条目-*603015-转化/转录域相关蛋白;TRRAP公司-OMIM公司
 
*603015

转化/转录域相关蛋白;TRRAP公司


备选标题;符号

PAF400型


HGNC批准的基因符号:TRRAP公司

细胞遗传学位置:7季度22.1   基因组坐标(GRCh38):7:98878532-99013241 (来自NCBI)


基因-表型关系
位置 表型 表型
MIM编号
继承 表型
映射键
7季度22.1 ?耳聋,常染色体显性75 618778 AD公司
发育迟缓伴或不伴畸形相与孤独症 618454 AD公司

文本

描述

TRRAP作为具有组蛋白乙酰转移酶活性的多蛋白辅激活物复合体的一部分发挥作用,组蛋白乙酰化酶活性是其他转录因子(如MYC)转录活性的核心(190080)和E2F1(189971)(汇总人McMahon等人,1998年). TRRAP是一种大的多域蛋白激酶,在细胞中作为辅助因子帮助调节组蛋白乙酰化。TRRAP广泛表达于身体和大脑的许多组织中,还参与DNA损伤修复和染色质重塑(总结如下Mavros等人,2018年).


克隆和表达

McMahon等人(1998年)描述了通过亲和纯化分离一种高度保守的434-kD蛋白,命名为TRRAP,该蛋白与ATM/PI3-激酶家族具有同源性。预测的3828-氨基酸蛋白包含一个二分核定位信号、一个潜在的亮氨酸拉链和2个TPR区域。它也有8个LXXLL序列分布在整个蛋白质中,一个与几个转录共激活因子相关的基序。TRRAP在本地化方面几乎完全是核能。

Vassilev等人(1998年)克隆并表征了称为PAF400的400-kD PCAF-相关因子。他们发现PAF400与TRRAP几乎相同,并且与ATM超家族(包括FRAP)有显著的序列相似性(601231)和ATR(107410)和DNAPK的催化亚单位(600899). 值得注意的是,PAF400和FRAP在覆盖整个PAF400序列80%的广泛区域中共享序列相似性。从缺乏激酶基序和自身磷酸化活性来看,PAF不是一种蛋白激酶。

Xia等人(2019)发现Trrap基因在小鼠耳蜗中的表达,提示它可能在听力发展中起作用。


基因功能

McMahon等人(1998年)发现TRRAP与MYC相互作用(190080)N端子和E2F1(189971)事务激活域。TRRAP蛋白或反义RNA的转显性突变体的表达阻断了MYC和E1A介导的致癌转化。这些数据表明,TRRAP是MYC和E1A/E2F致癌转录因子途径的重要辅因子。

NuA4组蛋白乙酰转移酶(HAT)复合物负责组蛋白H4的N末端尾部的乙酰化(参见602822)和H2A(参见613499)在酵母中。其催化亚基Esa1与人TIP60同源(HTATIP;601409). 利用亲和纯化、Western blot分析、细胞分离、免疫沉淀和质谱,Doyon等人(2004)发现TIP60及其剪接变异体TIP60B/PLIP是多个人类细胞系中具有HAT活性的多亚单位NuA4复合体的一部分。他们鉴定了12个酵母NuA4亚基中11个的人类同源物,包括TRRAP。

利用RNA干扰小鼠胚胎干细胞,Fazzio等人(2008)发现Tip60-p400(EP400;606265)HAT和核小体重塑复合物,包括Trrap,引起相同的表型。与正常ES细胞不同,正常ES细胞生长在球形三维菌落中,缺乏7种Tip60-p400 HAT成分的ES细胞表现出扁平和细长的形态,单层生长,细胞间接触减少。这些敲除细胞继续循环,S期细胞减少,G2期细胞增加。Tip60-p400 HAT组分敲除对ES细胞的影响是独特的,因为敲除小鼠胚胎成纤维细胞后观察到的变化可以忽略不计。


映射

McMahon等人(1998年)注意到TRRAP基因对应于EST(GenBankT17018型)这已通过辐射混合映射分配给7q21.3-q22.1。


分子遗传学

发育迟缓伴或不伴畸形相和自闭症

一名11岁男孩的神经/精神表型与发育迟缓一致,无畸形相或自闭症(DEDDFA;618454),Mavros等人(2018)在TRRAP基因中鉴定了一个新的杂合错义突变(R1986Q;603015.0001). 通过全基因组测序发现并经Sanger测序证实的突变,在1000基因组项目、外显子测序项目或gnomAD数据库中未发现。未进行变体的功能研究和患者细胞的研究。Mavros等人(2018)注意到之前的几项大型研究已经在包括儿童分裂症和精神分裂症在内的各种神经发育或认知障碍患者中发现了新的杂合TRRAP变异体(Gupta等人,2017年Xu等人(2011,2012)).

