条目-*601421-LYSYL-tRNA合成酶1;KARS1公司-OMIM公司
 
*601421

赖氨酸tRNA合成酶1;KARS1公司


备选标题;符号

KARS公司
韩国标准


HGNC批准的基因符号:KARS1公司

细胞遗传学位置:16季度23.1   基因组坐标(GRCh38):16:75,627,724-75,647,665 (来自NCBI)


基因-表型关系
位置 表型 表型
MIM编号
继承 表型
映射键
第16季度23.1 ?夏科特乳牙病,隐性中间型,B 613641 应收账
耳聋,常染色体隐性遗传89 613916 应收账
耳聋、先天性和成年发病的进行性白质脑病 619196 应收账
进行性、婴儿发病、伴有或不伴有耳聋的白脑病 619147 应收账


文本

描述

KARS基因编码赖氨酰-tRNA合成酶,该酶催化细胞质和线粒体中tRNA-lys的氨酰化。蛋白质合成是由氨基酸通过氨酰-tRNA合成酶(ARS)与同源tRNAs连接而启动的。包括KARS在内的20种人类ARS中,至少有6种已被确定为自身免疫性疾病多发性肌炎/皮肌炎的自身抗体靶点(Targoff等人(1993年)).


克隆和表达

Tolkunova等人(2000年)鉴定了2个KARS全长序列,并确定它们代表细胞质和线粒体亚型。625氨基酸线粒体酶和597氨基酸细胞质酶与最后576个氨基酸相同,但线粒体酶具有不同的49氨基酸N末端,其中包含线粒体靶向序列。将这两种荧光标记的亚型转染到骨肉瘤细胞系中表明,细胞质亚型产生弥漫的细胞范围的荧光,而线粒体亚型产生与线粒体标记物共定位的点状模式。核糖核酸酶保护分析表明,编码细胞质亚型的mRNA约占成熟KARS转录物的70%,线粒体亚型约占30%。

使用大规模并行测序和RT-PCR实验,Santos-Cortez等人(2013年)证明KARS在斑马鱼、鸡和小鼠的毛细胞以及斑马鱼和小鼠的黄斑中表达。使用小鼠前庭组织的免疫标记实验显示,KARS在毛细胞和支持细胞中广泛分布,Corti器官切片显示KARS定位于内外毛细胞、Dieter细胞和基底膜。此外,顶盖膜对KARS抗体具有较强的亲和力,螺旋韧带内的KARS标记最强,尤其是在含有II型和IV型纤维细胞的区域。KARS也强烈定位于外、内沟细胞和螺旋边缘上皮。

Lo等人(2014)报告发现了每个人氨酰tRNA合成酶的大量天然催化零。拼接事件保留非催化域,同时烧蚀催化域以创建具有不同功能的催化空区。每个合成酶都被转化为几个新的信号蛋白,其生物活性与催化母体的生物活性“正交”。重组氨酰tRNA合成酶变体在一系列基于细胞的检测中具有特定的生物活性:所有物种中约有46%影响转录调节,22%影响细胞分化,10%影响免疫调节,10%影响细胞保护,4%影响增殖、脂肪生成/胆固醇转运和炎症反应。Lo等人(2014)确定了细胞质氨酰tRNA合成酶的框内剪接变体。他们鉴定了细胞质LysRS的3个催化缺失剪接变体。

KARS1基因编码KARS1的细胞溶质和线粒体亚型,这些亚型是通过选择性剪接产生的。细胞质亚型跳过外显子2,将外显子1剪接到外显子3,而线粒体亚型包括外显子2。两种亚型之间的ATG起始密码子不同。线粒体亚型比细胞溶质亚型多28个残基。细胞质亚型约占KARS1基因成熟转录物的70%,线粒体亚型约为30%(总结如下Scheidecker等人,2019年).


基因结构

Tolkunova等人(2000年)确定KARS基因包含15个外显子,跨度约为20kb。细胞质和线粒体KARS亚型来自前3个外显子的选择性剪接。Tolkunova等人(2000年)发现KARS和RAP1的起始密码子(605061)相隔243bp。该区域缺乏传统的TATA序列,但包含几个SP1(189906)-双向绑定域。


映射

Nichols等人(1996年)使用人类/啮齿动物体细胞杂种的Southern杂交将KARS基因定位到16号染色体。通过荧光原位杂交分析,他们将该基因归属于16q23-q24。通过辐射混合面板分析,Maas等人(2001年)定位的KARS和tRNA特异性腺苷脱氨酶基因(ADAT1;604230)16q22.2-q22.3,丙氨酸-tRNA合成酶(AARS;601065)将着丝粒定位在这两个基因上。


基因功能

Tolkunova等人(2000年)发现在大肠杆菌中表达后纯化的全长线粒体和细胞质KARS,在体外将对应于细胞质和线粒体tRNA-lys的转录物氨酰化。

Park等人(2005)指出,ARS除了在蛋白质合成中发挥重要作用外,还充当调节器和信号分子。KARS可以合成二腺苷多磷酸盐,这种活性通过MITF在转录控制中发挥作用(156845).Park等人(2005)发现KARS是由多个人类细胞系分泌的,以应对TNF-α(TNF;191160). 分泌的KARS结合巨噬细胞和外周血单个核细胞,增强TNF-α的生成和细胞迁移。KARS触发的信号通路涉及ERK(参见MAPK3;601795),p38 MAPK(MAPK14;600289)和抑制性G蛋白(参见GNAI1,139310).


