条目-*616655-SIPA1样蛋白3；SIPA1L3系统-OMIM公司

 
 
*616655

SIPA1-样蛋白3；SIPA1L3系统


备选标题；符号

第三阶段
SPAR3平台
KIAA0545型


HGNC批准的基因符号：SIPA1L3系统

细胞遗传学位置：19问题13.13问题13.2   基因组坐标（GRCh38）：19:37,907,208-38,208,369 （来自NCBI）


基因-表型关系
位置 表型 表型
MIM编号		 继承 表型
映射键
19问题13.13问题13.2 ?白内障45 616851 应收账 三

文本

▼ 描述

SIPA1L3参与上皮细胞形态发生和极性(Greenlees等人，2015年).

▼ 克隆和表达

通过对从尺寸分馏的人脑cDNA文库中获得的克隆进行测序，长濑等人（1998）克隆了SIPA1L3，他们将其命名为KIAA0545。推导出的1129氨基酸蛋白与小鼠Sipa1具有显著相似性(602180). RT-PCR检测到KIAA0545在所有14个受检人体组织中的可变表达，在肾脏和小肠中的表达最高。

Greenlees等人（2015）据报道，推导出的全长1781氨基酸SIPA1L3蛋白可能有一个N末端肌动蛋白结合域，后面是RAP1（参见179520)GTP酶激活蛋白（GAP）结构域、PDZ结构域、第二个可能的肌动蛋白结合结构域和C末端卷曲螺旋亮氨酸拉链。荧光标记的SIPA1L3定位于转染Caco2大肠腺癌细胞和MDCK犬肾上皮细胞的细胞-细胞边界和顶端区域。

▼ 基因结构

Greenlees等人（2015）确定SIPA1L3基因有22个外显子。

▼ 映射

通过辐射混合分析，长濑等人（1998）将SIPA1L3基因定位到19号染色体。

通过基因组序列分析，Greenlees等人（2015）将SIPA1L3基因定位到染色体19q13.1。

▼ 基因功能

Greenlees等人（2015）发现Caco2细胞中SIPA1L3的敲除导致囊腔异位、细胞多层化和非典型蛋白激酶C（PRKCZ）异常定位；176982).

▼ 细胞遗传学

患者患有双侧小眼畸形和严重的双侧眼前段发育不全，其特征是角膜硬化、角膜-晶状体粘连、白内障和青光眼，Greenlees等人（2015）确定了一个从头平衡的染色体易位：46，XY，t（2；p19）（q37.3；q13.1）。父母没有受到影响。染色体微阵列显示没有异常，对已知眼部发育疾病相关基因的下一代测序显示没有致病性突变。断点定位和测序显示SIPA1L3基因的5素非翻译区发生了物理破坏。患者淋巴母细胞RNA的定量PCR分析显示SIPA1L3下调，表达水平低于对照的50%。在衍生染色体易位细胞系中未检测到表达，这些发现共同表明SIP1L3横断可能通过减少SIPA1L3的表达导致或促成患者表型。

▼ 分子遗传学

白内障45

在一个德国家系中，常染色体隐性遗传性先天性白内障定位于染色体19p13-q13.2（CTRCT45；616851),Evers等人（2015）对SIPA1L3基因（R1497X；616655.0002)在两个受累的姐妹中。

挂起确认的关联

关于SIPAIL3基因突变与常染色体显性遗传性白内障或其他眼前段缺陷之间的可能联系的讨论，请参见616655.0001.

▼ 动物模型

使用吗啉醇敲低Sipa1l3表达，Greenlees等人（2015）发现变形斑马鱼有轻度到重度的眼部异常，包括形状不规则、小晶状体和小眼畸形。Greenlees等人（2015）观察到Sipa13-/-小鼠以正常孟德尔比例出生。在胚胎第18.5天，Sipa1l3-/-小鼠的眼睛明显异常。出生后4周，Sipa13-/-幼崽的晶状体尺寸减小、小眼畸形和白内障。Sipa1l3-/-眼睛的组织学分析显示，在晶状体纤维细胞的位置有液泡和蛋白质聚集体。E-cadherin（CDH1）异常；192090)，F-肌动蛋白（ACTA；102610)和ZO1（TJP1；601009)Sipa1l3-/-眼睛在出生后第10天出现染色，表明适当的细胞骨架组织、粘附和极性丧失。

