条目-*609739-免疫球蛋白样结构域含受体1;ILDR1号机组-OMIM公司
 
*609739

免疫球蛋白样结构域受体1;ILDR1号机组


HGNC批准的基因符号:ILDR1号机组

细胞遗传学位置:第3季度13.33 基因组坐标(GRCh38):3:121,987,323-122,061,655 (来自NCBI)


基因-表型关系
位置 表型 表型
MIM编号
继承 表型
映射键
第3季度13.33 耳聋,常染色体隐性遗传42 609646 应收账

文本

克隆和表达

使用对滤泡(FL)和组织学转化(DLBCL)淋巴瘤的消减杂交策略、随后对前列腺和DLBCL cDNA文库的EST数据库分析和RT-PCR,Hauge等人(2004)克隆了ILDR1的3个剪接变异体,分别命名为ILDR1-alpha、ILDR1-alpha-prime和ILDR1-beta。预测的蛋白质分别含有546、514和457个氨基酸。ILDR1-alpha是一种I型膜蛋白,具有一个信号序列、一个类Ig细胞外结构域、一个跨膜区域和一个包含富含半胱氨酸区域的C末端结构域,该区域可能与其他蛋白质(二亮氨酸基序)相互作用,可能促进内化和细胞内分选,以及精氨酸丰富的区域。ILDR1-alpha-prime有39个独特的N末端残基,并且缺少二亮氨酸基序。ILDR1-beta缺乏富含半胱氨酸的区域和跨膜区域,因此可能是一种可溶性蛋白质。ILDR1与大鼠脂解刺激受体(LSR;616582)提示ILDR1可能参与脂蛋白转运。免疫印迹分析显示,在还原条件下,70-kD(α)、66-k(α-时间)和60-k(β)ILDR1蛋白表达。免疫荧光显微镜显示ILDR1-alpha和alpha-prime的细胞膜定位,而ILDR1-beta定位于胞浆。对共转染细胞的分析表明,所有3种变体都在细胞质膜上相互作用。以ILDR1-alpha-prime为探针的Northern blot分析显示前列腺中的表达最高,而睾丸、胰腺、肾脏、心脏和肝脏中的表达较低。ILDR1也表达于骨髓瘤、淋巴母细胞瘤和霍奇金淋巴瘤细胞系。淋巴瘤的RT-PCR分析表明ILDR1与转化无关,但几乎所有FL和DLBCL样本都表达ILDR1-beta,而正常组织、白血病和组织细胞淋巴瘤细胞系则不表达。Hauge等人(2004)提出ILDR1-beta可能具有诊断标记潜力。

Borck等人(2011年)发现Ildr1在发育中的小鼠耳蜗和前庭中表达。最丰富的转录物包含外显子6,可能代表全长537残基亚型。Corti器官中的表达在P1时较低,在P4和P10时逐渐增加。在毛细胞中检测到低到中等水平的表达,在支持细胞子集中检测到较高水平的表达。在斑马鱼的发育过程中,Ildr1被检测到存在于性腺前外胚层的几种衍生物中,包括腺垂体板、嗅上皮,尤其是耳囊和后侧线原基,后者产生了神经肥大的侧线器官。

通过显微解剖的小鼠肾段的RT-PCR,Gong等人(2017)发现Ildr1在远端肾单位中高表达,从Henle的厚升支到远端卷曲小管再到集合管,而在包括肾小球在内的其他节段中表达较弱。同样,Ildr1蛋白表达与这些区域的标记共定位。高Ildr1也见于结肠,但不见于小肠。在结肠上皮中,Ikdr1在三细胞紧密连接处表达,由3对垂直排列的紧密连接链组成,形成直径约为10nm的细胞旁通路。


基因结构

Hauge等人(2004)确定ILDR1基因包含8个外显子。ILDR1-alpha具有全部8个外显子,ILDR1-alpha-prime在外显子1中有39个独特的密码子与外显子2融合,缺少外显子6,ILDR1-β缺乏外显子4和5。