分子遗传学

夏科特乳牙病,隐性中间型B

McLaughlin等人(2010)注意到编码氨酰-tRNA合成酶(GARS)的3个基因的突变(600287),YARS公司(603623)和AARS(601065)与主要与轴突病理(CMT2D,601472; CMTDIC、,608323; 和CMT2N,613287)。他们对355名表型符合CMT的患者进行了37个人类ARS基因的大规模突变筛查。一名患者被发现是KARS基因中2个突变的复合杂合子(601421.0001601421.0002). 该表型与CMT的隐性中间型(CMTRIB;613641)但患者还有其他特征,包括发育迟缓、畸形特征和前庭神经鞘瘤。因为患者是被收养的,所以无法进行父母研究。因此,KARS是与CMT疾病相关的第四个ARS基因,表明该酶家族对轴突功能特别关键。

常染色体隐性耳聋89

在来自3个巴基斯坦非综合征性耳聋近亲家庭的受累个体中,染色体16q21-q23.2定位(DFNB89;613916),Santos-Cortez等人(2013年)确定KARS基因Y173H中2个错义突变的纯合子(601421.0003)和D377N(601421.0004)在各自的家族中与疾病隔离,在种族匹配的对照组或变异数据库中未发现。对DFNB89家系中2个家系的3名受累成员进行的CMT疾病和听神经瘤评估的附加测试表明,没有证据表明存在听觉或肢体神经病变。

伴有或不伴有耳聋的婴儿进展性白脑病

在2名同胞中,他们的父母没有血缘关系,患有婴儿型进行性白质脑病,但没有耳聋(LEPID;619147),McMillan等人(2015)在KARS1基因(R438W,601421.0005和E525K,601421.0006). 这些突变是通过外显子组测序发现并经Sanger测序证实的,与该家族中的疾病分离。未进行变体的功能研究和患者细胞的研究,但这两种突变都发生在催化结构域的高度保守区域。

在一名线粒体复合物I和IV缺乏的男性婴儿(患者459)中,Kohda等人(2016)已确定KARS1基因中的复合杂合错义突变:c.1343T-a颠倒(NM_005548),导致val448-asp(V448D)替换,c.953T-c转换,导致ile318-thr(I318T)替换。这些突变是通过对142名儿童期线粒体呼吸链复合体缺陷症的无关患者进行高通量外显子组测序发现的,与该家族的疾病分离。cDNA互补分析显示,线粒体KARS(而非细胞溶质形式)成功地挽救了酶缺陷和复合物I和IV的组装。患者的临床细节有限,但他患有发育迟缓、癫痫、眼球震颤、乳酸中毒和肥厚性心肌病,让人联想到LEPID。

在3名无关的LEPID患者中,Ardisone等人(2018年)在KARS1基因中识别出纯合子或复合杂合子错义突变(参见,例如。,601421.0007). 这些突变是通过对一组样本进行全基因组测序或下一代测序发现的,桑格测序证实了这些突变,并证明在至少1个家族中与该疾病分离。未进行变体的功能研究和患者细胞的研究。

在一个法国女孩身上,Ruzzenente等人(2018)在KARS1基因(P228L,601421.0009和c.1438delC,601421.0010). 这些突变是通过外显子组测序发现并经Sanger测序证实的,与该家族中的疾病分离。患者成纤维细胞的详细体外功能表达研究表明,细胞质翻译完整,但线粒体翻译特异性降低。多个OXPHOS复合物存在组装缺陷,可以通过线粒体KARS1的表达而不是细胞质KARS1来修复。Ruzzenente等人(2018)结论是线粒体翻译抑制是疾病机制的基础。

在来自5个不相关的日本LEPID家庭的7名儿童中,Itoh等人(2019年)在KARS1基因中鉴定的纯合或复合杂合突变(参见例如。,601421.0012601421.0013). 通过外显子组测序发现突变并通过Sanger测序证实;在有父母DNA的2个家系中,分离符合常染色体隐性遗传。与对照组相比,患者组织(包括肝脏和大脑)中KARS1的表达水平降低,线粒体和细胞溶质亚型的酶活性降低。缺失Kars基因的非洲爪蟾胚胎表现出头部和眼睛的发育缺陷,可以用野生型Kars进行修复,但不能用患者体内发现的突变型Kars变体进行修复。

先天性耳聋与成人进行性白脑病

2名中国汉族父母无亲缘关系的成年同胞患有先天性耳聋和成人发病的进行性白质脑病(DEAPLE;619196),Zhou等人(2017)在KARS1基因中鉴定出复合杂合错义突变(R477H,601421.0007和P505S,601421.0008). 这些突变分别对应于线粒体亚型中的R505H和P533S(参见Scheidecker等人,2019年). 这些突变是通过候选基因的下一代测序发现的,并经Sanger测序证实,与该家族中的疾病分离。这两种突变都影响催化结构域中高度保守的残基。体外功能表达研究表明,R477H突变损害了KARS掺入多合成酶复合物(MSC)。此外,这两种突变均导致异常蛋白聚集,导致KARS氨酰化活性降低(联合突变的野生型为5.7%)。

一名36岁的DEAPLE患者(患者5),van der Knaap等人(2019年)在KARS基因(R108H和V476F)中发现复合杂合错义突变。通过全基因组测序发现的突变与家族中的疾病分离。与对照组相比,患者来源的成纤维细胞的胞浆KARS氨酰化活性降低了约50%。

在一个法国女人身上,Scheidecker等人(2019年)在KARS1基因(P228L,601421.0009和F291V,601421.0011). 这些突变是通过全基因组测序发现并经Sanger测序证实的,与该家族中的疾病分离。P228L和F291V突变对应于细胞质亚型中的P200L和F263V。对患者细胞的分析显示,线粒体KARS水平高于细胞质KARS,后者的稳定性降低。酵母2杂交试验中的体外免疫沉淀研究表明,胞质P200L和F263V突变体与p38(AIMP2;600859). 作者认为,这些突变可能通过破坏细胞质KARS与MSC复合体的关联而致病,从而对细胞质蛋白合成产生不利影响。与野生型KARS相比,这些变体还降低了氨酰化活性。患者骨骼肌线粒体复合物I和IV的活性降低,线粒体中KARS过度表达,表明线粒体功能障碍。Scheidecker等人(2019年)假设线粒体功能障碍继发于细胞质KARS蛋白合成缺陷。


动物模型

在一项由国际小鼠表型联合会(IMPC)创建的1751个敲除等位基因的研究中,Dickinson等人(2016)发现人类KARS小鼠同源物的敲除是纯合子致死(定义为在断奶前筛选至少28只幼崽后没有纯合子小鼠)。


ALLELIC变体( 13精选示例):

.0001 CHARCOT-MARIE-TOOTH病,隐匿性中间型B(1名患者)

一名患有中间型常染色体隐性遗传性夏科特-马利牙病(CMTRIB;613641),McLaughlin等人(2010)鉴定了KARS基因2个突变的复合杂合性:398T-a颠倒导致高度保守残基中的leu133-to-his(L133H)替换,以及2 bp插入(524insTT;601421.0002)预测会导致移码、提前终止和空等位基因,酵母互补研究证实了这一点。L133H取代发生在二聚体界面附近的N端反密码子结合域中。体外功能表达试验表明,L133H突变体严重损害了酶活性,与野生型相比,催化活性损失94%。除了周围神经病变外,患者还存在发育迟缓、自我激励行为、畸形特征和前庭神经鞘瘤McLaughlin等人(2010)推测是由于细胞质和线粒体中KARS功能的严重丧失。


.0002 CHARCOT-MARIE-TOOTH疾病,隐性中间型B(1名患者)

KARS1,2-BP INS,524TT
   RCV000008648号

关于KARS基因(524insTT)中2 bp插入的讨论,该基因在一名患有中间型常染色体隐性遗传性夏科特-马利牙病(CMTRIB;613641)由McLaughlin等人(2010),请参阅601421.0001.


