条目-*607237–跨膜内耳表达基因;TMIE公司-OMIM公司
 
*607237

跨膜内耳表达基因;TMIE公司


HGNC批准的基因符号:TMIE公司

细胞遗传学位置:第21.31页 基因组坐标(GRCh38):3:46,693,778-46,710,886 (来自NCBI)


基因-表型关系
位置 表型 表型
MIM编号
继承 表型
映射键
第21.31页 耳聋,常染色体隐性遗传6 600971 应收账

文本

克隆和表达

Naz等人(2002年)确定TMIE基因编码一个推导出的156-氨基酸蛋白,与小鼠同源物具有92%的序列一致性。Northern印迹分析表明TMIE基因在许多人类组织中表达,并编码约2.5kb的转录物。对来自人类视网膜和其他各种组织的cDNA进行重复RACE实验,得到约1.7kb的转录本;没有发现其他TMIE转录本。序列分析预测了一个细胞内N末端、两个由细胞外环分隔的跨膜区域和一个细胞内C末端。信号肽的裂解将导致细胞外N末端和单个跨膜结构域。


基因结构

Naz等人(2002年)说明TMIE基因包含4个外显子。


映射

Sirmaci等人(2009年)说明TMIE基因映射到染色体3p21。


基因功能

Naz等人(2002年)声明,对导致小鼠和人类耳聋的功能丧失突变的鉴定表明,该基因在听觉系统中具有保守的关键作用。受影响的旋转鼠的内耳病理学表明,Tmie是耳蜗感觉毛细胞出生后正常成熟所必需的,包括静纤毛束的正确发育(Mitchem等人,2002年).


分子遗传学

Naz等人(2002年)在分离出重度至重度语前聋并与DFNB6相关的近亲家庭受影响成员中,发现TMIE基因有5种不同的纯合隐性突变(600971)3p上的区域。


动物模型

Mitchem等人(2002年)证明了一个新基因Tmie中的两个独立突变是“旋转”小鼠听力损失和前庭功能障碍的原因。该“自旋体”突变位于9号染色体的一个区域,该区域显示出与人类染色体3p的同源性。出于这个原因,DFNB6(对应于3p21)被认为是人类的相应疾病。


ALLELIC变体( 6精选示例):

.0001耳聋,自动耳塞6

来自印度的一个家庭(I-51)映射到DFNB6(600971)区域,Naz等人(2002年)在TMIE基因外显子2的125位发现了4个核苷酸的纯合插入,即CGCC。据预测,插入会导致移码,替换72个错误的氨基酸,然后过早终止蛋白质。


.0002耳聋,自动耳塞6

在一个被映射到DFNB6的耳聋家庭(PKSR22B)中(600971)区域,Naz等人(2002年)在TMIE基因第3外显子中发现了纯合241C-T转换,导致预测的细胞质域中出现arg81-to-cys(R81C)突变。


.0003耳聋,自动耳塞6

在一个非综合征性耳聋的印度近亲家庭(5020-22)中,定位于染色体3p(DFNB6;600971)由福岛等(1995),Naz等人(2002年)在TMIE基因第3外显子中发现250C-T转换,导致预测的细胞质结构域中出现arg84-trp(R84W)突变。

Sirmaci等人(2009年)在51个常染色体隐性聋土耳其家庭中的4个家庭中发现R84W突变的纯合子。进一步分析发现,在另外分析的207个家系中,有3个家系存在纯合R84W突变。R84W的复合杂合性和外显子2的170G-a转换导致trp57-ter(W57X;607237.0006)在两名分别为R84W和W57X纯合子的聋人之间的婚姻中的2名受影响儿童中发现了替代。94个对照个体中有一个是R84W突变的杂合子。表型包括先天性/语前发作的严重至深度感音神经性聋,无内耳异常。土耳其无GJB2听力损失家庭中R84W突变的频率(121011)突变率为3.1%,但在安纳托利亚东南部增加到12.2%。单体型分析表明,R84W是大约1250年前共同祖先产生的创始突变。