映射

通过基因组序列分析,Hauge等人(2004)将ILDR1基因定位到染色体3q21.1。


分子遗传学

Borck等人(2011年)确定了ILDR1基因中的10种不同纯合子突变(参见,例如。,609739.0001-609739.0004)在11个常染色体隐性遗传非综合征感音神经性聋42(DFNB42;609646). 据预测,其中7个突变会导致截短的蛋白质,这与功能丧失一致。这些家庭中的听力障碍为语前、双侧、中度至重度。在大多数受影响的个体中,听力损伤在较高频率下更为明显,但一些人的听力图平坦。


动物模型

斑马鱼有2个ILDR1、ildr1a和ildr1b的Paralog。使用反义吗啉,Sang等人(2014)发现ildr1b(而非ildr1a)的敲除会延迟斑马鱼半规管的发育,并损害正常的听觉和前庭反应。实时PCR显示atp1b2b(ATP1B2;182331),编码ildr1b变体内耳中Na+/K+转运体的一个亚单位。将atp1b2b mRNA注射到ildr1b变体中可以挽救半规管的发育延迟。ildr1b的敲除还干扰了后侧线原基的迁移,减少了神经肥大沉积,减少了侧线毛细胞的数量。原位杂交显示,破坏的原始细胞迁移是由于成纤维细胞生长因子(FGF;参见131220)趋化因子受体的信号传导和表达减少。Sang等人(2014)结论:ildr1b对斑马鱼内耳和侧线系统的发育至关重要。

Gong等人(2017)发现Ildr1-/-小鼠的体重明显低于对照组,并且出现明显的多尿和多饮,表明Ildr1//-肾脏无法保持水分。与野生型不同,微细解剖的Ildr1/厚的上升翼具有透水性。虽然Ildr1-/-动物的结肠形态正常,但突变动物的粪便含水量异常升高。转基因小鼠Ildr1在MDCK-II犬肾细胞的三细胞紧密连接处表达,其过度表达降低了MDCK-II单层的透水性。它没有改变细胞旁Na+或Cl-通透性。Gong等人(2017)结论是Ildr1在三细胞紧密连接处起到水屏障的作用。


ALLELIC变体( 4精选示例):

.0001耳聋,自动耳塞42

常染色体隐性聋42(DFNB42;609646),Borck等人(2011年)在ILDR1基因第7外显子中鉴定出纯合1135G-T颠倒,导致glu379-to-ter(E379X)取代,预计影响4种ILDR1亚型。突变的信使核糖核酸要么受到无义介导的衰变,要么预测一种缺乏精氨酸富集区和14-3-3-结合位点的蛋白质。在1000条巴基斯坦控制染色体中未发现突变。


.0002耳聋,自动耳塞42

患有DFNB42的巴基斯坦血亲大家庭的受影响成员(609646)最初报告人Aslam等人(2005年),Borck等人(2011年)在ILDR1基因的起始密码子中发现了一个纯合的3G-a转换。无法确定转录物和蛋白质水平的影响。在500条对照染色体中未发现突变。


.0003耳聋,自动耳塞42

患有DFNB42的伊朗家庭受影响成员(609646),Borck等人(2011年)在ILDR1基因第5外显子中发现了纯合583C-T转换,导致gln195-ter(Q195X)替换。在120条对照染色体中未发现突变。


.0004耳聋,自动耳塞42

ILDR1,1-BP模型,1032G
   RCV000681544。。。

患有DFNB42的2个巴基斯坦家庭的受影响成员(609646),Borck等人(2011年)在ILDR1基因第7外显子中发现1 bp缺失(1032delG),导致移码和提前终止。在500条控制染色体中未发现突变。单体型分析表明存在创始人效应。


参考文献

  1. Aslam,M.、Wajid,M.,Chahrour,M.H.、Ansar,M.;Haque,S.、Pham,T.L.、Santos,R.P.、Yan,K.、Ahmad,W.、Leal,S.M。一个新的常染色体隐性非综合征性听力损伤基因座(DFNB42)定位于染色体3q13.31-q22.3。美国医学遗传学杂志。133A:18-222005年。[公共医学:15641023,图像,相关引文][全文]