0.0003耳聋,常染色体隐性遗传89

来自2个巴基斯坦非综合征性耳聋近亲家庭的受影响个体(DFNB89;613916)其中1个(家族4406)曾由Basit等人(2011年),Santos-Cortez等人(2013年)鉴定了KARS基因第5外显子中c.517T-c转换的纯合子,导致在β-2链中高度保守的残基处发生tyr173到his(Y173H)的替换。该突变在这两个家族中与疾病分离,在325个种族匹配的对照组或变异数据库中均未发现。


.0004耳聋,自动耳塞89

来自巴基斯坦非综合征性耳聋近亲家庭的患者(DFNB89;613916),之前研究者Basit等人(2011年)(家族4338),Santos-Cortez等人(2013年)鉴定了KARS基因第9外显子中c.1129G-a转变的纯合子,导致α-螺旋体9内一个完全保守的残基处发生asp377-to-asn(D377N)取代,预计会影响四聚体界面的构型。该突变与家族疾病分离,在325名种族匹配的对照组或变异数据库中未发现。


.0005白血病脑病,进展性,新生儿,无聋

在2名同胞中,他们的父母没有血缘关系,患有婴儿型进行性白质脑病,但没有耳聋(LEPID;619147),McMillan等人(2015)已确定KARS1基因中的复合杂合错义突变:c.1312C-T转换(c.1312C-T,NM_005548.2),导致arg438-to-trp(R438W)替换,c.1573G-a转换,导致glu525-to-lys(E525K;601421.0006)替代。这两种突变都发生在催化结构域的高度保守区域。这些突变是通过外显子组测序发现并经Sanger测序证实的,与该家族中的疾病分离。未进行变体的功能研究和患者细胞的研究。这些患者在婴儿期出现视觉障碍、进行性小头畸形和语言习得不良的全面发育迟缓。他们还出现了可以通过药物控制的癫痫发作。两人都没有聋。脑显像显示皮质下白质异常,髓鞘形成延迟,胼胝体薄。


.0006白质脑病,进行性,婴儿期发作,无耳聋

KARS1,GLU525LYS公司
   RCV001293657型

为了讨论KARS1基因中的c.1573G-A转换(c.1573G/A,NM_005548.2),导致glu525-to-lys(E525K)替代,该替代在2名患有婴儿型进行性白质脑病但无耳聋的同胞中以复合杂合状态发现;619147)由McMillan等人(2015),请参阅601421.0005.


.0007失聪、先天性和成人非传染性进展性白血病脑病

白血病脑病,进展性,婴儿痴呆,包括

先天性耳聋与成人进行性白脑病

2名中国汉族父母无亲缘关系的成年同胞患有先天性耳聋和成人发病的进行性白质脑病(DEAPLE;619196),Zhou等人(2017)在KARS1基因中确定的复合杂合错义突变:一个c.1430G-a转换(c.1430G-a,NM_005548.2),导致arg477-对his(R477H)替换,一个c.1513C-T转换,导致pro505-ser(P505S;601421.0008)替代。这些突变分别对应于线粒体亚型中的R505H和P533S(参见Scheidecker等人,2019年). 这些突变是通过候选基因的下一代测序发现的,并经Sanger测序证实,与该家族中的疾病分离。在1000名中国汉族对照中,没有出现这种变异。ExAC数据库中R477H的出现频率较低(8 x 10(-6)),而ExAC中没有P505S。这两种突变都影响催化结构域中高度保守的残基。体外功能表达研究表明,R477H突变显著改变了蛋白质的二级结构,并破坏了KARS与多合酶复合物(MSC)的结合。两种突变的表达均导致异常蛋白聚集,且两种突变均降低了氨酰化活性(联合突变的野生型为5.7%)。这些患者年龄分别为26岁和21岁,在儿童时期患有婴儿源性耳聋和学习困难,但在第二或第三个十年后出现了渐进性认知能力下降。脑成像显示白质异常影响额叶白质和胼胝体。他们没有视觉障碍、小头畸形或癫痫;未发现运动异常。

婴幼儿进展性白脑病伴耳聋

一名意大利男孩(患者A)患有婴儿型进行性白质脑病伴耳聋(LEPID;619147)最初报告人Orcesi等人(2011年),Ardisone等人(2018年)在KARS1基因中鉴定出纯合c.1514G-a转换(NM_001130089.1),导致arg505-his(R505H)替换。这些作者表示,这是由Zhou等人(2017)通过全基因组测序发现的突变影响了一个保守的残基。未进行变体的功能研究和患者细胞的研究。

在一个哥伦比亚男孩身上,Vargas等人(2020年)在KARS1基因中鉴定出复合杂合错义突变:R477H和A526V(A498V)。通过全基因组测序发现的突变与家族中的疾病分离。两者在公共数据库中的频率都很低。未进行变体的功能研究和患者细胞的研究。


.0008失聪、先天性和成人非传染性进展性白血病脑病

KARS1,PRO505SER公司
   RCV000504639。。。

为了讨论KARS1基因中的c.1513C-T转变(c.1513C-T,NM_005548.2),导致pro505-to ser(P505S)替代,这在2名患有先天性耳聋和成人发作的进行性白质脑病(DEAPLE;619196)由Zhou等人(2017),请参阅601421.0007.