在24例DEDDFA患者中,包括2例同胞,Cogne等人(2019年)在TRRAP基因中鉴定出17种不同的从头杂合错义突变(参见,例如。,603015.0002-603015.0005). 这些患者是通过国际合作或GeneMatcher计划汇编的。外显子组测序发现的所有突变都发生在保守残基上;gnomAD数据库中没有任何数据。13个突变发生在1031-1159残基之间(含);这些人患有复杂的多系统综合征,具有广泛的智力功能。该残基簇外突变个体的表型包括自闭症谱系障碍、智力残疾和癫痫。未对变异体进行功能研究,但对1031-1159残基簇(L805F,603015.0002和W1866C,603015.0005)与对照组相比,显示出不同的基因表达模式,涉及神经功能和离子转运的基因上调。由于所有识别出的突变都是错义的,Cogne等人(2019年)得出结论,它们要么具有增益作用,要么具有显性负效应。

常染色体显性聋75

成年发病常染色体显性聋75(DFNA75;618778),Xia等人(2019)在TRRAP基因(R171C;603015.0006). 通过全基因组测序发现并经Sanger测序证实的变异与该家族中的疾病分离。在gnomAD数据库中,500名种族匹配的对照组或东亚血统的个体中均未发现该变异。没有进行变体的功能研究和患者细胞的研究。对66例散发性耳聋患者的TRRAP基因进行直接测序后,在3名无关患者中发现了另外3种杂合变体:D394N、Pro509fs和E2750D。未对后一种变体进行功能研究。

体细胞突变

使用外显子组测序,Wei等人(2011)在167例黑色素瘤中的6例(4%)中发现了反复发生的体细胞ser722-to-phe(S722F)突变(参见155600)样品。S722F突变发生在一个高度保守的残基中,转染NIH 3T3细胞后,与野生型相比,其转化潜力增加。这些结果表明,TRRAP可能是一个癌基因。用siRNA敲低S722F突变蛋白导致黑色素瘤细胞凋亡增加,表明突变TRRAP对黑色素瘤生存至关重要。


基因型/表型相关性

Cogne等人(2019年)提示与TTRAP突变相关的表型可大致分为两大类。在他们对24名患者的研究中,那些影响残基1031-1159的突变患者患有更严重的疾病,通常涉及多系统,包括肾脏、心脏和泌尿生殖系统,以及大脑结构异常。在该区域外发生突变的患者往往具有较轻的表型,自闭症的发病率较高,通常没有全身性受累。


动物模型

Herceg等人(2001年)结果表明,小鼠体内Trrap的无效突变会因胚泡增殖受阻而导致植入前死亡。他们使用一种可诱导的Cre-loxP系统来证明,Trrap的缺失会阻碍细胞增殖,因为有丝分裂异常退出伴随着胞质分裂失败和内复制。尽管染色体错位和纺锤体破坏,但Trrap缺陷细胞未能维持有丝分裂阻滞,并显示cdk1活性受损。因此,Trrap对早期发育至关重要,是有丝分裂检查点和正常细胞周期进展所必需的。

斑马鱼的神经瘤由毛细胞和支持细胞组成,在听觉、上学行为、捕食和定向方面发挥着重要作用,斑马鱼的毛细胞在结构上与人类内耳中的毛细胞相似。Xia等人(2019)发现斑马鱼的吗啉和trrap基因的靶向敲除导致耳朵与对照组相比发生了剂量依赖性变化,包括神经肥大数量减少,每神经肥大的毛细胞数量减少,毛细胞中的静纤毛减少和变薄。与对照组相比,变异斑马鱼的声惊吓反应降低,声诱导快速逃避反射受损,表明听力受损。Trrap也被发现在发育中的小鼠耳蜗中表达,这表明它可能在听力发展中起作用。


ALLELIC变体( 6精选示例):