▼ ALLELIC变体( 2精选示例):

.0001未知重要性的变化

这种变异被归类为一种意义不明的变异，因为它对白内障有贡献（参见116200)或其他眼前段缺损尚未确认。

Greenlees等人（2015）对80例晶状体畸形、其他眼前段缺损或小眼畸形患者进行SIPA1L3基因突变筛查，在1例双侧先天性白内障患者中，他们确定了c.442G-T横切面的杂合性（c.442G-T，NM_015073），导致asp148-tyr（D148Y）在第一个假定的肌动蛋白结合域内的高度保守的残基上进行取代。父母的DNA样本无法用于研究。转染Caco2细胞的功能分析显示，D148Y突变的细胞基底部有明显异常聚集和F-actin染色，而野生型则显示正常的actin纤维分布，定位于细胞-细胞边界、三细胞连接和顶部F-actin，以及基底细胞区域典型肌动蛋白应力纤维模式的表达。细胞组分的量化显示，与野生型相比，80%的D148Y转染细胞的肌动蛋白纤维形态异常。此外，转染D148Y突变体的Caco2细胞表现出碎片化和顶端E-cadherin强度降低(192090)在细胞-细胞接触处。Greenlees等人（2015）表明D148Y变体影响肌动蛋白应力纤维结构以及上皮细胞之间的粘附。

.0002 CATARACT 45（1个系列）

在来自一个有血缘关系的德国家庭的2个患有常染色体隐性先天性白内障的姐妹中（CTRCT45；616851),Evers等人（2015）确定SIPA1L3基因第17外显子中c.4489C-T转换的纯合子（c.4489C-T，NM_015073.1），导致arg1497-to-ter（R1497X）替换。患者cDNA的扩增表明，SIPAL3 mRNA不会因非传感介导的衰变而降解，这表明R1497X变体导致合成缺少最后284个氨基酸的截短蛋白。该突变存在于未受影响的第四代父母的杂合性中，并且在1000基因组项目或Exome Variant Server数据库中未发现。

▼ 参考文献

  1. Evers，C.、Paramasivam，N.、Hinderhofer，K.、Fischer，C.、Granzow，M.、Schmidt-Bacher，A.、Eils，R.、Steinbeisser，H.、Schlesner，M.和Moog，U。通过连锁分析和全基因组测序确定SIPAIL3为常染色体隐性遗传性先天性白内障的新基因。欧洲。J.Hum.遗传学。23: 1627-1633, 2015.[公共医学：25804400,图像,相关引文][全文]

  2. Greenlees，R.、Mihelec，M.、Yousoof，S.、Speidel，D.、Wu，S.K.、Rinkwitz，S.，Prokudin，I.、Perveen，R.，Cheng，A.、Ma，A.、Nash，B.、Gillespie，R.和其他10人。SIPA1L3的突变通过破坏细胞极性和细胞骨架组织导致眼部缺陷。嗯，鼹鼠。遗传学。24: 5789-5804, 2015.[公共医学：26231217,相关引文][全文]

  3. 长濑，T.，石川，K.，宫岛，N.，田中，A.，Kotani，H.，野村，N。未知人类基因编码序列的预测。九、 来自大脑的100个新cDNA克隆的完整序列，可以在体外编码大蛋白。DNA研究5:31-391998。[公共医学：9628581,相关引文][全文]


贡献者：
Marla J.F.O'Neill-更新时间：2016年3月7日
Marla J.F.O'Neill-更新时间：2016年2月1日
创建日期：
Patricia A.Hartz:2015年11月20日
编辑历史记录：
卡罗尔：2017年1月27日
卡罗尔：2016年7月3日
卡罗尔：2016年2月1日
mgross:2015年11月20日