  2. Borck,G.、Ur Rehman,A.、Lee,K.、Pogoda,H.-M.、Kakar,N.、von Ameln,S.、Grillet,N.,Hildebrand,M.S.、Ahmed,Z.M.、Nurnberg,G.,Ansar,M.、Basit,S.和其他30人。ILDR1的功能丧失突变导致常染色体隐性听力损伤DFNB42。Am.J.Hum.遗传学。88: 127-137, 2011.[公共医学:21255762,图像,相关引文][全文]

  3. Gong,Y.、Himmerkus,N.、Sunq,A.、Milatz,S.、Merkel,C.、Bleich,M.、Hou,J。ILDR1对细胞旁水转运和尿液浓缩机制很重要。程序。美国国家科学院。科学。114: 5271-5276, 2017.[公共医学:28461473,相关引文][全文]

  4. Hauge,H.、Patzke,S.、Delabie,J.、Aasheim,H.-C。一种新型免疫球蛋白样结构域受体的表征。生物化学。生物物理学。Res.Commun公司。323: 970-978, 2004.[公共医学:15381095,相关引文][全文]

  5. Sang,Q.、Zhang,J.、Feng,R.、Wang,X.、Li,Q.、Zhao,X.、Xing,Q.、Chen,W.、Du,J.、Sun,S.、Chai,R.、Liu,D.、Jin,L.、He,L.、Li,H.、Wang,L。Ildr1b对斑马鱼的半规管发育、后侧线原基迁移和听力至关重要:在隐性听力损伤DFNB42中的作用。嗯,鼹鼠。遗传学。23: 6201-6211, 2014.[公共医学:24990150,相关引文][全文]


Patricia A.Hartz-更新时间:2017年10月16日
Patricia A.Hartz-更新时间:2015年1月16日
Cassandra L.Kniffin-更新时间:2011年3月24日
创建日期:
保罗·J·匡威:2005年11月23日
阿洛佩兹:2017年10月16日
阿洛佩兹:2016年5月10日
mgross:2015年9月30日
mgross:2015年1月20日
麦考尔顿:2015年1月16日
卡罗尔:2013年9月24日
卡罗尔:2011年3月25日
ckniffin:2011年3月24日
mgross:2005年11月23日

*609739

免疫球蛋白样结构域受体1;ILDR1号机组


HGNC批准的基因符号:ILDR1

细胞遗传学位置:3q13.33 基因组坐标(GRCh38): 3:121,987,323-122,061,655 (来自NCBI)


基因-表型关系

位置 表型 表型
MIM编号
继承 表型
映射键
第3季度13.33 耳聋,常染色体隐性遗传42 609646 常染色体隐性

文本

克隆和表达

Hauge等人(2004年)使用滤泡(FL)和组织学转化(DLBCL)淋巴瘤的消减杂交策略,然后对前列腺和DLBCL cDNA文库进行EST数据库分析和RT-PCR,克隆了ILDR1的3个剪接变体,他们将其命名为ILDR1-alpha、ILDR1-alpha-prime和ILDR1-beta。预测的蛋白质分别含有546、514和457个氨基酸。ILDR1-alpha是一种I型膜蛋白,具有一个信号序列、一个类Ig细胞外结构域、一个跨膜区域和一个包含富含半胱氨酸区域的C末端结构域,该区域可能与其他蛋白质(二亮氨酸基序)相互作用,可能促进内化和细胞内分选,以及精氨酸丰富的区域。ILDR1-alpha-prime有39个独特的N末端残基,并且缺少二亮氨酸基序。ILDR1-beta缺乏富含半胱氨酸的区域和跨膜区域,因此可能是一种可溶性蛋白质。ILDR1与大鼠脂解刺激受体(LSR;616582)具有同源性,提示ILDR1可能参与脂蛋白转运。免疫印迹分析显示,在还原条件下,70-kD(α)、66-k(α-时间)和60-k(β)ILDR1蛋白表达。免疫荧光显微镜显示ILDR1-alpha和alpha-prime的细胞膜定位,而ILDR1-beta定位于胞浆。对共转染细胞的分析表明,所有3种变体都在细胞质膜上相互作用。以ILDR1-alpha-prime为探针的Northern blot分析显示前列腺中的表达最高,而睾丸、胰腺、肾脏、心脏和肝脏中的表达较低。ILDR1也表达于骨髓瘤、淋巴母细胞瘤和霍奇金淋巴瘤细胞系。淋巴瘤的RT-PCR分析表明ILDR1与转化无关,但几乎所有FL和DLBCL样本都表达ILDR1-beta,而正常组织、白血病和组织细胞淋巴瘤细胞系则不表达。Hauge等人(2004年)提出ILDR1-beta可能具有诊断标记潜力。