.0009白血病脑病,进展性,新生儿,失聪

失聪、先天性和成人非传染性进行性白血病脑病,包括

婴幼儿进展性白脑病伴耳聋

一名法国女孩患有婴儿期进行性白质脑病伴耳聋(LEPID;619147),Ruzzenente等人(2018)在KARS1基因中确定的复合杂合突变:c.683C-T转换(c.683C-S,NM_001130089.1),导致反密码子结合域中高度保守残基处的pro228-to-leu(P228L)替换和1-bp缺失(c.1438delC;601421.0010)导致移码和过早终止(Leu480TrpfsTer3)。这些突变是通过外显子组测序发现并经Sanger测序证实的,与该家族中的疾病分离。P228L在ExAC数据库中的频率较低(0.014%)。对患者细胞的分析显示只有P228L突变,表明移码受到非传感介导的mRNA衰减。患者成纤维细胞的详细体外功能表达研究表明,细胞质翻译完整,但线粒体翻译特异性降低。多个OXPHOS复合物存在组装缺陷,可以通过线粒体KARS1的表达而不是细胞质KARS1来修复。Ruzzenente等人(2018)结论是线粒体翻译抑制是疾病机制的基础。

先天性耳聋与成人进行性白脑病

一名患有先天性耳聋和成年期进行性白质脑病(DEAPLE;619196),Scheidecker等人(2019)在KARS1基因中确定的复合杂合错义突变:c.683C-T转换(c.683C-S,NM_001130089.1),导致在适度保守的残基上发生pro228-to-leu(P228L)替换,以及c.871T-G颠倒,导致phe291-to-val(F291V;601421.0011)催化域中保守残基的取代。这些突变是通过全基因组测序发现并经Sanger测序证实的,与该家族中的疾病分离。F291V突变在dbSNP、1000基因组项目、Exome Variant Server或ExAC数据库中不存在。P228L和F291V突变对应于细胞质亚型中的P200L和F263V。对患者细胞的分析显示,线粒体KARS水平高于细胞质KARS,后者的稳定性降低。酵母2杂交试验中的体外免疫沉淀研究表明,胞质P200L和F263V突变体与p38(AIMP2;600859). 作者认为,这些突变可能通过破坏细胞质KARS与MSC复合体的关联而致病,从而对细胞质蛋白合成产生不利影响。与野生型KARS相比,这些变体还降低了氨酰化活性。患者骨骼肌线粒体复合物I和IV的活性降低,线粒体中KARS过度表达,表明线粒体功能障碍。Scheidecker等人(2019年)假设线粒体功能障碍继发于细胞质KARS蛋白合成缺陷。


.0010白血病脑病,进展性,新生儿,失聪

1438C年1月1日岩溶
   RCV000678489。。。

为了讨论KARS1基因中的c.1438delC突变(c.1438delC,NM_001130089.1),导致移码和提前终止(Leu480TrpfsTer3),这是在一名患有婴儿型渐进性耳聋白质脑病(LEPID;619147)由Ruzzenente等人(2018),请参阅601421.0009.


.0011失聪、先天性和成人非传染性进展性白血病脑病

为了讨论KARS1基因中的c.871T-G颠换(c.871T-G,NM_001130089.1),导致phe291到val(F291V)取代,在先天性耳聋和成人发作的进行性白质脑病(DEAPLE;619196)由Scheidecker等人(2019年),请参阅601421.0009.


.0012白质脑病,进行性,婴儿期发作,伴耳聋

KARS1,LEU596PHE公司
   RCV001293665型

来自3个无血缘关系的日本家庭(1-3个家庭)的4名婴儿型进行性白质脑病伴耳聋患者(LEPID;619147),Itoh等人(2019年)在KARS1基因中发现了纯合的c.1786C-T转换(c.1786C-T,NM_001130089.1),导致线粒体亚型1(细胞溶质亚型2中的leu568-to-phe(L568F))发生leu596-to-pha(L596F)替代。来自2个无血缘关系的日本家族(家族4和5)的另外3名患者是L596F和KARS1基因的另一个突变的复合杂合子(c.879+1G-A,601421.0013和G189D)。这些突变是通过全基因组测序发现并经Sanger测序证实的,与父母DNA可用的家族中的疾病分离。c.879+1G-A突变导致剪接缺陷和外显子7(Glu252_Glu293del)的框内缺失。dbSNP、1000基因组项目或日本对照数据库中均未发现任何突变。与对照组相比,一些死亡患者的肝和脑组织中KARS1表达水平降低,线粒体和细胞溶质形式的氨酰化活性降低。缺失Kars基因的非洲爪蟾胚胎表现出头部和眼睛的发育缺陷,可以用野生型Kars进行修复,但不能用患者体内发现的突变型Kars变体进行修复。其中三名患者,包括两名兄弟姐妹和一名无关的男孩,此前曾由Yoshimura等人(1997年)Kuki等人(2011年).


.0013白血病脑病,进展性,新生儿,失聪

KARS1、IVS7DS、G-A、+1
   RCV001293666型

为了讨论KARS1基因中的G-to-A转换(c.879+1G-A,NM_001130089.1),导致剪接缺陷和框内缺失(Glu252_Glu293del),在2名患有婴儿型进行性耳聋白质脑病(LEPID;619147)由Itoh等人(2019年),请参阅601421.0013.


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*601421

LYSYL-tRNA合成酶1;KARS1公司


备选标题;符号

KARS公司
KRS公司


HGNC批准的基因符号:KARS1

细胞遗传学位置:16q23.1   基因组坐标(GRCh38):16:75627724-75647665 (来自NCBI)


基因-表型关系

位置 表型 表型
MIM编号
继承 表型
映射键
16季度23.1 ?夏科特乳牙病,隐性中间型,B 613641 常染色体隐性
耳聋,常染色体隐性遗传89 613916 常染色体隐性
耳聋、先天性和成年发病的进行性白质脑病 619196 常染色体隐性
进行性、婴儿发病、伴有或不伴有耳聋的白脑病 619147 常染色体隐性

文本

描述

KARS基因编码赖氨酰-tRNA合成酶,该酶催化细胞质和线粒体中tRNA-lys的氨酰化。蛋白质合成是由氨基酸通过氨酰-tRNA合成酶(ARS)与同源tRNAs连接而启动的。包括KARS在内的20种人类ARS中,至少有6种已被确定为自身免疫性疾病多发性肌炎/皮肌炎的自身抗体靶点(Targoff等人(1993年))。


