条目-*607012-B-双引物1,RNA聚合酶III转录起始因子IIIB的亚单位;BDP1公司-OMIM公司
 
*607012

RNA聚合酶III转录起始因子IIIB的B-双引物1亚单位;BDP1公司


备选标题;符号

转录因子样核调节器;TFNR公司
基亚纳1689


HGNC批准的基因符号:BDP1公司

细胞遗传学位置:第5季度13.2 基因组坐标(GRCh38):5:71,455,651-71,578,288 (来自NCBI)


基因-表型关系
位置 表型 表型
MIM编号
继承 表型
映射键
第5季度13.2 ?耳聋,常染色体隐性遗传112 618257 应收账

文本

克隆和表达

使用cDNA行走策略,Kelter等人(2000年)从胎脑和脊髓文库克隆TFNR的重叠部分序列。推导出的2254氨基酸蛋白质的计算分子量为250 kD。从一个胎脑cDNA文库中分离的所有cDNA都缺少外显子15,导致796个氨基酸的截短蛋白。TFNR蛋白具有高度亲水性。它包含一个55-氨基酸基序,由外显子17编码,重复为6个高度保守和3个不太保守的拷贝。它还包含一个二分核定位信号,即DNA-连接酶A1 ATP依赖性(126391)结合位点和C末端的第二个二分核定位信号。与编码545个氨基酸的小鼠Tfnr前11个外显子的序列比较表明,与人类Tfnr蛋白的同源性为77%。人类TFNR的300多个氨基酸片段与酵母TFC5蛋白(TFIIIB转录起始复合物的组成部分)的同源性为29%。Northern blot分析检测到所有检测组织中9.5-、3.1-和1.6-kb转录物的弱表达,而1.9-kb的转录物仅在大脑中表达。对来自多个脑区的mRNA的分析显示,小脑中9.5 kb和1.9 kb的信号较强,而其他所有脑区的信号较弱。胎儿和成人组织的Western blot分析显示5条谱带,范围为55至250kD。TFNR在HeLa细胞中的免疫荧光定位显示出点状核染色模式。

Schramm等人(2000年)还克隆了BDP1,他们称之为hB-double prime,并发现该蛋白具有几个潜在的磷酸化位点。Schramm等人(2000年)分离出2个变异体,其中一个可能是剪接变异体。另一个变体包含一个插入,导致用5种不同的氨基酸替换最后21个氨基酸。HeLa细胞的Western blot分析显示BDP1在160和250 kD左右出现条带。

Girotto等人(2013)分析出生后第5天小鼠内耳中Bdp1的表达,观察到血管纹毛细血管、间充质衍生细胞和耳蜗管周围的细胞外基质(包括螺旋韧带和基底膜)中有明确表达。免疫组织化学标记模式分析表明,Bdp1在血管纹内皮细胞中表达。


基因结构

Kelter等人(2000年)确定TFNR基因包含32个外显子,跨度约为80kb。


映射

通过FISH,Kelter等人(2000年)将TFNR基因定位到染色体5q13。对该区域的进一步分析表明,TFNR正好位于重复的SMA1之外(253300)区域。小鼠BAC克隆的测序显示Tfnr和Serf1之间存在一个面对面的方向(603011)基因。


基因功能

在体外转录反应中使用抗BDP1抗体,Schramm等人(2000年)确定从Ad2 VAI和人类U6转录需要BPD1(180692)RNA聚合酶III(pol III;参见606007)发起人。通过染色质免疫沉淀分析,他们还发现BDP1在体内与U6启动子区域结合,进一步表明BDP1是U6启动复合物的一部分。

利用酿酒酵母的交联实验,胡等(2015)验证了Bdp1 SANT域与Brf1的C端相互作用(604902)以及在形成用于转录的pol III起始前复合物(PIC)中的功能。胡等(2015)还发现了另一个Brf1结合位点,称为Bdp1区II,位于SANT域上游,其功能是与Brf1和C128亚基相互作用的结构域(614366)功能分析表明,Bdp1区II参与了PIC形成后的蛋白质相互作用网络。其他研究表明,Bdp1区域II在pol III活性位点间隙中与Brf1和C128的N末端半部分以及C37的C末端结构域相互作用。