.0004耳聋,自动耳塞6

在一个耳聋的家庭(PKDF76)中映射到DFNB6(600971)区域,Naz等人(2002年)在TMIE基因中鉴定了274C-T转变,导致arg92到trp(R92W)突变。


.0005耳聋,自动耳塞6

TMIE,6-BP DEL/1-BP INS
   RCV000003560型

在一个耳聋家庭(PKSN21)中映射到DFNB6(600971)区域,Naz等人(2002年)鉴定出一个缺失/插入突变,涉及TMIE基因内含子1的剪接受体位点的6个核苷酸的缺失和单个C的插入(IVS-2_98delAGCCAGinsC)。由于突变删除了外显子2之前的预测受体剪接位点,该外显子可能被跳过,导致移码。或者,可以利用外显子2中预测的隐秘剪接位点,从而删除21个核苷酸,并从TMIE的假定胞外结构域中删除7个氨基酸。


.0006耳聋,自动耳塞6

TMIE,TRP57TER公司
   RCV000003561型

讨论常染色体隐性聋-6(DFNB6;600971)由Sirmaci等人(2009年),请参阅607237.0003.


参考文献

  1. 福岛,K.,Ramesh,A.,Srisailapathy,C.R.S.,Ni,L.,Wayne,S.,O’Neill,M.E.,Van Camp,G.,Coucke,P.,Jain,P.、Wilcox,E.R.,Smith,S.D.、Kenyon,J.B.、Zbar,R.I.S.、Smith、R.J.H。常染色体隐性非综合征型感音神经性耳聋映射到3p-DFNB6。基因组研究5:305-3081995。[公共医学:8593615,相关引文][全文]

  2. Mitchem,K.L.,Hibbard,E.,Beyer,L.A.,Bosom,K.,Dootz,G.A.,Dolan,D.F.,Johnson,K.R.,Raphael,Y.,Kohrman,D.C。新基因Tmie的突变导致自旋体内耳的感觉细胞缺陷,自旋体是一种人类听力损失DFNB6的小鼠模型。嗯,鼹鼠。遗传学。11: 1887-1898, 2002.[公共医学:12140191,相关引文][全文]

  3. Naz,S.、Giguere,C.M.、Kohrman,D.C.、Mitchem,K.L.、Riazuddin,S.,Morell,R.J.、Ramesh,A.、Srisailpathy,S.和Deshmukh,D.、Riazuddin,S、Griffith,A.J.、Friedman,T.B.、Smith,R.J.H.、Wilcox,E.R。新基因TMIE的突变与DFNB6基因座相关的听力损失有关。Am.J.Hum.遗传学。71: 632-636, 2002.[公共医学:12145746,图像,相关引文][全文]

  4. Sirmaci,A.、Ozturkmen-Akay,H.、Erbek,S.、Incesulu,A.、Duman,D.、Tasir-Yilmaz,S.,Ozdag,H.和Tekin,M。创始人TMIE突变是安纳托利亚东南部听力损失的常见原因。临床。遗传学。75: 562-567, 2009.[公共医学:19438934,相关引文][全文]


贡献者:
Cassandra L.Kniffin-更新时间:2010年5月28日
创建日期:
维克多·A·麦克库西克:2002年9月17日
卡罗尔:2016年10月19日
卡罗尔:2016年6月21日
卡罗尔:2016年5月25日
卡罗尔:2015年5月8日
麦考尔顿:2015年5月5日
卡罗尔:2013年9月24日
wwang:2010年6月3日
ckniffin:2010年5月28日
特里:2008年12月12日
阿洛佩兹:2002年9月19日
卡罗尔:2002年9月17日

*607237

跨膜内耳表达基因;TMIE公司


HGNC批准的基因符号:TMIE

细胞遗传学位置:3p21.31 基因组坐标(GRCh38): 3:46,693,778-46,710,886 (来自NCBI)