*616655

SIPA1-样蛋白3；SIPA1L3系统


备选标题；符号

SPAL3系列
SPAR3平台
KIAA0545型


HGNC批准的基因符号：SIPA1L3

细胞遗传学位置：19q13.13-q13.2   基因组坐标（GRCh38）：19:37907208-38208369 （来自NCBI）


基因-表型关系

位置 表型 表型
MIM编号		 继承 表型
映射键
19问题13.13问题13.2 ?白内障45 616851 常染色体隐性 三

文本

描述

SIPA1L3参与上皮细胞形态发生和极性（Greenlees等人，2015）。

克隆和表达

通过对从大小分级的人脑cDNA文库中获得的克隆进行测序，Nagase等人（1998）克隆了SIPA1L3，他们将其命名为KIAA0545。推导出的1129氨基酸蛋白与小鼠Sipa1（602180）具有显著相似性。RT-PCR检测到KIAA0545在所有14个受检人体组织中的可变表达，在肾脏和小肠中的表达最高。

Greenlees等人（2015）报告称，推导出的全长1781氨基酸SIPA1L3蛋白具有一个可能的N末端肌动蛋白结合域，其次是RAP1（参见179520）GTPase激活蛋白（GAP）域、PDZ域、第二个可能的肌动蛋白结合域和一个C末端线圈-亮氨酸拉链。荧光标记的SIPA1L3定位于转染Caco2大肠腺癌细胞和MDCK犬肾上皮细胞的细胞-细胞边界和顶端区域。

基因结构

Greenlees等人（2015）确定SIPA1L3基因有22个外显子。

映射

通过辐射杂交分析，Nagase等人（1998年）将SIPA1L3基因定位到第19号染色体。

通过基因组序列分析，Greenlees等人（2015）将SIPA1L3基因映射到染色体19q13.1。

基因功能

Greenlees等人（2015）发现，Caco2细胞中SIPA1L3的敲除导致囊肿的形成，囊肿内腔异位，细胞多层，非典型蛋白激酶C的异常定位（PRKCZ；176982）。

细胞遗传学

Greenlees等人（2015年）在一名患有双侧小眼畸形和严重双侧眼前段发育不全的患者中，发现了一种从头平衡的染色体易位：46，XY，t（2；p19）（q37.3；q13.1）。父母没有受到影响。染色体微阵列显示没有异常，对已知眼部发育疾病相关基因的下一代测序显示没有致病性突变。断点定位和测序显示SIPA1L3基因的5素非翻译区发生了物理破坏。患者淋巴母细胞RNA的定量PCR分析显示SIPA1L3下调，表达水平低于对照的50%。在衍生染色体易位细胞系中未检测到表达，这些发现共同表明SIP1L3横断可能通过减少SIPA1L3的表达导致或促成患者表型。

分子遗传学

白内障45

在一个德国家系中，将常染色体隐性遗传性先天性白内障定位到染色体19p13-q13.2（CTRCT45；616851），Evers等人（2015）对2个受累姐妹进行了全基因组测序，并确定了SIPA1L3基因无义突变的纯合子性（R1497X；616655.0002）。

挂起确认的关联

关于SIPAIL3基因突变与常染色体显性遗传性白内障或其他眼前段缺陷之间的可能联系的讨论，请参见616655.0001。

动物模型

Greenlees等人（2015）利用吗啉酸来抑制Sipa1l3的表达，发现变形斑马鱼有轻度到重度的眼部异常，包括形状不规则、小晶状体和小眼畸形。Greenlees等人（2015年）观察到Sipa1l3-/-小鼠出生时的孟德尔比率正常。在胚胎第18.5天，Sipa1l3-/-小鼠的眼睛明显异常。出生后4周，Sipa13-/-幼崽的晶状体尺寸减小、小眼畸形和白内障。Sipa1l3-/-眼睛的组织学分析显示，在晶状体纤维细胞的位置有液泡和蛋白质聚集体。Sipa1l3-/-眼睛在出生后第10天出现E-cadherin（CDH1；192090）、F-actin（ACTA；102610）和ZO1（TJP1；601009）染色异常，表明细胞骨架组织、粘附和极性丧失。