克隆和表达

Tolkunova等人(2000年)确定了2个KARS全长序列,并确定它们代表细胞质和线粒体亚型。625氨基酸线粒体酶和597氨基酸细胞质酶与最后576个氨基酸相同,但线粒体酶具有不同的49氨基酸N末端,其中包含线粒体靶向序列。将这两种荧光标记的亚型转染到骨肉瘤细胞系中表明,细胞质亚型产生弥漫的细胞范围的荧光,而线粒体亚型产生与线粒体标记物共定位的点状模式。核糖核酸酶保护分析表明,编码细胞质亚型的mRNA约占成熟KARS转录物的70%,线粒体亚型约占30%。

Santos-Cortez等人(2013年)通过大规模平行测序和RT-PCR实验证明,KARS在斑马鱼、鸡和小鼠的毛细胞以及斑马鱼和小鼠的黄斑中表达。用小鼠前庭组织进行的免疫标记实验显示KARS在毛细胞和支持细胞中广泛分布,Corti切片器官显示KARS定位于内外毛细胞、Dieter细胞和基底膜。此外,顶盖膜对KARS抗体具有较强的亲和力,螺旋韧带内的KARS标记最强,尤其是在含有II型和IV型纤维细胞的区域。KARS也强烈定位于外、内沟细胞和螺旋边缘上皮。

Lo等人(2014年)报告称,发现了每个人类氨酰tRNA合成酶的大量天然催化零。剪接事件保留非催化结构域,同时消融催化结构域以产生具有不同功能的催化零点。每个合成酶都被转化为几个新的信号蛋白,其生物活性与催化母体的生物活性“正交”。重组氨酰tRNA合成酶变体在一系列基于细胞的检测中具有特定的生物活性:所有物种中约46%影响转录调节,22%影响细胞分化,10%影响免疫调节,10%影响细胞保护,4%影响增殖、脂肪生成/胆固醇转运,和炎症反应。Lo等人(2014年)确定了细胞质氨酰tRNA合成酶的框内剪接变体。他们鉴定了细胞质LysRS的3个催化缺失剪接变体。

KARS1基因编码KARS1的细胞溶质和线粒体亚型,这些亚型是通过选择性剪接产生的。细胞质亚型跳过外显子2,将外显子1剪接到外显子3,而线粒体亚型包括外显子2。两种亚型之间的ATG起始密码子不同。线粒体亚型比细胞溶质亚型多28个残基。细胞质亚型约占KARS1基因成熟转录物的70%,线粒体亚型约为30%(Scheidecker等人,2019年总结)。


基因结构

Tolkunova等人(2000年)确定KARS基因包含15个外显子,跨度约为20 kb。细胞质和线粒体KARS亚型来自前3个外显子的选择性剪接。Tolkunova等人(2000年)发现KARS和RAP1(605061)的起始密码子相隔243 bp。该区域缺乏常规的TATA序列,但包含几个在两个方向上定向的SP1(189906)结合结构域。


映射

Nichols等人(1996年)利用人类/啮齿动物体细胞杂种的Southern杂交将KARS基因定位到16号染色体。通过荧光原位杂交分析,他们将该基因归属于16q23-q24。通过辐射杂交面板分析,Maas等人(2001)将KARS和tRNA特异性腺苷脱氨酶(ADAT1;604230)基因定位到16q22.2-q22.3,丙氨酸-tRNA合成酶(AARS;601065)将着丝粒定位到这两个基因。


基因功能

Tolkunova等人(2000年)发现,在大肠杆菌中表达后纯化的全长线粒体和细胞质KARS,在体外将对应于细胞质和线粒体tRNA-lys的转录物氨酰化。

Park等人(2005年)指出,除了在蛋白质合成中发挥重要作用外,ARS还发挥调节器和信号分子的作用。KARS可以合成二腺苷多磷酸盐,这种活性通过MITF在转录控制中发挥作用(156845)。Park等人(2005)发现,多个人类细胞系分泌KARS以响应TNF-α(TNF;191160)。分泌的KARS结合巨噬细胞和外周血单个核细胞,增强TNF-α的生成和细胞迁移。KARS触发的信号通路涉及ERK(参见MAPK3;601795)、p38 MAPK(MAPK14;600289)和抑制性G蛋白(参见GNAI1,139310)。


分子遗传学

夏科特乳牙病,隐性中间型B

McLaughlin等人(2010年)指出,编码氨酰-tRNA合成酶的3个基因GARS(600287)、YARS(603623)和AARS(601065)的突变与主要与轴突病理相关的Charcot-Marie-Tooth(CMT)疾病有关(CMT2D,601472;CMTDIC,608323;CMT2N,613287)。他们对355名表型符合CMT的患者进行了37个人类ARS基因的大规模突变筛查。一名患者被发现为KARS基因2个突变的复合杂合子(601421.0001和601421.0002)。该表型与CMT的隐性中间型一致(CMTRIB;613641),但患者还有其他特征,包括发育迟缓、畸形特征和前庭神经鞘瘤。因为患者是被收养的,所以无法进行父母研究。因此,KARS是与CMT疾病相关的第四个ARS基因,表明该酶家族对轴突功能特别关键。

常染色体隐性聋89

Santos-Cortez等人(2013)在3个巴基斯坦非综合征性耳聋近亲家庭的受影响个体中,对染色体16q21-q23.2进行了定位(DFNB89;613916),确定了KARS基因Y173H(601421.0003)和D377N(601421.0 004)中2个错义突变的纯合子,这些基因在各自的家族中与疾病分离,在种族匹配的对照组或变异数据库中均未发现。对DFNB89家系中2个家系的3名受累成员进行的CMT疾病和听神经瘤评估的附加测试表明,没有证据表明存在听觉或肢体神经病变。

伴有或不伴有耳聋的婴儿进展性白脑病

McMillan等人(2015年)在两个同胞中发现了KARS1基因中的复合杂合错义(R438W,601421.0005和E525K,601421.0 006),这两个同胞均为非亲缘父母所生,患有无耳聋的婴儿型进行性白质脑病(LEPID;619147)。这些突变是通过外显子组测序发现并经Sanger测序证实的,与该家族中的疾病分离。没有对变体进行功能研究,也没有对患者细胞进行研究,但这两种突变都发生在催化结构域的高度保守区域。