基因-表型关系

位置 表型 表型
MIM编号
继承 表型
映射键
第21.31页 耳聋,常染色体隐性遗传6 600971 常染色体隐性

文本

克隆和表达

Naz等人(2002年)确定,TMIE基因编码一个推导出的156-氨基酸蛋白质,该蛋白质与小鼠同源物具有92%的序列一致性。Northern blot分析表明,TMIE基因在许多人体组织中表达,并编码约2.5 kb的转录本。对来自人类视网膜和其他各种组织的cDNA进行重复RACE实验,得到约1.7kb的转录本;没有发现其他TMIE转录本。序列分析预测了细胞内N末端、由细胞外环分离的2个跨膜区和细胞内C末端。信号肽的裂解将导致细胞外N末端和单个跨膜结构域。


基因结构

Naz等人(2002年)指出,TMIE基因包含4个外显子。


映射

Sirmaci等人(2009年)指出,TMIE基因映射到染色体3p21。


基因功能

Naz等人(2002年)指出,对导致小鼠和人类耳聋的功能丧失突变的鉴定表明,该基因在听觉系统中具有保守的关键作用。受影响的旋转鼠的内耳病理学表明,耳蜗感觉毛细胞出生后正常成熟需要Tmie,包括静纤毛束的正确发育(Mitchem等人,2002年)。


分子遗传学

Naz等人(2002年)证明,在患有严重至重度舌前耳聋的近亲家庭成员中,TMIE基因存在5种不同的纯合隐性突变,并与第3位的DFNB6(600971)区域连锁。


动物模型

Mitchem等人(2002年)证明了一个新基因Tmie中的两个独立突变是“旋转”小鼠听力损失和前庭功能障碍的原因。该“自旋体”突变位于9号染色体的一个区域,该区域显示出与人类染色体3p的同源性。出于这个原因,DFNB6(对应于3p21)被认为是人类的相应疾病。


ALLELIC变体 6个精选示例):

.0001耳聋,自动耳塞6

TMIE,4-BP INS,125CGCC
SNP:rs876661301,gnomAD:rs876661301,临床变量:RCV000003556

Naz等人(2002年)在一个来自印度(I-51)的DFNB6(600971)区域的家系中,在TMIE基因外显子2的125位发现了4个核苷酸的纯合插入,即CGCC。据预测,插入会导致移码,取代72个不正确的氨基酸,然后过早终止蛋白质。


.0002耳聋,自动耳塞6

阿格81CYS TMIE
单号:rs28942096,ClinVar:RCV000003557、RCV001291482、RCV001、53398

在一个定位于DFNB6(600971)区域的耳聋家族(PKSR22B)中,Naz等人(2002年)在TMIE基因第3外显子中发现了一个纯合子241C-T转换,导致预测的细胞质域中出现arg81-to-cys(R81C)突变。


.0003耳聋,自动耳塞6

TMIE,ARG84TRP公司
SNP:rs28942097,gnomAD:rs28942097,临床变量:RCV000003558、RCV001093068、RCV000291483、RCV0033204、RCV001、375180

在Fukushima等人(1995年)映射到染色体3p(DFNB6;600971)的非综合征性耳聋印度血亲家族(5020-22)中,Naz等人(2002年)在TMIE基因的外显子3中发现了250C-T转换,导致预测的细胞质域中出现arg84-trp(R84W)突变。

Sirmaci等人(2009年)在51个常染色体隐性聋土耳其家庭中的4个发现了R84W突变的纯合子。进一步分析发现,在另外分析的207个家系中,有3个家系存在纯合R84W突变。R84W的复合杂合性和外显子2的170G-a转换导致trp57-ter(W57X;607237.0006)替代,分别在两名R84W和W57X纯合的聋人婚姻的2名受累儿童中发现。94个对照个体中有一个是R84W突变的杂合子。表型包括先天性/语前发作的严重至深度感音神经性聋,无内耳异常。在土耳其所有没有GJB2(121011)突变的听力损失家庭中,R84W突变的频率为3.1%,但在安纳托利亚东南部增加到12.2%。单体型分析表明,R84W是大约1250年前共同祖先产生的创始突变。