ALLELIC变体 2个选定示例）：

具有未知意义的.0001变体

SIPA1L3、ASP148TYR
SNP:rs138476311，gnomAD:rs138476311，临床变量：RCV000207322

这种变体被归类为意义未知的变体，因为它对白内障（见116200）或其他前段缺陷的影响尚未得到证实。

Greenlees等人（2015年）对80名患有晶状体异常、其他眼前段缺损或小眼症的患者进行了SIPA1L3基因突变筛查，在1名患有双侧先天性白内障的患者中，他们确定了c.442G-T横切面的杂合性（c.442G-T，NM_015073），导致asp148-tyr（D148Y）在第一个假定的肌动蛋白结合域内的高度保守的残基上进行取代。父母的DNA样本无法用于研究。转染Caco2细胞的功能分析显示，D148Y突变的细胞基底部有明显异常聚集和F-actin染色，而野生型则显示正常的actin纤维分布，定位于细胞-细胞边界、三细胞连接和顶部F-actin，以及基底细胞区域典型肌动蛋白应力纤维模式的表达。细胞组分的量化显示，与野生型相比，80%的D148Y转染细胞的肌动蛋白纤维形态异常。此外，转染D148Y突变体的Caco2细胞在细胞-细胞接触处表现出碎片化和顶端E-cadherin强度降低（192090）。Greenlees等人（2015）认为，D148Y变体影响肌动蛋白应力纤维结构以及上皮细胞之间的粘附。

.0002 CATRACT 45（1个系列）

SIPA1L3、ARG1497TER
单号：rs756898971，gnomAD:rs756898971，临床变量：RCV000208874

在一个分离常染色体隐性遗传性先天性白内障（CTRCT45；616851）的血缘德国家系的2个受累姐妹中，Evers等人（2015）确定了SIPA1L3基因第17外显子中c.4489C-T转变（c.4489C-T，NM_015073.1）的纯合子，导致arg1497-to-ter（R1497X）替代。患者cDNA的扩增表明，SIPAL3 mRNA不会因非传感介导的衰变而降解，这表明R1497X变体导致合成缺少最后284个氨基酸的截短蛋白。该突变存在于未受影响的第四代父母的杂合性中，并且在1000基因组项目或Exome Variant Server数据库中未发现。

参考文献

  1. Evers，C.、Paramasivam，N.、Hinderhofer，K.、Fischer，C.、Granzow，M.、Schmidt-Bacher，A.、Eils，R.、Steinbeisser，H.、Schlesner，M.和Moog，U。通过连锁分析和全基因组测序确定SIPAIL3为常染色体隐性遗传性先天性白内障的新基因。欧洲。J.Hum.遗传学。23: 1627-1633, 2015.[公共医学：25804400][全文：https://doi.org/10.1038/ejhg.2015.46]

  2. Greenlees，R.、Mihelec，M.、Yousoof，S.、Speidel，D.、Wu，S.K.、Rinkwitz，S.，Prokudin，I.、Perveen，R.，Cheng，A.、Ma，A.、Nash，B.、Gillespie，R.和其他10人。SIPA1L3的突变通过破坏细胞极性和细胞骨架组织导致眼部缺陷。嗯，鼹鼠。遗传学。24: 5789-5804, 2015.[公共医学：26231217][全文：https://doi.org/10.1093/hmg/ddv298]

  3. 长濑，T.，石川，K.，宫岛，N.，田中，A.，Kotani，H.，野村，N。未知人类基因编码序列的预测。九、 来自大脑的100个新cDNA克隆的完整序列，可以在体外编码大蛋白。DNA研究5:31-391998。[公共医学：9628581][全文：https://doi.org/10.1093/dnares/5.1.31]


贡献者：
Marla J.F.O'Neill-更新时间：2016年3月7日
Marla J.F.O'Neill-更新时间：2016年2月1日

创建日期：
Patricia A.Hartz:2015年11月20日

编辑历史记录：
卡罗尔：2017年1月27日
卡罗尔：2016年7月3日
卡罗尔：2016年2月1日
mgross:2015年11月20日



注：OMIM主要供医生和其他与遗传疾病有关的专业人员、遗传学研究人员使用，以及科学和医学方面的高级学生。当OMIM数据库向公众开放时，用户寻求个人信息医生或遗传病患者应咨询合格医生进行诊断并回答个人问题。
OMIM公司®和人类的在线孟德尔遗传®是约翰霍普金斯大学的注册商标。
版权®1966-2024年约翰霍普金斯大学。

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打印日期：2024年6月3日