常见问题解答
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什么是GeneMANIA？
GeneMANIA使用大量的功能关联数据发现与一组输入基因相关的其他基因。关联数据包括蛋白质和遗传相互作用、途径、共同表达、共同定位和蛋白质结构域相似性。您可以使用GeneMANIA来查找路径或复合物的新成员，找到屏幕上可能遗漏的其他基因，或者找到具有特定功能的新基因，例如蛋白激酶。你的问题是由你输入的一组基因决定的。
GeneMANIA可以回答哪些生物学问题？
找到更多这样的基因
- 如果基因列表中的成员组成了一个蛋白质复合体，GeneMANIA将返回更多潜在的蛋白质复合体成员。
- 如果你的基因列表包含激酶，GeneMANIA将返回更多的激酶基因。
- 如果您的基因列表中的成员与特定疾病有关，GeneMANIA将返回更多与同一疾病有关的基因。
- 例如，你想用表型读数进行基因筛查。输入你已经知道的可能从你的筛选中出来的基因，例如，已知的特定表型的基因。GeneMANIA将预测表型下的其他基因，然后进行筛选。
告诉我我的基因
- 如果您输入一个基因，GeneMANIA将在选定的数据集中找到您的基因参与的交互作用。
- 如果输入基因列表，GeneMANIA将返回所选数据集中的基因之间的连接。
- 如果您输入一个基因列表，GeneMANIA将显示您的基因列表在哪些数据集中高度连接。
- 如果你从蛋白质相互作用屏幕输入基因，比如下拉式或酵母双杂交，并且只选择物理相互作用网络，GeneMANIA将预测真阳性（那些联系更紧密的）和假阳性（那些连接不太紧密的）。
我如何解释GeneMANIA的结果？
GeneMANIA返回：
- 带有相关分数的基因列表，包括输入基因和预测的相关基因。
- 显示列表中基因之间关系的网络。这是从数据库中选择的所有网络的组合，以最佳方式连接相关基因。节点代表基因，链接代表网络。基因可以由一种以上的网络连接。
- 根据连接相关基因的能力加权的网络列表。这个权重是对给定输入基因集的网络“信息量”的度量。
例如，预测的相关基因可能与输入基因位于相同的途径或复杂结构中，也可能共同表达或具有类似的酶功能。为了确定预测基因与输入基因的关系，你需要研究网络中的链接，以了解输入基因是如何相互连接的，以及新基因与输入的基因是如何相关的。
GeneMANIA的独特之处是什么？
其他基因功能预测程序可用，包括字符串, 生物PIXIE,Funcassociate公司、和FunCoup公司.
与其他系统相比，GeneMANIA具有灵活性、准确性和响应速度方面的优势。特别是在一场比赛中（关于酵母（Mostafavi等人，2008）PDF格式, 公共医学, 杂志)和老鼠（Pena-Castillo等人，2008年PDF格式, 公共医学, 杂志)GeneMANIA被证明比其他基因功能预测方法更准确，并且通常更快，在几秒钟内就可以做出预测。由于这种速度，GeneMANIA可以在您等待时产生结果。用户可以选择要查询的网络的任意子集，GeneMANIA根据输入的基因列表自动选择网络权重，生成特定于用户基因列表的网络。与其他系统不同，GeneMANIA为用户提供上传自己网络的能力，并补偿数据中的冗余，因此用户无需担心重复计算交互。
GeneMANIA算法是如何工作的？
GeneMANIA代表多关联网络集成算法。
GeneMANIA算法由两部分组成：
- 基于线性回归的算法，从多个数据源计算单个复合函数关联网络。
- 一种基于复合功能关联网络的预测基因功能的标记传播算法。
GeneMANIA将基因功能预测视为一个二进制分类问题。因此，从数据源派生的每个功能关联网络都被分配了一个正权重，反映了数据源在预测功能方面的有用性。将关联网络的加权平均值构造成一个特定功能的关联网络；这简化了优化问题并减少了运行时间。
GeneMANIA使用高斯场标记传播算法的变体从复合网络中预测基因功能，该算法适用于基因功能预测，其中典型的阳性示例相对较少。标签传播算法为网络中的每个节点分配一个分数（判别值）。该分数反映了节点对定义给定函数的种子列表所具有的计算关联强度。可以对该值设置阈值，以预测给定的基因功能。
GeneMANIA：一种用于预测基因功能的实时多关联网络集成算法
Mostafavi S、Ray D、Warde-Farley D、Grouios C、Morris Q（2008）
【基因组生物学9:S4。
](http://genomebiology.com/2008/9/S1/S4)PubMed摘要(PDF格式)
如何解释网络权重？
马上就来。
GeneMANIA识别哪些基因标识符？
GeneMANIA识别Entrez、Ensembl、Standard基因符号、Uniprot/SwissProt和RefSeq标识符以及唯一的基因名称。
网络是如何计算的？
从GeneMANIA的源数据创建交互网络的过程在数据处理第页。这个相同的过程既用于生成GeneMANIA中包含的核心网络，也用于从GeneMANIA网站上的用户加载数据或使用Cytoscape插件创建的网络。
我可以在哪里下载GeneMANIA数据？
当前GeneMANIA网站中使用的交互网络以及以前版本中的存档数据集如下可供下载作为纯文本文件。The 数据档案页面描述了所使用的文件格式。
我如何引用GeneMANIA？
我们建议如下引用NAR Web服务器问题。
GeneMANIA预测服务器：用于基因优先排序和预测基因功能的生物网络集成
Warde-Farley D、Donaldson SL、Comes O、Zuberi K、Badrawi R、Chao P、Franz M、Grouios C、Kazi F、Lopes CT、Maitland A、Mostafavi S、Montojo J、Shao Q、Wright G、Bader GD、Morris Q
《核酸研究》，2010年7月1日；38供应：W214-20 PubMed摘要(PDF格式)
如何链接到GeneMANIA？
请参阅说明书.
旧版的蓝色GenMANIA怎么了？
该版本已被不使用Flash的改进接口取代。旧版本可在old.genemania网站.