Borck等人(2011年)发现Ildr1在发育中的小鼠耳蜗和前庭中表达。最丰富的转录物包含外显子6,可能代表全长537残基亚型。Corti器官中的表达在P1时较低,在P4和P10时逐渐增加。在毛细胞中检测到低到中等水平的表达,在支持细胞子集中检测到较高水平的表达。在发育中的斑马鱼中,在节前外胚层的几种衍生物中检测到Ildr1,包括腺垂体板、嗅觉上皮,尤其是耳泡和后侧线原基,后者产生了含有神经基质的侧线器官。

Gong等人(2017)通过对显微解剖的小鼠肾段进行RT-PCR,发现Ildr1在远端肾单位中高度表达,从Henle粗大的上升肢,通过远端曲小管,到集合管,而在其他肾段中表达较弱,包括肾小球。同样,Ildr1蛋白表达与这些区域的标记共定位。在结肠中也发现了高Ildr1,但在小肠中没有发现。在结肠上皮中,Ikdr1在三细胞紧密连接处表达,由3对垂直排列的紧密连接链组成,形成直径约为10nm的细胞旁通路。


基因结构

Hauge等人(2004)确定ILDR1基因包含8个外显子。ILDR1-alpha具有全部8个外显子,ILDR1-alpha-prime在外显子1中有39个独特的密码子与外显子2融合,缺少外显子6,ILDR1-β缺乏外显子4和5。


映射

通过基因组序列分析,Hauge等人(2004)将ILDR1基因映射到染色体3q21.1。


分子遗传学

Borck等人(2011年)在11个患有常染色体隐性遗传非综合征感音神经性聋-42(DFNB42;609646)的不相关家族的受影响成员中发现了ILDR1基因中的10种不同纯合子突变(例如,参见60979.0001-609739.0004)。据预测,其中7个突变会导致截短的蛋白质,这与功能丧失一致。这些家庭中的听力障碍为语前、双侧、中度至重度。在大多数受影响的个体中,听力损伤在较高频率下更为明显,但一些人的听力图平坦。


动物模型

斑马鱼有2个ILDR1、ildr1a和ildr1b的Paralog。Sang等人(2014年)利用反义吗啉酸发现,敲除ildr1b而非ildr1a会延迟斑马鱼半规管的发育,并损害正常的听觉和前庭反应。实时PCR显示ildr1b变体内耳中atp1b2b(ATP1B2;182331)下调,atp1b2b编码Na+/K+转运体的一个亚单位。将atp1b2b mRNA注射到ildr1b变体中可以挽救半规管的发育延迟。ildr1b的敲除还干扰了后侧线原基的迁移,减少了神经肥大沉积,减少了侧线毛细胞的数量。原位杂交显示,由于成纤维细胞生长因子(FGF;见131220)信号减弱和趋化因子受体表达减少,原始细胞迁移受到干扰。Sang等人(2014)得出结论,ildr1b对斑马鱼内耳和侧线系统的发育至关重要。

Gong等人(2017年)发现,Ildr1-/-小鼠的体重明显低于对照组,并且出现明显的多尿和多饮,这表明Ildr1-/-肾脏无法保持水分。与野生型不同,微细解剖的Ildr1/厚的上升翼具有透水性。虽然Ildr1-/-动物的结肠形态正常,但突变动物的粪便含水量异常升高。转基因小鼠Ildr1在MDCK-II犬肾细胞的三细胞紧密连接处表达,其过度表达降低了MDCK-II单层的透水性。它没有改变细胞旁Na+或Cl-通透性。Gong等人(2017)得出结论,Ildr1在三细胞紧密连接处起到水屏障的作用。


ALLELIC变体 4个选定示例):