Gouge等人(2017)测定了人转录因子IIIB(TFIIIB)复合体的晶体结构,发现BDP1在TATA盒上游的DNA区域与TBP之间的界面上相互作用(600075)N端箍筋和BRF2 C端的高亲和力TBP结合位点(607023). BDP1接头是SANT结构域侧翼的N末端区域,横跨结合DNA的小凹槽,插入2个Brf2细胞周期蛋白重复序列之间,从而在启动子打开中发挥作用。向BRF2-TBP-DNA复合物中添加BDP1对DNA的弯曲状态没有影响,但增加了复合物的估计寿命,导致与DNA结合的复合物极其稳定。功能研究表明,BDP1的N端和C端区域能够与上游因子SNAPc结合(参见600591)这些相互作用在驱动pol III转录中至关重要。作者提出,在pol III转录起始期间,BDP1可能通过涉及RNA pol III亚单位的变构机制,刺激从封闭PIC向开放PIC的转换。


分子遗传学

在一个有舌后进行性感音神经性聋的近亲卡塔尔家庭中,染色体5q13定位(DFNB112;618257),Girotto等人(2013)BDP1基因(X2625E;607012.0001). 该突变与家族中的疾病完全分离,在66名卡塔尔对照中未发现,尽管在公共变异数据库中出现频率较低。


ALLELIC变体( 1选定示例):

.0001耳聋,自动耳塞112(1个家族)

在一个有舌后进行性感音神经性聋的近亲卡塔尔家庭的4个同胞中(DFNB112;618257),Girotto等人(2013)确定BDP1基因中c.7873T-G颠倒(c.7873T-G,NM_018429)的纯合子,导致ter2625-to-glu(X2625E)替换,导致蛋白质延长11个额外密码子(Ter2625GluextTer11)。他们未受影响的父母和1名未受影响同胞是突变的杂合子,这在66名卡塔尔人、26名意大利人或3名阿曼对照中未发现。然而,在ESP6500(MAF,0.0007)、1000基因组计划(MAF,0.0009)和dbSNP(构建137)(MAF,0.004)数据库中,该变体以较低的次要等位基因频率存在。


参考文献

  1. Girotto,G.,Abdulhadi,K.,Buniello,A.,Vozzi,D.,Licastro,D.,D'Eustacchio,A.,Vuckovic,D.,Alkowari,M.K.,Steel,K.P.,Badii,R.,Gasparini,P。连锁研究和外显子组测序确定与遗传性听力损失相关的BDP1突变。《公共科学图书馆·综合》8:e803232013。注:电子文章。[公共医学:24312468,相关引文][全文]

  2. Gouge,J.、Guthertz,N.、Kramm,K.、Dergai,O.、Abascal-Palacios,G.、Satia,K.,Cousin,P.、Hernandez,N..、Grohman,D.、Vannini,A。Bdp1在TFIIIB组装和RNA聚合酶III转录启动中的分子机制。自然社区。8: 130, 2017. 注:电子文章。[公共医学:28743884,相关引文][全文]

  3. 胡华立、吴华创、李华创、陈华创、。位于RNA聚合酶III活性位点间隙内的Bdp1区,是转录起始所必需的。摩尔。单元格。生物学35:2831-28402015年。[公共医学:26055328,相关引文][全文]

  4. Kelter,A.-R.,Herchenbach,J.,Wirth,B。转录因子样核调节因子(TFNR)包含一个新的55氨基酸基序,重复9次,与SMN1紧密对应。基因组学70:315-3262000。[公共医学:11161782,相关引文][全文]

  5. Schramm,L.、Pendergrast,P.S.、Sun,Y.、Hernandez,N。不同的人类TFIIB活性直接从含TATA和不含TATA的启动子转录RNA聚合酶III。基因发展14:2650-26632000。[公共医学:11040218,图像,相关引文][全文]


Bao Lige-更新时间:2019年1月24日
Marla J.F.O'Neill-更新时间:2018年12月14日
Ada Hamosh-更新时间:2003年4月2日
创建日期:
Patricia A.Hartz:2002年6月5日
卡罗尔:2019年7月30日
卡罗尔:2019年1月24日
颂歌:2018年12月18日
卡罗尔:2018年12月14日
阿洛佩兹:2003年4月4日
特里:2003年4月2日
卡罗尔:2002年6月5日
卡罗尔:2002年6月5日
卡罗尔:2002年6月5日