.0001发育延迟,无畸形相或自发性

ARG1986GLN TRRAP公司
   RCV000785652。。。

一名11岁男孩的神经/精神表型与发育迟缓一致,无畸形相或自闭症(DEDDFA;618454),Mavros等人(2018)在TRRAP基因中发现了一个新的杂合子c.5957G-a转换(c.5957G-a,NM_003496),在靠近中心腔的保守残基处导致了arg1986-to-gln(R1986Q)替换,这是一个预测的DNA结合域。通过全基因组测序发现并经Sanger测序证实的突变,在1000基因组项目、外显子测序项目或gnomAD数据库中未发现。未进行变体的功能研究和患者细胞的研究。该患者患有非语言学习障碍、强迫症和严重抑郁症,具有对药物治疗有反应的精神病特征。


.0002发育迟缓伴畸形相,无自闭症

TRRAP,亮805phe
   RCV000785653号

一名8岁女孩(患者1)患有发育迟缓和畸形相,无孤独症(DEDDFA;618454),Cogne等人(2019年)在TRRAP基因中鉴定出一个从头杂合的c.2413C-T转换(c.2413C-T,NM_001244580.1),在保守残基处导致leu805-to-phe(L805F)替换。通过外显子组测序发现的突变在gnomAD数据库中未发现。与对照组相比,患者成纤维细胞的分析显示出不同的基因表达模式,涉及神经功能和离子转运的基因上调。


.0003发育迟缓,发育不良相,无自主性

ALA1043THR型TRRAP
   RCV000785654型

在5名无孤独症的发育迟缓和畸形相的无关患者(患者7-11)中(DEDDFA;618454),Cogne等人(2019年)在TRRAP基因中发现了一个新的杂合子c.3127G-a转换(c.3127G-a,NM_001244580.1),导致在保守残基处发生ala1043-到thr(A1043T)的替换。通过外显子组测序发现的突变在gnomAD数据库中未发现。未进行变体的功能研究和患者细胞的研究。


.0004发育迟缓与畸形相和自发性

TRRAP、TRP1866ARG、LU1159ARG
   电话:000785655

一名14岁男孩(患者18)患有发育迟缓、畸形相和自闭症(DEDDFA;618454),Cogne等人(2019年)在TRRAP基因中鉴定出一个新的杂合c.5596T-a颠倒(c.5596T-a,NM_001244580.1),导致保守残基处出现trp1866-to-arg(W1866R)替换。通过外显子组测序发现的突变在gnomAD数据库中未发现。未进行变体的功能研究和患者细胞的研究。


0.0005发育迟缓与畸形相和自发性

TRRAP、TRP1866CYS
   RCV000785656号

一名8岁女孩(患者19)患有发育迟缓、畸形相和自闭症(DEDDFA;618454),Cogne等人(2019年)在TRRAP基因中鉴定出一个新的杂合子c.5598G-T颠倒(c.5598G-T,NM_001244580.1),导致保守残基处出现trp1866到cys(W1866C)的替换。通过外显子组测序发现的突变在gnomAD数据库中未发现。与对照组相比,患者成纤维细胞的分析显示出不同的基因表达模式,涉及神经功能和离子转运的基因上调。


.0006失聪,自动手术占主导地位75(1个家族)

成年发病常染色体显性聋75(DFNA75;618778),Xia等人(2019)在TRRAP基因中鉴定出杂合子c.511C-T转换(c.511C-T,NM_001244580),在高度保守的残基处导致arg171-to-cys(R171C)替换。通过全基因组测序发现并经Sanger测序证实的变异与该家族中的疾病分离。在gnomAD数据库中,在500个种族匹配的对照组或东亚裔个体中没有发现该变体。未进行变体的功能研究和患者细胞的研究。

Hamosh(2020年)注意到,在来自gnomAD其他人群的250870个等位基因中,有8个存在杂合状态的R171C变体,包括3名拉丁裔、4名非芬兰人欧洲人和1名南亚人(频率为3.2 x 10(-5))(2020年2月15日)。


参考文献

  1. Cogne,B.、Ehresmann,S.、Beauregard-Lacroix,E.、Rousseau,J.、Besnard,T.、Garcia,T.,Petrovski,S.和Avni,S.,McWalter,K.、Blackburn,P.R.、Sanders,S.J.、Uguen,K.等105人。组蛋白乙酰转移酶复合物组分基因TRRAP中的错义变体会导致自闭症和综合征性智力残疾。Am.J.Hum.遗传学。104: 530-541, 2019.[公共医学:30827496,图像,相关引文][全文]

