墨菲斯托Halicephalobus mephisto

基因组组装与注释

装配

如中所述Weinstein等人（2019年），TruSeq库在Illumina HiSeq2500上配对测序，读取215 bp。这些数据是用悬铃木对于PacBio，使用从Illumina使用的相同DNA样本生成的库在RS II系统上运行了30条车道。

注释

如中所述Weinstein等人（2019年）,Maker2版本2.38.1利用Augustus和SNAP作为从头算预测因子，对墨氏隐杆线虫进行全面的基因预测，并结合28个线虫蛋白质组作为提示以及RNA-seq数据。

下载

• 基因组序列（FASTA）
• 硬标记基因组序列（FASTA）
• 软掩模基因组序列（FASTA）
• 注释（GFF3）
• 蛋白质（FASTA）
• 全文抄本（FASTA）
• CDS成绩单（FASTA）

工具

• 使用BLAST搜索基因组和蛋白质组中的序列
• 使用WormBase ParaSite BioMart数据挖掘工具处理数据列表
• 使用REST API编程访问WormBase ParaSite数据
• 使用变量效果预测器预测变量的效果

主要出版物

• Borgonie G、García-Moyano a、Litthauer D、Bert W、Bester a、van Heerden E、Möller C、Erasmus M、Onstott TC。南非陆地深层地下的线虫。 自然, 2011;474(7349):79-82
• Weinstein DJ、Allen SE、Lau MCY、Erasmus M、Asalone KC、Walters-Conte K、Deikus G、Sebra R、Borgonie G、van Heerden E、Onstott TC、Brach JR。树下线虫的基因组显示出对热的适应。 国家公社, 2019;10(1):5268

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