TRRAP作为具有组蛋白乙酰转移酶活性的多蛋白辅激活物复合体的一部分发挥作用,组蛋白乙酰化转移酶活性对其他转录因子如MYC(190080)和E2F1(189971)的转录活性至关重要(由McMahon等人总结,1998年)。TRRAP是一种大的多域蛋白激酶,在细胞中作为辅助因子帮助调节组蛋白乙酰化。TRRAP广泛表达于身体和大脑的许多组织中,还参与DNA损伤修复和染色质重塑(由Mavros等人总结,2018年)。
McMahon等人(1998年)描述了通过亲和纯化分离高度保守的434-kD蛋白,命名为TRRAP,该蛋白与ATM/PI3-激酶家族具有同源性。预测的3828-氨基酸蛋白包含一个二分核定位信号、一个潜在的亮氨酸拉链和2个TPR区域。它也有8个LXXLL序列散布在整个蛋白质中,这是一个与几个转录辅激活子相关的基序。TRRAP在本地化方面几乎完全是核项目。
Vassilev等人(1998年)克隆并表征了称为PAF400的400-kD PCAF-相关因子。他们发现PAF400与TRRAP几乎相同,并且与ATM超家族(包括FRAP(601231)和ATR(107410))以及DNAPK的催化亚基(600899)具有显著的序列相似性。值得注意的是,PAF400和FRAP在覆盖整个PAF400序列80%的广泛区域中共享序列相似性。从缺乏激酶基序和自身磷酸化活性来看,PAF不是一种蛋白激酶。
Xia等人(2019年)在小鼠耳蜗中发现Trrap基因的表达,这表明它可能在听力发展中发挥作用。
McMahon等人(1998年)发现,TRRAP与MYC(190080)N末端和E2F1(189971)转录激活域相互作用。TRRAP蛋白或反义RNA的转显性突变体的表达阻断了MYC和E1A介导的致癌转化。这些数据表明,TRRAP是MYC和E1A/E2F致癌转录因子途径的重要辅因子。
NuA4组蛋白乙酰转移酶(HAT)复合物负责组蛋白H4(参见602822)和H2A(参见613499)在酵母中的N末端尾部的乙酰化。其催化亚单位Esa1与人类TIP60(HTATIP;601409)同源。Doyon等人(2004年)通过亲和纯化、Western blot分析、细胞分离、免疫沉淀和质谱分析,发现TIP60及其剪接变异体TIP60B/PLIP是多亚单位NuA4复合体的一部分,在几个人类细胞系中具有HAT活性。他们鉴定了12个酵母NuA4亚基中11个的人类同源物,包括TRRAP。
利用对小鼠胚胎干细胞(ES)的RNA干扰,Fazzio等人(2008)发现,Tip60-p400(EP400;606265)HAT和核小体重塑复合物(包括Trrap)的7种成分中的任何一种的缺失都会导致相同的表型。与正常ES细胞不同,正常ES细胞生长在球形三维菌落中,缺乏7种Tip60-p400 HAT成分的ES细胞表现出扁平和细长的形态,单层生长,细胞间接触减少。这些敲除细胞继续循环,S期细胞减少,G2期细胞增加。Tip60-p400 HAT组分敲除对ES细胞的影响是独特的,因为敲除小鼠胚胎成纤维细胞后观察到的变化可以忽略不计。
McMahon等人(1998年)指出,TRRAP基因对应于一个EST(GenBank T17018),该EST通过辐射杂交作图被指定为7q21.3-q22.1。
发育迟缓伴或不伴畸形相和自闭症
Mavros等人(2018)在一名11岁男孩身上发现TRRAP基因(R1986Q;603015.0001)中的一个新发杂合错义突变,该男孩的神经/精神表型与发育迟缓一致,无畸形相或自闭症(DEDDFA;618454)。该突变是通过全外显子组测序发现的,并通过桑格测序证实,但在1000基因组项目、外显子组测序项目或gnomAD数据库中没有发现。未进行变体的功能研究和患者细胞的研究。Mavros等人(2018年)注意到,之前的几项大型研究已经在患有广泛神经发育或认知障碍的患者中发现了新发杂合TRRAP变体,包括儿童分裂症和精神分裂症(Gupta等人,2017年和Xu等人(2011年、2012年))。