在一名线粒体复合物I和IV缺陷的男性婴儿(患者459)中,Kohda等人(2016年)确定了KARS1基因中的复合杂合错义突变:c.1343T-a颠倒(NM_005548),导致val448-天冬氨酸(V448D)替换,c.953T-c转换,导致ile318-天冬酰胺(I318T)替换。通过高通量外显子组测序对142名无亲缘关系的儿童期线粒体呼吸链复合物缺陷患者发现的突变与该家族中的疾病分离。cDNA互补分析显示,线粒体KARS(而非细胞溶质形式)成功地挽救了酶缺陷和复合物I和IV的组装。患者的临床细节有限,但他患有发育迟缓、癫痫、眼球震颤、乳酸中毒和肥厚性心肌病,让人联想到LEPID。

Ardissone等人(2018年)在3名无血缘关系的LEPID患者中确定了KARS1基因中的纯合子或复合杂合子错义突变(参见例如601421.0007)。这些突变是通过对一组样本进行全基因组测序或下一代测序发现的,桑格测序证实了这些突变,并证明在至少1个家族中与该疾病分离。未进行变体的功能研究和患者细胞的研究。

Ruzzenente等人(2018年)在一名患有LEPID的法国女孩身上发现了KARS1基因的复合杂合突变(P228L,601421.0009和c.1438delC,601421.0 010)。这些突变是通过外显子组测序发现并经Sanger测序证实的,与该家族中的疾病分离。患者成纤维细胞的详细体外功能表达研究表明,细胞质翻译完整,但线粒体翻译特异性降低。多个OXPHOS复合物存在组装缺陷,可以通过线粒体KARS1的表达而不是细胞质KARS1来修复。Ruzzenente等人(2018年)得出结论,线粒体翻译抑制是疾病机制的基础。

Itoh等人(2019年)在5个无血缘关系的日本LEPID家系的7名儿童中鉴定出KARS1基因的纯合或复合杂合突变(参见例如601421.0012和601421.001)。突变是通过外显子组测序发现的,并通过Sanger测序证实;在有父母DNA的2个家系中,分离符合常染色体隐性遗传。与对照组相比,患者组织(包括肝脏和大脑)中KARS1的表达水平降低,线粒体和细胞溶质亚型的酶活性降低。缺失Kars基因的非洲爪蟾胚胎表现出头部和眼睛的发育缺陷,可以用野生型Kars进行修复,但不能用患者体内发现的突变型Kars变体进行修复。

先天性耳聋与成人进行性白脑病

Zhou等人(2017年)在2名患有先天性耳聋和成人期进行性白质脑病(DEAPLE;619196)的中国汉族父母所生的成年同胞中,发现了KARS1基因中的复合杂合错义突变(R477H,601421.0007和P505S,601421.0 008)。这些突变分别对应于线粒体亚型中的R505H和P533S(参见Scheidecker等人,2019)。这些突变是通过候选基因的下一代测序发现的,并通过桑格测序证实,与家族中的疾病分离。这两种突变都影响催化结构域中高度保守的残基。体外功能表达研究表明,R477H突变破坏了KARS与多合酶复合物(MSC)的结合。此外,这两种突变均导致异常蛋白聚集,导致KARS氨酰化活性降低(联合突变的野生型为5.7%)。

在一名患有DEAPLE的36岁男子(患者5)中,van der Knaap等人(2019年)在KARS基因(R108H和V476F)中发现了复合杂合错义突变。通过全基因组测序发现的突变与家族中的疾病分离。与对照组相比,患者来源的成纤维细胞的胞浆KARS氨酰化活性降低了约50%。

Scheidecker等人(2019年)在一名患有DEAPLE的法国女性身上发现了KARS1基因中的复合杂合错义突变(P228L,601421.0009和F291V,601421.0 011)。这些突变是通过全基因组测序发现并经Sanger测序证实的,与该家族中的疾病分离。P228L和F291V突变对应于细胞质亚型中的P200L和F263V。对患者细胞的分析显示,线粒体KARS水平高于细胞质KARS,后者的稳定性降低。在酵母2杂交试验中的体外免疫沉淀研究表明,细胞质P200L和F263V突变体降低了与p38的结合(AIMP2;600859)。作者认为,这些突变可能通过破坏细胞质KARS与MSC复合体的关联而致病,从而对细胞质蛋白合成产生不利影响。与野生型KARS相比,这些变体的氨基酰化活性也降低。患者骨骼肌的线粒体复合物I和IV的活性降低,线粒体中KARS过度表达,表明线粒体功能障碍。Scheidecker等人(2019年)假设线粒体功能障碍是继发于细胞质KARS蛋白合成缺陷。


动物模型

在国际小鼠表型联合会(IMPC)创建的1751个敲除等位基因的研究中,Dickinson等人(2016年)发现,敲除人类KARS的小鼠同源物是纯合子-致死性的(定义为在断奶前筛选至少28只幼鼠后,没有纯合子小鼠)。


ALLELIC变体 13个选定示例):

0.0001 CHARCOT-MARIE-TOOTH疾病,隐性中间型B(1名患者)

LEU133HIS KARS1号
单号:rs267607194,gnomAD:rs267607194,临床变量:RCV000008647

在一名患有中间型常染色体隐性遗传性夏科特-马里奥病(CMTRIB;613641)的患者中,McLaughlin等人(2010年)确定了KARS基因中2个突变的复合杂合性:398T-a颠倒导致高度保守残基中的leu133-to-his(L133H)替换,以及2 bp插入(524insTT;601421.0002)预测会导致移码、提前终止和空等位基因,酵母互补研究证实了这一点。L133H取代发生在二聚体界面附近的N端反密码子结合域中。体外功能表达试验表明,L133H突变体严重损害了酶活性,与野生型相比,催化活性损失94%。除周围神经病变外,患者还患有发育迟缓、自励行为、畸形特征和前庭神经鞘瘤,McLaughlin等人(2010年)认为这是由于细胞质和线粒体KARS功能严重丧失所致。


.0002 CHARCOT-MARIE-TOOTH病,隐匿性中间型B(1名患者)