.0004耳聋,自动耳塞6

TMIE,ARG92TRP
SNP:rs28941781,gnomAD:rs28941781,临床变量:RCV000003559

在一个定位于DFNB6(600971)区域的耳聋家族(PKDF76)中,Naz等人(2002年)在TMIE基因中发现了274C-T转换,导致arg92-trp(R92W)突变。


.0005耳聋,自动耳塞6

TMIE,6-BP DEL/1-BP INS
SNP:rs876657371,临床变量:RCV000003560

在一个定位于DFNB6(600971)区域的耳聋家族(PKSN21)中,Naz等人(2002年)发现了一个缺失/插入突变,涉及TMIE基因内含子1剪接受体位点的6个核苷酸的缺失和单个C的插入(IVS-2_98delAGCCAGGinsC)。由于突变删除了外显子2之前的预测受体剪接位点,该外显子可能被跳过,导致移码。或者,可以利用外显子2中预测的隐秘剪接位点,从而删除21个核苷酸,并从TMIE的假定胞外结构域中删除7个氨基酸。


.0006耳聋,自动耳塞6

TMIE,TRP57TER公司
单号:rs267607120,临床变量:RCV000003561

关于Sirmaci等人(2009年)在常染色体隐性聋-6(DFNB6;600971)同胞中发现的复合杂合状态的TMIE基因trp57-ter(W570X)突变的讨论,请参见607237.003。


参考文献

  1. 福岛,K.,Ramesh,A.,Srisailapathy,C.R.S.,Ni,L.,Wayne,S.,O’Neill,M.E.,Van Camp,G.,Coucke,P.,Jain,P.、Wilcox,E.R.,Smith,S.D.、Kenyon,J.B.、Zbar,R.I.S.、Smith、R.J.H。一种常染色体隐性非综合征形式的感音神经性听力损失映射为3p-DFNB6。基因组研究5:305-3081995。[公共医学:8593615][全文:https://doi.org/10.1101/gr.5.3.305]

  2. Mitchem,K.L.,Hibbard,E.,Beyer,L.A.,Bosom,K.,Dootz,G.A.,Dolan,D.F.,Johnson,K.R.,Raphael,Y.,Kohrman,D.C。新基因Tmie的突变导致自旋体内耳的感觉细胞缺陷,自旋体是一种人类听力损失DFNB6的小鼠模型。嗯,鼹鼠。遗传学。11: 1887-1898, 2002.[公共医学:12140191][全文:https://doi.org/10.1093/hmg/11.16.1887]

  3. Naz,S.、Giguere,C.M.、Kohrman,D.C.、Mitchem,K.L.、Riazuddin,S.,Morell,R.J.、Ramesh,A.、Srisailpathy,S.和Deshmukh,D.、Riazuddin,S、Griffith,A.J.、Friedman,T.B.、Smith,R.J.H.、Wilcox,E.R。新基因TMIE的突变与DFNB6基因座相关的听力损失有关。Am.J.Hum.遗传学。71: 632-636, 2002.[公共医学:12145746][全文:https://doi.org/10.1086/342193]

  4. Sirmaci,A.、Ozturkmen-Akay,H.、Erbek,S.、Incesulu,A.、Duman,D.、Tasir-Yilmaz,S.,Ozdag,H.和Tekin,M。创始人TMIE突变是安纳托利亚东南部听力损失的常见原因。临床。遗传学。75: 562-567, 2009.[公共医学:19438934][全文:https://doi.org/10.1111/j.1399-0004.2009.01183.x]


贡献者:
Cassandra L.Kniffin-更新时间:2010年5月28日

创建日期:
维克多·A·麦克库西克:2002年9月17日

编辑历史记录:
卡罗尔:2016年10月19日
卡罗尔:2016年6月21日
卡罗尔:2016年5月25日
卡罗尔:2015年5月8日
麦考尔顿:2015年5月5日
卡罗尔:2013年9月24日
wwang:2010年6月3日
ckniffin:2010年5月28日
特里:2008年12月12日
阿洛佩兹:2002年9月19日
卡罗尔:2002年9月17日