在24名患有DEDDFA的患者中,包括2名同胞,Cogne等人(2019年)在TRRAP基因中发现了17种不同的从头杂合错义突变(参见例如603015.0002-603015.0005)。这些患者是通过国际合作或GeneMatcher计划汇编的。外显子组测序发现的所有突变都发生在保守残基上;gnomAD数据库中没有任何数据。13个突变发生在1031-1159残基之间(含);这些人患有复杂的多系统综合征,具有广泛的智力功能。该残基簇外突变个体的表型包括自闭症谱系障碍、智力残疾和癫痫。未对变异体进行功能研究,但对2名1031-1159残基簇外突变患者(L805F,603015.0002和W1866C,603016.0005)的成纤维细胞进行分析,发现与对照组相比,基因表达模式存在差异,神经功能和离子转运相关基因上调。由于所有识别出的突变都是错义的,Cogne等人(2019年)得出结论认为,它们要么具有功能增益效应,要么具有显性负效应。
常染色体显性聋75
在一个患有成年常染色体显性聋75(DFNA75;618778)的3代中国家庭(SH-05)的4名受累成员中,Xia等人(2019)在TRRAP基因(R171C;603015.0006)中发现了一个杂合错义变异体。通过全基因组测序发现并经Sanger测序证实的变异与该家族中的疾病分离。在gnomAD数据库中,500名种族匹配的对照组或东亚血统的个体中均未发现该变异。未进行变体的功能研究和患者细胞的研究。对66例散发性耳聋患者的TRRAP基因进行直接测序后,在3名无关患者中发现了另外3种杂合变体:D394N、Pro509fs和E2750D。未对后一种变体进行功能研究。
体细胞突变
通过外显子组测序,Wei等人(2011年)在167个黑色素瘤(见155600)样本中的6个(4%)样本中发现了反复发生的体细胞ser722-to-phe(S722F)突变。S722F突变发生在一个高度保守的残基中,转染NIH 3T3细胞后,与野生型相比,其转化潜力增加。这些结果表明,TRRAP可能是一个癌基因。用siRNA敲低S722F突变蛋白导致黑色素瘤细胞凋亡增加,表明突变TRRAP对黑色素瘤生存至关重要。
Cogne等人(2019年)认为,与TTRAP突变相关的表型可大致分为两大类。在他们对24名患者的研究中,那些影响残基1031-1159的突变患者患有更严重的疾病,通常涉及多系统,包括肾脏、心脏和泌尿生殖系统,以及大脑结构异常。在该区域外发生突变的患者往往具有较轻的表型,自闭症的发病率较高,通常没有全身性受累。
Herceg等人(2001年)表明,由于胚泡增殖受阻,小鼠体内Trrap的无效突变会导致植入前死亡。他们使用一种可诱导的Cre-loxP系统来证明,Trrap的缺失会阻碍细胞增殖,因为有丝分裂异常退出伴随着胞质分裂失败和内复制。尽管染色体错位和纺锤体破坏,但Trrap缺陷细胞未能维持有丝分裂阻滞,并显示cdk1活性受损。因此,Trrap对早期发育至关重要,是有丝分裂检查点和正常细胞周期进展所必需的。
斑马鱼的神经瘤由毛细胞和支持细胞组成,在听觉、上学行为、捕食和定向方面发挥着重要作用,斑马鱼的毛细胞在结构上与人类内耳中的毛细胞相似。Xia等人(2019)发现,与对照组相比,斑马鱼中trrap基因的吗啉和靶向敲除导致耳朵的剂量依赖性变化,包括神经瘤数量减少,每个神经瘤的毛细胞减少,毛细胞中的立体纤毛减少。与对照组相比,变异斑马鱼的声惊吓反应降低,声诱导快速逃避反射受损,表明听力受损。Trrap也被发现在发育中的小鼠耳蜗中表达,这表明它可能在听力发展中起作用。