*607012

RNA聚合酶III转录起始因子IIIB的B-双引物1亚单位;BDP1公司


备选标题;符号

转录因子样核调节器;TFNR公司
基亚纳1689


HGNC批准的基因符号:BDP1

细胞遗传学位置:5q13.2 基因组坐标(GRCh38): 5:71,455,651-71,578,288 (来自NCBI)


基因-表型关系

位置 表型 表型
MIM编号
继承 表型
映射键
第5季度13.2 ?耳聋,常染色体隐性遗传112 618257 常染色体隐性

文本

克隆和表达

Kelter等人(2000年)使用cDNA行走策略,从胎脑和脊髓文库克隆了TFNR的重叠部分序列。推导出的2254氨基酸蛋白质的计算分子量为250 kD。从一个胎脑cDNA文库中分离的所有cDNA都缺少外显子15,导致796个氨基酸的截短蛋白。TFNR蛋白具有高度亲水性。它包含一个55个氨基酸的基序,由外显子17编码,重复为6个高度保守和3个不太保守的拷贝。它还包含一个二分核定位信号、一个DNA-连接酶A1 ATP依赖性(126391)结合位点和C末端的第二个二分核子定位信号。与编码545个氨基酸的小鼠Tfnr前11个外显子的序列比较表明,与人类Tfnr蛋白的同源性为77%。人类TFNR的300多个氨基酸片段与酵母TFC5蛋白(TFIIIB转录起始复合物的组成部分)的同源性为29%。Northern blot分析检测到所有检测组织中9.5-、3.1-和1.6-kb转录物的弱表达,而1.9-kb的转录物仅在大脑中表达。对来自多个脑区的mRNA的分析显示,小脑中9.5 kb和1.9 kb的信号较强,而其他所有脑区的信号较弱。胎儿和成人组织的Western blot分析显示5条谱带,范围为55至250kD。TFNR在HeLa细胞中的免疫荧光定位显示出点状核染色模式。

Schramm等人(2000年)还克隆了BDP1,他们称之为hB-double prime,并发现该蛋白具有几个潜在的磷酸化位点。Schramm等人(2000年)分离出2个变体,其中一个可能是剪接变体。另一个变体包含一个插入,导致用5种不同的氨基酸替换最后21个氨基酸。HeLa细胞的Western blot分析显示BDP1在160和250 kD左右出现条带。

Girotto等人(2013年)分析了出生后第5天小鼠内耳中Bdp1的表达,并观察到血管纹毛细血管、间充质衍生细胞和耳蜗管周围的细胞外基质(包括螺旋韧带和基底膜)中明确表达。免疫组织化学标记模式分析表明,Bdp1在血管纹内皮细胞中表达。


基因结构

Kelter等人(2000年)确定TFNR基因包含32个外显子,跨度约为80kb。


映射

通过FISH,Kelter等人(2000年)将TFNR基因映射到染色体5q13。对该区域的进一步分析表明,TFNR正好位于重复SMA1(253300)区域之外。对小鼠BAC克隆的测序显示,Tfnr和Serf1(603011)基因之间存在一个面对面的方向。


基因功能

Schramm等人(2000年)通过在体外转录反应中使用抗BDP1抗体,确定了Ad2 VAI和人类U6(180692)RNA聚合酶III(pol III;见606007)启动子的转录需要BPD1。通过染色质免疫沉淀分析,他们还发现BDP1在体内与U6启动子区域结合,进一步表明BDP1是U6启动复合物的一部分。

使用酿酒酵母的交联实验,Hu等人(2015)验证了Bdp1 SANT结构域与Brf1的C末端(604902)相互作用,并在形成用于转录的pol III起始前复合物(PIC)中发挥作用。Hu等人(2015)还发现了另一个Brf1结合位点,称为Bdp1区域II,位于SANT域上游,其功能是与Brf1和pol III的C128亚基(614366)相互作用的结构域。功能分析表明,Bdp1区II参与了PIC形成后的蛋白质相互作用网络。其他研究表明,Bdp1区域II在pol III活性位点间隙中与Brf1和C128的N末端半部分以及C37的C末端结构域相互作用。