  2. Doyon,Y.、Selleck,W.、Lane,W.S.、Tan,S.、Cote,J。从酵母到人类的NuA4组蛋白乙酰转移酶复合物的结构和功能保护。摩尔。单元格。生物学24:1884-18962004。[公共医学:14966270,图像,相关引文][全文]

  3. Fazzio,T.G.、Huff,J.T.、Panning,B。染色质蛋白的RNAi筛选确定Tip60-p400是胚胎干细胞特性的调节器。手机134:162-1742008。[公共医学:18614019,图像,相关引文][全文]

  4. Gupta,A.R.,Westphal,A.,Yang,D.Y.J.,Sullivan,C.A.W.,Eilbott,J.,Zaidi,S.,Voos,A.,Vander Wyk,B.C.,Ventola,P.,Waqar,Z.,Fernandez,T.V,Ercan-Sencicek,A.G,以及其他11人。儿童分裂症的神经遗传学分析。摩尔。2017年8月19日,自闭症。注:电子文章。[公共医学:28392909,图像,相关引文][全文]

  5. A.哈马什。个人沟通。马里兰州巴尔的摩,2020年2月15日。

  6. Herceg,Z.,Hulla,W.,Gell,D.,Cuenin,C.,Lleonart,M.,Jackson,S.,Wang,Z.-Q。Trrap的破坏导致早期胚胎死亡和细胞周期进展缺陷。自然遗传学。29: 206-211, 2001.[公共医学:11544477,相关引文][全文]

  7. Mavros,C.F.、Brownstein,C.A.、Thyagrajan,R.、Genetti,C.A.,Tembulkar,S.、Graber,K.、Murphy,Q.、Cabral,K.,VanNoy,G.E.、Bainbridge,M.、Shi,J.、Agrawal,P.B.、Beggs,A.H.、D'Angelo,E.、Gonzalez-Heydrich,J。非语言学习障碍和强迫症背景下极早发精神病患者TRRAP的从头变异:一例病例报告。BMC医学遗传学。19: 197, 2018. 注:电子文章。[公共医学:30424743,相关引文][全文]

  8. McMahon,S.B.、Van Buskirk,H.A.、Dugan,K.A.、Copeland,T.D.、Cole,M.D。新的ATM相关蛋白TRRAP是c-myc和E2F癌蛋白的重要辅因子。手机94:363-3741998年。[公共医学:9708738,相关引文][全文]

  9. Vassilev,A.、Yamauchi,J.、Kotani,T.、Prives,C.、Avantaggiati,M.L.、Qin,J.和Nakatani,Y。PCAF组蛋白乙酰化酶复合物的400kDa亚基属于ATM超家族。摩尔。手机2:869-8751998。[公共医学:9885574,相关引文][全文]

  10. Wei,X.,Walia,V.,Lin,J.C.,Teer,J.K.,Prickett,T.D.,Gartner,J..,Davis,S.,NISC比较测序程序,Stemke-Hale,K.,Davies,M.A.,Gershenwald,J.E.,Robinson,W.,Robinsons,S.、Rosenberg,S.A.,Samuels,Y。外显子序列确定GRIN2A在黑色素瘤中经常发生突变。自然遗传学。43: 442-446, 2011.[公共医学:21499247,图像,相关引文][全文]

  11. 夏,W.,胡,J.,马,J。新的TRRAP突变导致常染色体显性非综合征性聋。临床。遗传学。96: 300-308, 2019.[公共医学:31231791,相关引文][全文]

  12. Xu,B.、Ionita-Laza,I.、Roos,J.L.、Boone,B.、Woodrick,S.、Sun,Y.、Levy,S.,Gogos,J.A.、Karayiorgou,M。从头开始的基因突变突显了精神分裂症的遗传和神经复杂性模式。自然遗传学。44: 1365-1369, 2012.[公共医学:23042115,相关引文][全文]

  13. Xu,B.、Roos,J.L.、Dexheimer,P.、Boone,B.、Plummer,B.、Levy,S.、Gogos,J.A.、Karayiorgou,M。外显子测序支持精神分裂症的从头突变范式。自然遗传学。43: 864-868, 2011.[公共医学:21822266,相关引文][全文]


Cassandra L.Kniffin-更新日期:2020年2月15日
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卡罗尔:1998年9月2日

