蛋白质主链
让我们从开始（15个氨基酸）[1]原子和键按元素着色：C
H（H）
O（运行）
N个.
- 首先，我们将通过.氢气原子几乎正好占蛋白质中原子的50%。
- 接下来，我们将通过以下方式进行简化剩下的被称为主链。每个氨基酸的主链原子都是N-C-C，其中第一个C是α-碳（显示为球）第二种是具有双键氧的羧基碳（双键未显示）。我们也可以只留下原子主链条也称为主干。
蛋白质主干追踪
：现在我们画一个黄色线条在α-碳（球）之间。这条线叫做主干道注意，主链轨迹并不遵循任何实际的共价化学键——它只是连接α-碳位置，从而简化表示。
平滑蛋白质主干追踪
A类是另一种常见的主干表示。这里平滑的主干线为绿色.
带状主干跟踪
也许最常见的蛋白质骨架代表是。这里是缎带是紫色的，的标准二级结构颜色对于阿尔法螺旋。如您所见，色带是一条平滑的主干线，宽度有所扩大。这个箭头在一端指向羧基末端。
蛋白质域示例
现在让我们来看一个(1pgb). 该域包含上述使用的α螺旋，但也包含由四条β链组成的小β片，以及连接螺旋和链的环（既不是α螺旋也不是β链的区域）。螺旋线和股线用丝带表示，而连接它们的“绳索”是平滑的主干线。这种表示形式正确地称为二次结构示意图，但称为卡通在里面焦耳（Jmol）及其祖先的可视化程序家族(RasMol公司,编钟).箭头指向羧基末端。
- A类这种带状表示具有从氨基（N）端到羧基（C）端的颜色光谱序列。（蛋白质是通过向C末端添加氨基酸合成的。）这种颜色方案称为N->C彩虹。请注意箭头如何指向C端点。
阿尔法螺旋,Beta股,循环.