Gouge等人(2017)确定了人类转录因子IIIB(TFIIIB)复合体的晶体结构,并发现BDP1在TATA盒上游的DNA区域、TBP(600075)N末端箍筋和BRF2 C末端的高亲和力TBP结合位点(607023)之间的界面上相互作用。BDP1连接子是SANT结构域侧翼的N末端区域,跨越结合DNA的小凹槽,插入2个Brf2周期蛋白重复序列之间,从而在启动子开放中发挥作用。向BRF2-TBP-DNA复合物中添加BDP1对DNA的弯曲状态没有影响,但增加了复合物的估计寿命,导致与DNA结合的复合物极其稳定。功能研究表明,BDP1的N端和C端区域能够与上游因子SNAPc结合(参见600591),并且这些相互作用对于驱动pol III转录至关重要。作者提出,在pol III转录起始期间,BDP1可能通过涉及RNA pol III亚单位的变构机制,刺激从封闭PIC向开放PIC的转换。


分子遗传学

在一个有舌后进行性感音神经性耳聋的近亲卡塔尔家族中,其染色体5q13定位为(DFNB112;618257),Girotto等人(2013)确定了BDP1基因中一个不间断突变的纯合子(X2625E;6070120001)。该突变与家族中的疾病完全分离,在66名卡塔尔对照中未发现,尽管在公共变异数据库中出现频率较低。


ALLELIC变体 1选定示例):

.0001耳聋,自动耳塞112(1个家族)

BDP1,TER2625GLU({dbSNP rs199721728})
SNP:rs199721728,gnomAD:rs199721728,临床变量:RCV000735423,RCV001759443

在一个有舌后进行性感觉神经性聋(DFNB112;618257)的卡塔尔近亲家族的4个同胞中,Girotto等人(2013年)确定了BDP1基因中c.7873T-G横切面(c.7873T-G,NM_018429)的纯合子,导致ter2625-to-glu(X2625E)导致蛋白质延长11个额外密码子的替换(Ter2625GluextTer11)。他们未受影响的父母和1名未受影响同胞是突变的杂合子,这在66名卡塔尔人、26名意大利人或3名阿曼对照中未发现。然而,在ESP6500(MAF,0.0007)、1000基因组计划(MAF,0.0009)和dbSNP(构建137)(MAF,0.004)数据库中,该变体以较低的次要等位基因频率存在。


参考文献

  1. Girotto,G.,Abdulhadi,K.,Buniello,A.,Vozzi,D.,Licastro,D.,D'Eustacchio,A.,Vuckovic,D.,Alkowari,M.K.,Steel,K.P.,Badii,R.,Gasparini,P。连锁研究和外显子组测序确定与遗传性听力损失相关的BDP1突变。《公共科学图书馆·综合》8:e803232013。注:电子文章。[公共医学:24312468][全文:https://doi.org/10.1371/journal.pone.0080323]

  2. Gouge,J.、Guthertz,N.、Kramm,K.、Dergai,O.、Abascal-Palacios,G.、Satia,K.,Cousin,P.、Hernandez,N..、Grohman,D.、Vannini,A。Bdp1在TFIIIB组装和RNA聚合酶III转录启动中的分子机制。自然社区。8: 130, 2017. 注:电子文章。[公共医学:28743884][全文:https://doi.org/10.1038/s41467-017-00126-1]

  3. 胡华立、吴华创、李华创、陈华创、。位于RNA聚合酶III活性位点间隙内的Bdp1区,是转录起始所必需的。摩尔。单元格。生物学35:2831-28402015年。[公共医学:26055328][全文:https://doi.org/10.128/MCB.00263-15]

  4. Kelter,A.-R.,Herchenbach,J.,Wirth,B。转录因子样核调节因子(TFNR)包含一个新的55氨基酸基序,重复9次,与SMN1紧密对应。基因组学70:315-3262000。[公共医学:11161782][全文:https://doi.org/10.1006/geno.2000.6396]

  5. Schramm,L.、Pendergrast,P.S.、Sun,Y.、Hernandez,N。不同的人类TFIIB活性直接从含TATA和不含TATA的启动子转录RNA聚合酶III。基因发展14:2650-26632000。[公共医学:11040218][全文:https://doi.org/10.1101/gad.836400]


贡献者:
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