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蛋白质组链接蛋白质组链接
许多PDB文件有备用位置（altlocs）表示某些原子，标记有altloc标识符，通常为A和B分辨率，在电子密度图对于某些原子。如果两个备用位置的密度大致相等，则每个备用位置都将分配一个占用50%。有时可以区分3个甚至更多的替代位置（参见下面的示例）。
构象
原子的多个交替位置代表了分子可以采用的多种构象。（术语构象是指由于共价键旋转而产生的差异，而没有移除或添加任何共价键。术语配置指共价键的差异。）例如，这种微小的蛋白质胰岛素含有51个氨基酸。在9英寸（分辨率1.7Å），8个侧链各有2个交替位置（48个原子，或484个原子的10%）。重要的是要认识到，这些侧链的运动基本上是相互独立的。因此，可能有2个8或256种构象。在pdb文件，每个侧链位置都标记为A或B（Jmol语言中的%A或%B）。当FirstGlance为备选位置设置动画时，为了简单起见，它会将所有A位置显示在一起，然后将所有B位置显示在一同。请注意，这大大简化了，显示了2个构象，而不是256个构象。由于经验确定的模型大多是静态的，而实际分子是振动的，因此即使是256种构象也被低估了。
替代地点的流行率
这个备用位置服务器属于亚欧理事会通过詹姆·普里卢斯基列出了所有具有备用位置的PDB条目，每周更新一次。2023年5月，43%的PDB条目具有一个或多个具有备用位置的原子。
2023年5月：
- 49.5%属于X射线晶体学条目具有备用位置。
- 到2000年为止，只有不到20%的X光检查条目有不同的位置。自2010年以来，大约60%的X光检查条目有不同的位置。
- 其中91.2%包括α-碳或磷原子的替代位置（主链原子的替代地点）。不到三分之一的条目在2000年存放的X射线条目中具有主干原子交替位置。2001-2010年存入的条目增长到近80%，随后存入的条目则增长到95%以上。
- 仅限9%属于电子显微镜条目具有备用位置，但其中94%包含主干原子备用位置。
另请参见主干的备用位置.
- 只有0.2%（23/13905）的核磁共振条目具有交替位置，其中39%（9）的条目包含主链原子交替位置。
可视化备用位置
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回路174-199英寸4nvk型有4种构象：
1
2
三
4.
N->C彩虹FirstGlance的视图，由构象着色。的动画主干备用位置2024年8月发布的FirstGlance 4.3版。动画捕获为GIF.
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Jmol简介告诉你有多少原子有不同的位置（当你处于更多详细信息模式），以及分配给它们的占用范围。它列出了备用位置和占用情况的摘要，并带有突出显示子组的链接。它可以使有生气备用位置。示例（来自Jmol简介):
下面的链接显示了FirstGlance中的模型。右键单击链接以在新的浏览器选项卡中打开它分子信息选项卡点击显示更多详细信息，然后单击备用位置.
- Glu3英寸3液压交替位置之间距离最大的原子是侧链ε氧1（OE1），交替位置之间的距离为1.66。以下是它的ATOM记录pdb文件。垂直条指向带有altloc A和B指示符的列。每个位置分配50%的入住率（“Occ”栏）。
|X Y Z Occ温度原子49 OE1AGLU A 3 9.326 0.609 10.555 0.50 4.93原子50 OE1BGLU A 3 8.211 1.826 10.769 0.50 8.58
- 9英寸是胰岛素。表面上的八个氨基酸侧链各有两个交替的旋转体位置。入住率为40-60%。
- 1磅/平方英寸：链A中的Arg155有3个侧链位置，每个位置的占用率为33%。
- 1ALX公司在5个备用位置有一个甲醇，每个位置有20%的入住率；另一个甲醇在4个备用位置，每个位置有25%的入住率；以及具有3个、2个和1个位置/原子的其他部分。令人惊讶的是，A链中残基11的两个交替位置是不同的氨基酸：Tyr和Trp。
- 1日是一个不寻常的例子。其配体以两个完全不同的重叠方向建模，表示为交替位置A和B。
Jmol与替代位置
在PDB文件中，具有多个交替位置的原子通常用AltLoc代码A、B、C等标记。在Jmol中，这些原子可以用%A、%B等选择。
Jmol还可以使用命令“conformation 1”、“conformance 2”等显示多个构象。Jmol智能地做到了这一点。构象1包括没有AltLoc代码的原子、只有一个AltLoc码的原子（因此只有一个位置），以及第一每个原子的位置都有一个具有多个位置的备用位置代码。由于代码可以是任意的字母数字字符，所以第一个位置可能编码为A，也可能不编码为A。因此，构象1通常不仅仅是普通原子加上%A原子.
类似地，Jmol定义了构象2作为没有AltLoc码的原子，只有一个AltLoc代码的原子（因此只有一个位置），以及第二每个原子的位置都有一个具有多个位置的备用位置代码。第二个位置可能编码为B，也可能不编码为B。
FirstGlance如何定义构象的详细信息.
具有最多备用位置的模型
这个OCA数据库和浏览器突出显示具有最多“altloc”的结构。请参阅信不信由你！在Proteopedia内蛋白质数据库条目和挖掘的其他信息亚欧理事会.
PDB格式
altloc标识符占据ATOM/HETATM记录中的第17列：PDB格式。请参阅上面的示例。
CIF格式
这个PDB到PDBx/mmCIF数据项通信显示altloc信息位于_原子站点标签alt_idmmCIF文件中的记录。
另请参阅