*603015

转化/转录域相关蛋白;TRRAP公司


备选标题;符号

PAF400型


HGNC批准的基因符号:TRRAP

细胞遗传学位置:7q22.1   基因组坐标(GRCh38):7:98878532-99013241 (来自NCBI)


基因-表型关系

位置 表型 表型
MIM编号
继承 表型
映射键
7季度22.1 ?耳聋,常染色体显性75 618778 常染色体显性
发育迟缓伴或不伴畸形相与孤独症 618454 常染色体显性

文本

描述

TRRAP作为具有组蛋白乙酰转移酶活性的多蛋白辅激活物复合体的一部分发挥作用,组蛋白乙酰化转移酶活性对其他转录因子如MYC(190080)和E2F1(189971)的转录活性至关重要(由McMahon等人总结,1998年)。TRRAP是一种大的多域蛋白激酶,在细胞中作为辅助因子帮助调节组蛋白乙酰化。TRRAP广泛表达于身体和大脑的许多组织中,还参与DNA损伤修复和染色质重塑(由Mavros等人总结,2018年)。


克隆和表达

McMahon等人(1998年)描述了通过亲和纯化分离高度保守的434-kD蛋白,命名为TRRAP,该蛋白与ATM/PI3-激酶家族具有同源性。预测的3828-氨基酸蛋白包含一个二分核定位信号、一个潜在的亮氨酸拉链和2个TPR区域。它也有8个LXXLL序列散布在整个蛋白质中,这是一个与几个转录辅激活子相关的基序。TRRAP在本地化方面几乎完全是核项目。

Vassilev等人(1998年)克隆并表征了称为PAF400的400-kD PCAF-相关因子。他们发现PAF400与TRRAP几乎相同,并且与ATM超家族(包括FRAP(601231)和ATR(107410))以及DNAPK的催化亚基(600899)具有显著的序列相似性。值得注意的是,PAF400和FRAP在覆盖整个PAF400序列80%的广泛区域中共享序列相似性。从缺乏激酶基序和自身磷酸化活性来看,PAF不是一种蛋白激酶。

Xia等人(2019年)在小鼠耳蜗中发现Trrap基因的表达,这表明它可能在听力发展中发挥作用。


基因功能

McMahon等人(1998年)发现,TRRAP与MYC(190080)N末端和E2F1(189971)转录激活域相互作用。TRRAP蛋白或反义RNA的转显性突变体的表达阻断了MYC和E1A介导的致癌转化。这些数据表明,TRRAP是MYC和E1A/E2F致癌转录因子途径的重要辅因子。

NuA4组蛋白乙酰转移酶(HAT)复合物负责组蛋白H4(参见602822)和H2A(参见613499)在酵母中的N末端尾部的乙酰化。其催化亚单位Esa1与人类TIP60(HTATIP;601409)同源。Doyon等人(2004年)通过亲和纯化、Western blot分析、细胞分离、免疫沉淀和质谱分析,发现TIP60及其剪接变异体TIP60B/PLIP是多亚单位NuA4复合体的一部分,在几个人类细胞系中具有HAT活性。他们鉴定了12个酵母NuA4亚基中11个的人类同源物,包括TRRAP。

利用对小鼠胚胎干细胞(ES)的RNA干扰,Fazzio等人(2008)发现,Tip60-p400(EP400;606265)HAT和核小体重塑复合物(包括Trrap)的7种成分中的任何一种的缺失都会导致相同的表型。与正常ES细胞不同,正常ES细胞生长在球形三维菌落中,缺乏7种Tip60-p400 HAT成分的ES细胞表现出扁平和细长的形态,单层生长,细胞间接触减少。这些敲除细胞继续循环,S期细胞减少,G2期细胞增加。Tip60-p400 HAT组分敲除对ES细胞的影响是独特的,因为敲除小鼠胚胎成纤维细胞后观察到的变化可以忽略不计。


映射

McMahon等人(1998年)指出,TRRAP基因对应于一个EST(GenBank T17018),该EST通过辐射杂交作图被指定为7q21.3-q22.1。


分子遗传学

发育迟缓伴或不伴畸形相和自闭症

Mavros等人(2018)在一名11岁男孩身上发现TRRAP基因(R1986Q;603015.0001)中的一个新发杂合错义突变,该男孩的神经/精神表型与发育迟缓一致,无畸形相或自闭症(DEDDFA;618454)。该突变是通过全外显子组测序发现的,并通过桑格测序证实,但在1000基因组项目、外显子组测序项目或gnomAD数据库中没有发现。未进行变体的功能研究和患者细胞的研究。Mavros等人(2018年)注意到,之前的几项大型研究已经在患有广泛神经发育或认知障碍的患者中发现了新发杂合TRRAP变体,包括儿童分裂症和精神分裂症(Gupta等人,2017年和Xu等人(2011年、2012年))。