.0001耳聋,自动耳塞42

ILDR1、GLU379TER
SNP:rs387907015,临床变量:RCV000023781

在一个患有常染色体隐性聋-42(DFNB42;609646)的巴基斯坦大近亲家族的受累成员中,Borck等人(2011年)在ILDR1基因第7外显子中发现了纯合1135G-T颠换,导致glu379-to-ter(E379X)替代,预计影响4种ILDR1亚型。突变的mRNA要么受到非传感介导的衰变,要么预测缺少精氨酸富集区和14-3-3结合位点的蛋白质。在1000条巴基斯坦控制染色体中未发现突变。


.0002耳聋,自动耳塞42

ILDR1、MET1?
SNP:rs387907016,临床变量:RCV000023782、RCV001291340

在Aslam等人(2005年)最初报道的一个患有DFNB42(609646)的巴基斯坦大近亲家庭的受影响成员中,Borck等人(2011年)在ILDR1基因的起始密码子中发现了纯合3G-a转换。无法确定转录物和蛋白质水平的影响。在500条对照染色体中未发现突变。


.0003耳聋,自动耳塞42

ILDR1、GLN195TER
SNP:rs387907017,gnomAD:rs387907017,临床变量:RCV000023783,RCV004017263

在患有DFNB42(609646)的伊朗家庭的受影响成员中,Borck等人(2011年)在ILDR1基因的第5外显子中发现了纯合583C-T转换,导致gln195-ter(Q195X)替换。在120条控制染色体中未发现突变。


.0004耳聋,自动耳塞42

ILDR1,1-BP DEL,1032G
SNP:rs1226171550,gnomAD:rs1226171550,临床变量:RCV000681544,RCV001291341

在2个患有DFNB42(609646)的巴基斯坦家庭的受影响成员中,Borck等人(2011年)在ILDR1基因第7外显子中发现了1 bp缺失(1032delG),导致了移码和提前终止。在500条控制染色体中未发现突变。单体型分析表明存在创始人效应。


参考文献

  1. Aslam,M.、Wajid,M.,Chahrour,M.H.、Ansar,M.;Haque,S.、Pham,T.L.、Santos,R.P.、Yan,K.、Ahmad,W.、Leal,S.M。一个新的常染色体隐性遗传非综合征性听力损伤位点(DFNB42)定位于染色体3q13.31-q22.3。美国医学遗传学杂志。133A:18-222005年。[公共医学:15641023][全文:https://doi.org/10.1002/ajmg.a.30508]

  2. Borck,G.、Ur Rehman,A.、Lee,K.、Pogoda,H.-M.、Kakar,N.、von Ameln,S.、Grillet,N.,Hildebrand,M.S.、Ahmed,Z.M.、Nurnberg,G.,Ansar,M.、Basit,S.和其他30人。ILDR1的功能丧失突变导致常染色体隐性听力损伤DFNB42。Am.J.Hum.遗传学。88: 127-137, 2011.[PubMed:21255762][全文:https://doi.org/10.1016/j.ajhg.2010.12.011]

  3. Gong,Y.、Himmerkus,N.、Sunq,A.、Milatz,S.、Merkel,C.、Bleich,M.、Hou,J。ILDR1对细胞旁水转运和尿液浓缩机制很重要。程序。美国国家科学院。科学。114: 5271-5276, 2017.[公共医学:28461473][全文:https://doi.org/10.1073/pnas.1701006114]

  4. Hauge,H.、Patzke,S.、Delabie,J.、Aasheim,H.-C。一种新型免疫球蛋白样结构域受体的表征。生物化学。生物物理学。Res.Commun公司。323: 970-978, 2004.[公共医学:15381095][全文:https://doi.org/10.1016/j.bbrc.2004.08.188]

  5. Sang,Q.,Zhang,J.,Feng,R.,Wang,X.,Li,Q.、Zhao,X.、Xing、Q.、Chen,W.、Du,J.、Sun,S.、Chai,R.、Liu,D.、Jin,L.、He、L.、Li,H.、Wang,L。Ildr1b对斑马鱼的半规管发育、后侧线原基的迁移和听力能力至关重要:对隐性听力损伤DFNB42的影响。嗯,鼹鼠。遗传学。23: 6201-6211, 2014.[公共医学:2499010][全文:https://doi.org/10.1093/hmg/ddu340]


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