化为仅显示α-碳（或有时α-碳的子集）通常就足够了。考虑生物单位（PDB命名法中的“生物分子”）7r1c级，细菌气体囊泡。它非对称单元包含65个氨基酸（α-碳原子）和496个原子的单蛋白链(氢原子被省略了).

生物分子的大小（生物单位）7r1c级
生物分子	链	阿尔法碳	所有非氢原子
1	5	325	2,480
2	100	6,500	49,600
三	930	60,450	461,280

当原子数大于30000时，JSmol的性能变得迟缓，当原子数超过100000时，性能变得非常迟缓。FirstGlance将7r1c囊泡的930链生物分子3简化为每3个α碳。为了将简化模型显示为固体物体，将α-碳的“填空”半径扩展到6.0°。单击时，会报告在FirstGlance简化的模型中指定给α碳原子的半径固体在“视图”选项卡中。

仅Alpha Carbons

为了只加载α-碳原子，从*.CA；例如，7r1c生物单元2的过滤器应为*.CA；生物分子2；。在FILTER的每个部分后面加上分号很重要。

α-碳的子集

当α碳的数量超过30000个左右时，如果只加载一部分α碳原子，JSmol的性能会更好。要仅每3个α-碳加载一次，请输入/=3过滤器末端。例如，完整的FILTER可以是，*.CA；生物分子3/=三；.

加载筛选器

FirstGlance使用的过滤器，实际上整个load命令都可以通过单击来显示故障排除分子下方。然后，在中向下滚动到底部故障排除（左下）面板。以下是7r1c的报告：

加载此文件的Jmol命令是：加载模型（{0}）https://files.rcsb.org/download/7R1C.pdb滤波器“！_H；*.CA；*.P；%A；ALLHET；生物分子3；bmchains；/=3”；去水；删除氢；

以下是一个解释：

模型（{0}）——当PDB文件中存在多个模型时，只加载第一个模型，而不管该模型是分配给数字1（典型）还是另一个数字，例如数字0（AlphaFold）。当PDB文件仅包含单个模型时，这不会产生任何影响。

!_H；不要装载氢原子。

*.CA；蛋白质只装载α-碳原子。

*.P；只装载核酸的主链磷原子。

%A；当一些原子备用位置，仅加载其第一个位置。这避免了同一原子在不同位置有多个副本。

ALLHET；加载所有杂原子（配体）。除了配体之外，它还装载作为配体或其他杂原子一部分的氢原子，并装载水。

生物分子3；这将构造并加载PDB文件中指定的3号生物单元（组件）。

bmchains；当复制一些链来构建生物分子时，每条链都有一个不同的名称。例如，3hyd在其不对称单元中包含一个单链a，在生物分子1中包含四个链。附加链命名为A2、A3和A4。这些不是PDB格式的合法链名称，它将链名称限制为单个字符。然而，它们在JSmol内部工作，FirstGlance经过调整以正确处理它们。要查看链名称的完整列表，请单击分子信息选项卡第一眼。