在24名患有DEDDFA的患者中,包括2名同胞,Cogne等人(2019年)在TRRAP基因中发现了17种不同的从头杂合错义突变(参见例如603015.0002-603015.0005)。这些患者是通过国际合作或GeneMatcher计划汇编的。外显子组测序发现的所有突变都发生在保守残基上;gnomAD数据库中没有任何数据。13个突变发生在1031-1159残基之间(含);这些人患有复杂的多系统综合征,具有广泛的智力功能。该残基簇外突变个体的表型包括自闭症谱系障碍、智力残疾和癫痫。未对变异体进行功能研究,但对2名1031-1159残基簇外突变患者(L805F,603015.0002和W1866C,603016.0005)的成纤维细胞进行分析,发现与对照组相比,基因表达模式存在差异,神经功能和离子转运相关基因上调。由于所有识别出的突变都是错义的,Cogne等人(2019年)得出结论认为,它们要么具有功能增益效应,要么具有显性负效应。

常染色体显性聋75

在一个患有成年常染色体显性聋75(DFNA75;618778)的3代中国家庭(SH-05)的4名受累成员中,Xia等人(2019)在TRRAP基因(R171C;603015.0006)中发现了一个杂合错义变异体。通过全基因组测序发现并经Sanger测序证实的变异与该家族中的疾病分离。在gnomAD数据库中,500名种族匹配的对照组或东亚血统的个体中均未发现该变异。未进行变体的功能研究和患者细胞的研究。对66例散发性耳聋患者的TRRAP基因进行直接测序后,在3名无关患者中发现了另外3种杂合变体:D394N、Pro509fs和E2750D。未对后一种变体进行功能研究。

体细胞突变

通过外显子组测序,Wei等人(2011年)在167个黑色素瘤(见155600)样本中的6个(4%)样本中发现了反复发生的体细胞ser722-to-phe(S722F)突变。S722F突变发生在一个高度保守的残基中,转染NIH 3T3细胞后,与野生型相比,其转化潜力增加。这些结果表明,TRRAP可能是一个癌基因。用siRNA敲低S722F突变蛋白导致黑色素瘤细胞凋亡增加,表明突变TRRAP对黑色素瘤生存至关重要。


基因型/表型相关性

Cogne等人(2019年)认为,与TTRAP突变相关的表型可大致分为两大类。在他们对24名患者的研究中,那些影响残基1031-1159的突变患者患有更严重的疾病,通常涉及多系统,包括肾脏、心脏和泌尿生殖系统,以及大脑结构异常。在该区域外发生突变的患者往往具有较轻的表型,自闭症的发病率较高,通常没有全身性受累。


动物模型

Herceg等人(2001年)表明,由于胚泡增殖受阻,小鼠体内Trrap的无效突变会导致植入前死亡。他们使用一种可诱导的Cre-loxP系统来证明,Trrap的缺失会阻碍细胞增殖,因为有丝分裂异常退出伴随着胞质分裂失败和内复制。尽管染色体错位和纺锤体破坏,但Trrap缺陷细胞未能维持有丝分裂阻滞,并显示cdk1活性受损。因此,Trrap对早期发育至关重要,是有丝分裂检查点和正常细胞周期进展所必需的。

斑马鱼的神经瘤由毛细胞和支持细胞组成,在听觉、上学行为、捕食和定向方面发挥着重要作用,斑马鱼的毛细胞在结构上与人类内耳中的毛细胞相似。Xia等人(2019)发现,与对照组相比,斑马鱼中trrap基因的吗啉和靶向敲除导致耳朵的剂量依赖性变化,包括神经瘤数量减少,每个神经瘤的毛细胞减少,毛细胞中的立体纤毛减少。与对照组相比,变异斑马鱼的声惊吓反应降低,声诱导快速逃避反射受损,表明听力受损。Trrap也被发现在发育中的小鼠耳蜗中表达,这表明它可能在听力发展中起作用。


ALLELIC变体 6个精选示例):