KARS1,2-BP INS,524TT
单号:rs587776688,临床变量:RCV000008648

关于McLaughlin等人(2010)在一名常染色体隐性遗传的Charcot-Marie Tooth病(CMTRIB;613641)中间型患者中发现的复合杂合子状态的KARS基因(524insTT)中的2-bp插入的讨论,见601421.0001。


.0003耳聋,自动耳塞89

塔尔173HIS KARS1
单核苷酸多态性:rs397514745,gnomAD:rs397514745,临床变量:RCV000054525、RCV000627042、RCV001807772

在来自2个巴基斯坦非综合征性耳聋血缘家族(DFNB89;613916)的受影响个体中,其中1个家族(家族4406)之前由Basit等人(2011年)研究过,Santos-Cortez等人(2013年)在KARS基因第5外显子中确定了c.517T-c过渡的纯合子,导致tyr173转his(Y173H)β-2链内高度保守的残基处的取代。该突变在这两个家族中与疾病分离,在325个种族匹配的对照组或变异数据库中均未发现。


.0004耳聋,自动耳塞89

KARS1,ASP377ASN公司
单核苷酸多态性:rs397514746,gnomAD:rs397514746,临床变量:RCV000054526,RCV001775565

在Basit等人(2011年)(家族4338)之前研究的巴基斯坦非综合征性耳聋血缘家族(DFNB89;613916)的一名患者中,Santos-Cortez等人(2013年)确定了KARS基因第9外显子中c.1129G-a过渡的纯合子,导致asp377-to-asn(D377N)alpha-helix 9中一个完全保守的残基上的取代预计会影响四聚体界面的构型。该突变与家族疾病分离,在325名种族匹配的对照组或变异数据库中未发现。


.0005白血病脑病,进展性,新生儿,无聋

KARS1,ARG438TRP公司
SNP:rs761527468,gnomAD:rs761527468,临床变量:RCV001293656,RCV004531073

McMillan等人(2015年)在2名同胞中,他们的父母无亲缘关系,患有无耳聋的婴儿型进行性白质脑病(LEPID;619147),他们在KARS1基因中发现了复合杂合错义突变:c.1312C-T转换(c.1312C-T,NM_005548.2),导致arg438-to-trp(R438W)替换和c.1573G-a转换,导致glu525-lys(E525K;601421.0006)替代。这两个突变都发生在催化结构域的一个高度保守的区域。这些突变是通过外显子组测序发现并经Sanger测序证实的,与该家族中的疾病分离。未进行变体的功能研究和患者细胞的研究。这些患者在婴儿期出现视觉障碍、进行性小头畸形和语言习得不良的全面发育迟缓。他们还出现了可以通过药物控制的癫痫发作。两人都没有聋。脑显像显示皮质下白质异常,髓鞘形成延迟,胼胝体薄。


.0006白血病脑病,进展性,新生儿,无聋

KARS1,GLU525LYS公司
SNP:rs770522582,gnomAD:rs770522582,临床变量:RCV001293657

关于KARS1基因中c.1573G-A转变(c.1573G/A,NM_005548.2)导致glu525-to-lys(E525K)替代的讨论,McMillan等人(2015)在2名患有婴儿型进行性白质脑病但无耳聋(LEPID;619147)的同胞中发现了复合杂合状态,见601421.0005。


.0007失聪、先天性和成人非传染性进展性白血病脑病

白质脑病,进行性,婴儿期发作,伴耳聋,包括
KARS1,ARG477HIS({dbSNP rs778748895})
单号:rs778748895,gnomAD:rs778748895,临床变量:RCV000986182、RCV001293658、RCV000293659

先天性耳聋与成人进行性白脑病

Zhou等人(2017年)在2名患有先天性耳聋和成人期进行性白质脑病(DEAPLE;619196)的中国汉族父母所生的成年同胞中,鉴定出KARS1基因中的复合杂合错义突变:c.1430G-a转换(c.1430G-a,NM_005548.2),导致arg477-his(R477H)替代,和c.1513C-T转变,导致pro505到ser(P505S;601421.0008)取代。这些突变分别对应于线粒体亚型中的R505H和P533S(参见Scheidecker等人,2019)。这些突变是通过候选基因的下一代测序发现的,并经Sanger测序证实,与该家族中的疾病分离。在1000名中国汉族对照中,没有出现这种变异。ExAC数据库中R477H的出现频率较低(8 x 10(-6)),而ExAC中没有P505S。这两种突变都影响催化结构域中高度保守的残基。体外功能表达研究表明,R477H突变显著改变了蛋白质的二级结构,并破坏了KARS与多合酶复合物(MSC)的结合。两种突变的表达均导致异常蛋白聚集,且两种突变均降低了氨酰化活性(联合突变的野生型为5.7%)。这些患者年龄分别为26岁和21岁,在儿童时期患有婴儿源性耳聋和学习困难,但在第二或第三个十年后出现了渐进性认知能力下降。脑成像显示白质异常影响额叶白质和胼胝体。他们没有视觉障碍、小头畸形或癫痫;未发现运动异常。

婴幼儿进展性白脑病伴耳聋

Orcesi等人(2011年)最初报告了一名患有婴儿型进行性耳聋白质脑病(LEPID;619147)的意大利男孩(患者A),Ardissone等人(2018年)在KARS1基因中发现了纯合子c.1514G-A过渡(NM_001130089.1),导致arg505-his(R505H)替代。这些作者表示,这与Zhou等人(2017年)发现的突变相同。通过全基因组测序发现的突变影响了一个保守的残基。未进行变体的功能研究和患者细胞的研究。

在一名患有LEPID的哥伦比亚男孩中,Vargas等人(2020)在KARS1基因中发现了复合杂合错义突变:R477H和A526V(A498V)。通过全基因组测序发现的突变与家族中的疾病分离。两者在公共数据库中的频率都很低。未进行变体的功能研究和患者细胞的研究。


.0008耳聋、先天性和成人发病的进行性白质脑病

KARS1,PRO505SER公司
SNP:rs1555512658,临床变量:RCV000504639、RCV001293660

关于KARS1基因中c.1513C-T转变(c.1513C-T,NM_005548.2)导致pro505-to ser(P505S)替代的讨论,Zhou等人(2017)在2名患有先天性耳聋和成人发作的进行性白质脑病(DEAPLE;619196)的成年同胞中发现了复合杂合状态,见601421.0007。