.0001发育延迟,无畸形相或自发性

ARG1986GLN TRRAP公司
SNP:rs1562959030,临床变量:RCV000785652,RCV002535730

Mavros等人(2018)在一名11岁男孩身上发现TRRAP基因中的新生杂合子c.5957G-a转变(c.5957G-a,NM_003496),导致arg1986-to-gln(R1986Q),该男孩的神经/精神表型与发育迟缓一致,无畸形相或自闭症(DEDDFA;618454)在靠近中心空腔的保守残基处进行取代,这是一个预测的DNA结合域。通过全基因组测序发现并经Sanger测序证实的突变,在1000基因组项目、外显子测序项目或gnomAD数据库中未发现。未进行变体的功能研究和患者细胞的研究。该患者患有非语言学习障碍、强迫症和严重抑郁症,具有对药物治疗有反应的精神病特征。


0.0002发育延迟,发育不良相,无自主性

TRRAP、LEU805PHE
SNP:rs1562940289,临床变量:RCV000785653

在一名8岁女孩(患者1)中,患有发育迟缓和畸形相,但无孤独症(DEDDFA;618454),Cogne等人(2019)在TRRAP基因中发现了一个从头杂合的c.2413C-T转换(c.2413C-T,NM_001244580.1),导致保守残基的leu805-to-phe(L805F)替换。通过外显子组测序发现的突变在gnomAD数据库中未发现。与对照组相比,患者成纤维细胞的分析显示出不同的基因表达模式,涉及神经功能和离子转运的基因上调。


.0003发育迟缓,发育不良相,无自主性

ALA1043THR型TRRAP
SNP:rs1562945106,临床变量:RCV000785654

在5名无自闭症的发育迟缓和畸形相的非亲属患者(患者7-11)中(DEDDFA;618454),Cogne等人(2019)在TRRAP基因中发现了一个新的杂合c.3127G-a过渡(c.3127G-a,NM_001244580.1),导致保守残基的ala1043到thr(A1043T)替换。通过外显子组测序发现的突变在gnomAD数据库中未发现。未进行变体的功能研究和患者细胞的研究。


.0004发育迟缓与畸形相和自发性

TRRAP、TRP1866ARG、LU1159ARG
单核苷酸多态性:rs1562957569,临床变量:RCV000785655

在一名发育迟缓的14岁男孩(患者18)中,患有畸形相和自闭症(DEDDFA;618454),Cogne等人(2019)在TRRAP基因中发现了一个新的杂合c.5596T-a颠倒(c.5596T-a,NM_001244580.1),导致保守残基处出现trp1866-to-arg(W1866R)替代。通过外显子组测序发现的突变在gnomAD数据库中未发现。未进行变体的功能研究和患者细胞的研究。


0.0005发育迟缓与畸形相和自发性

TRRAP、TRP1866CYS
单核苷酸多态性:rs1562957576,临床变量:RCV000785656

在一名8岁女孩(患者19)中,患有发育迟缓伴畸形相和自闭症(DEDDFA;618454),Cogne等人(2019)在TRRAP基因中发现了一个新的杂合c.5598G-T颠倒(c.5598G-T,NM_001244580.1),导致保守残基处出现trp1866-to-cys(W1866C)替代。该突变是通过外显子组测序发现的,但在gnomAD数据库中没有发现。与对照组相比,对患者成纤维细胞的分析显示出不同的基因表达模式,涉及神经功能和离子转运的基因上调。


.0006失聪,自动手术占主导地位75(1个家族)

TRRAP,ARG171CYS公司
SNP:rs200157211,gnomAD:rs200157211,临床变量:RCV001003467、RCV002249616、RCV00549212

在一个患有成年型常染色体显性聋75(DFNA75;618778)的3代中国家系(SH-05)的4名受累成员中,Xia等人(2019)在TRRAP基因中发现了杂合c.511C-T转换(c.511C-T,NM_00124580),导致在高度保守的残基处发生arg171-to-cys(R171C)替换。该变体是通过全外显子组测序发现的,并通过Sanger测序证实,与该家族中的疾病分离。在gnomAD数据库中,500名种族匹配的对照组或东亚血统的个体中均未发现该变异。未进行变体的功能研究和患者细胞的研究。

Hamosh(2020)指出,在来自gnomAD其他人群的250870个等位基因中,有8个存在杂合状态的R171C变体,包括3名拉丁裔、4名非芬兰欧洲人和1名南亚人(频率为3.2 x 10(-5))(2020年2月15日)。


参考文献

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