.0009白血病脑病,进展性,新生儿,失聪

失聪、先天性和成人非传染性进行性白血病脑病,包括
KARS1,PRO228LEU({dbSNP rs201650281})
SNP:rs201650281,gnomAD:rs201650281,临床变量:RCV000210691、RCV000681462、RCV000986183、RCV001265601、RCV001293661、RCV001293662、RCV001526444、RCV001775672、RCV002463662、RCV003147413

婴幼儿进展性白脑病伴耳聋

在一名患有婴儿型进行性白质脑病伴耳聋的法国女孩(LEPID;619147)中,Ruzzenente等人(2018)在KARS1基因中发现了复合杂合突变:c.683C-T过渡(c.683CT-,NM_001130089.1),导致在反密码子结合域中高度保守的残基处发生pro228-to-leu(P228L)替代,和1 bp缺失(c.1438delC;601421.0010),导致移码和提前终止(Leu480TrpfsTer3)。这些突变是通过外显子组测序发现并经Sanger测序证实的,与该家族中的疾病分离。P228L在ExAC数据库中的频率较低(0.014%)。对患者细胞的分析显示只有P228L突变,表明移码受到非传感介导的mRNA衰减。对患者成纤维细胞的详细体外功能表达研究表明,细胞质翻译是完整的,但线粒体翻译特异性降低。多个OXPHOS复合物存在组装缺陷,可以通过线粒体KARS1的表达而不是细胞质KARS1来修复。Ruzzenente等人(2018年)得出结论,线粒体翻译抑制是疾病机制的基础。

先天性耳聋与成人进行性白脑病

Scheidecker等人(2019年)在一名患有先天性耳聋和成年发作的进行性白质脑病(DEAPLE;619196)的法国女性患者中,鉴定出KARS1基因中的复合杂合错义突变:c.683C-T转换(c.683C-S,NM_001130089.1),导致pro228-to-leu(P228L)替换为中度保守的残基,以及c.871T-G颠倒,导致催化域中保守残基处的phe291-to-val(F291V;601421.0011)取代。这些突变是通过全基因组测序发现并经Sanger测序证实的,与该家族中的疾病分离。F291V突变在dbSNP、1000基因组项目、Exome Variant Server或ExAC数据库中不存在。P228L和F291V突变对应于细胞质亚型中的P200L和F263V。对患者细胞的分析显示,线粒体KARS水平高于细胞质KARS,后者的稳定性降低。在酵母2杂交试验中的体外免疫沉淀研究表明,细胞质P200L和F263V突变体降低了与p38的结合(AIMP2;600859)。作者认为,这些突变可能通过破坏细胞质KARS与MSC复合体的关联而致病,从而对细胞质蛋白合成产生不利影响。与野生型KARS相比,这些变体还降低了氨酰化活性。患者骨骼肌线粒体复合物I和IV的活性降低,线粒体中KARS过度表达,表明线粒体功能障碍。Scheidecker等人(2019年)假设线粒体功能障碍是继发于细胞质KARS蛋白合成缺陷。


.0010白血病脑病,进展性,新生儿,失聪

KARS1,1-BP DEL,1438C
单号:rs1567498374,临床变量:RCV000678489,RCV001293663

Ruzzenente等人(2018年)在一名患有先天性进行性耳聋白质脑病(LEPID;619147)的婴儿患者中发现KARS1基因中的c.1438delC突变(c.1438delC,NM_001130089.1),导致移码和过早终止(Leu480TrpfsTer3),关于该突变的讨论,请参见601421.0009。


.0011失聪、先天性和成人非传染性进展性白血病脑病

KARS1、PHE291VAL
SNP:rs772410450,gnomAD:rs772410450,临床变量:RCV000681463、RCV001200599、RCV000293664、RCV00374667

Scheidecker等人(2019年)对KARS1基因中c.871T-G颠换(c.871T-G,NM_001130089.1)的讨论,导致phe291-to-val(F291V)替代,该替代在先天性耳聋和成人发作进行性白质脑病(DEAPLE;619196)患者的复合杂合状态中发现,参见601421.0009。


.0012白血病脑病,进展性,新生儿,失聪

KARS1,LEU596PHE公司
单号:rs768349236,gnomAD:rs768349236,临床变量:RCV001293665

在来自3个无血缘关系的日本家族(1-3家族)的4名患有婴儿型进行性白质脑病伴耳聋(LEPID;619147)的患者中,Itoh等人(2019)在KARS1基因中发现了纯合子c.1786C-T转换(c.1786C-T,NM_001130089.1),导致leu596-to-phe(L596F)线粒体同种型1中的取代(胞质同种型2中的leu568到phe(L568F))。来自2个无血缘关系的日本家族(家族4和5)的另外3名患者为L596F的复合杂合子和KARS1基因的另一个突变(c.879+1G-A、601421.0013和G189D)。这些突变是通过全基因组测序发现的,并经Sanger测序证实,与父母DNA可用的家族中的疾病分离。c.879+1G-A突变导致剪接缺陷和外显子7(Glu252_Glu293del)的框内缺失。dbSNP、1000基因组项目或日本对照数据库中均未发现任何突变。与对照组相比,一些死亡患者的肝和脑组织中KARS1表达水平降低,线粒体和细胞溶质形式的氨酰化活性降低。缺失Kars基因的非洲爪蟾胚胎表现出头部和眼睛的发育缺陷,可以用野生型Kars进行修复,但不能用患者体内发现的突变型Kars变体进行修复。Yoshimura等人(1997年)和Kuki等人(2011年)曾报道过其中三名患者,包括两名同胞和一名无关男孩。


.0013白血病脑病,进展性,新生儿,失聪

KARS1、IVS7DS、G-A、+1
SNP:rs2082153181,临床变量:RCV001293666

Itoh等人(2019)对KARS1基因中导致剪接缺陷和框内缺失(Glu252_Glu293del)的G-to-A转换(c.879+1G-A,NM_001130089.1)进行了讨论,这是在2名患有婴儿型进行性耳聋白质脑病(LEPID;619147)的同胞中发现的复合杂合状态,见601421.0013。


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特里:2007年5月16日
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脱发:2001年6月5日
特里:2001年6月4日
标记:9/13/1996
特里:1996年9月12日
标记:9/12/1996